員任免升遷、調遣兵馬、防禦卡隘等。由噶倫請示駐藏大臣、達*賴喇嘛酌定辦理。駐當雄的達木和碩特八旗蒙古軍隊亦歸駐藏大臣統轄。
乾隆五十八年（1793年）兩廣總督福康安領兵平定廓爾喀入侵後，奏請頒行《欽定藏內善後章程》二十九條，再次確定了駐藏大臣及噶廈的職權。章程規定駐藏大臣地位與達*賴、班禪平等。達*賴喇嘛、班禪額爾德尼、西藏各地大呼圖克圖的轉世掣籤。以及達*賴喇嘛坐床典禮，須由駐藏大臣主持。達*賴喇嘛等僧官不得直接上書皇帝，須由駐藏大臣轉奏。各大寺廟堪布（住持）如有缺出，由駐藏大臣會同達*賴喇嘛揀選。噶倫及其下的噶廈僧俗官員均為駐藏大臣下屬。噶廈辦理的各項政務。須由噶倫稟告駐藏大臣及達*賴喇嘛。不得擅自隱匿。噶倫、戴琫（即代本）級別的官員出缺，由駐藏大臣與達*賴喇嘛開具候選名單上奏皇帝，由皇帝揀選任命。前後藏其餘官員由駐藏大臣分別會同達*賴、班禪選補。凡西藏地方邊防、駐軍、通商（廓爾喀一年可到西藏一次；克什米爾三年一次）、鑄幣、外國朝貢等事宜，均由駐藏大臣統籌辦理。駐藏大臣亦有權稽查西藏地方財政收支；並督察司法、戶口、差役（烏拉）等事項。
可以說，正是從這才是，中央政府才加強了對西藏的管理的。
現任駐藏辦事大臣名叫斌良，瓜爾佳氏，滿洲正紅旗人。駐藏幫辦大臣名叫穆騰額。巴嶽特氏，滿清正黃旗人。兩人負責管理整個西藏地區。可以說，除了黃教領袖班禪和達*賴喇嘛之外，整個西藏都在他們的控制當中。在西藏，他們就屬於土皇帝。但