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諸葛亮把自己當初三千親衛軍，從各部把原先打散收攏了兩千兵力，編為神武軍，任命陳楚為副將，原親衛軍的隊率李信和鄧憲二人為別部司馬，諸葛亮親自擔任統軍大將。
同時諸葛亮把巴陵講武堂中一百五十名，成績優異，已經學習了三年以上的少年子弟，充入到了神武軍中，值得一提的是，已經年滿十二歲的鄧艾，這次也要求加入到了神武軍中。
本來諸葛亮的要求是十四歲以上，並且在講武堂學習了三年以上，成績優異者，方能加入神武軍的，鄧艾在講武堂學習已經五年，各項成績都十分優異，除了年齡不符外，幾乎樣樣都合格，所以在鄧艾的強烈要求下，諸葛亮隨即答應了鄧艾的請求，並且任命他做了自己帳下的衛隊隊率。
這些時日，賈詡在南郡統率各部，整理戶籍人口，共得五萬戶，人口二十六萬，加上收編的各部老弱殘兵四萬餘屯田軍戶，南郡人口達到三十萬餘人，可以說是名符其實的大郡，這還不包括在曹操手中的襄陽和當陽數縣。
諸葛亮在看完賈詡的文書後，又在江陵郡守府，召集眾官，對一些有功績的官員進行了提拔任用，並且決定把巴陵中樞機構，遷移到江陵城。
同時諸葛亮在六曹之上，設立了尚書閣，任命賈詡為尚書令，任命徐庶為尚書左丞，任命龐統為尚書右丞，左右丞之下，則是左右侍郎，接下來就是六曹從事。
六曹從事分別是，吏曹從事楊儀，戶曹從事糜竺，兵曹從事蔣琬，禮曹從事習禎，工部從事嚴峻，刑曹從事由零陵長史劉巴接任；原兵曹郎中向寵兼任南郡東部都尉，尹默為工曹郎中，兼任南郡主薄。
零陵長史由習禎從弟習祥接任，楊儀從弟楊顒接任巴陵令，諸葛亮這樣安排，就是要讓這些原來的荊襄大族，都分散到各地去，分散他們家族的實力，以免造成為害一方的局面。
諸葛亮接著又讓廖化率領平越軍，順平營、順義營各部，返回交州駐守，歸建平蠻將軍呂岱帳下，三部兵馬原編制是一萬八千人，這幾次大戰中，損失了六千士兵，各部兵馬都未滿員。
諸葛亮本來就打算消弱地方駐軍，所以並未補充各部兵馬，而是讓廖化領軍回交州後，在當地征討越人的作戰中，擇精壯再行補充，同時提升廖化為偏將軍，糜芳為南海郡尉。
蠻人所部的順忠營，則繼續跟隨張飛，征戰豫章西部各縣的戰事之中。
至於趙雲和陳到二人，依舊為驍騎軍將軍，赤壁大戰，雖然只繳獲了兩千匹戰馬，而驍騎軍卻同樣損失了兩千匹戰馬，而且還戰死了一千四百餘士兵。
所以諸葛亮這次也把驍騎軍計程車兵，擴編至八千人，其中兩千人為重灌騎兵，其餘六千為弓騎，雖然騎兵兵源有了，但諸葛亮在新城的馬場，和軍中所有的馬匹，加起來也只有剛到八千匹。
這樣一來，騎兵每人多可以分配一馬，但這樣單人單馬的騎兵，無疑不能最大的發揮騎兵的威力，然而由於目前缺馬，諸葛亮也只能暫時這樣編制。
諸葛亮成立神武軍，神威軍、神策軍、神衛軍四軍，外加驍騎軍、陌刀軍、六軍共六萬餘兵力，而這六支軍隊，是作為拱衛治所的常備軍，和作為征討作戰的主要兵力。
今後的其餘各軍，除了錦帆左右水軍外，將會逐步消弱，最終淪為城防營性質的地方屯田部隊，這樣做的目的，也是為了避免地方各軍大將的專權，造成不可收拾的局面。
這六軍常駐江陵城，以後兵力會逐漸增加，裝備武器，都會逐步提升，諸葛亮預想是在三年之內，把這六軍的人數，增加至十二萬，打造一支真正精銳的百戰雄獅。
部隊整編完成，諸葛亮自是把政事交給了尚書閣各部官員管轄，他則和趙雲眾將，日夜留在江陵南郊的軍營，負責操演兵馬，整訓紀律。這日諸葛亮正在點將臺指揮軍陣，龐統帶著二人聯袂而來。
站在點將臺上的諸葛亮，遠遠的就認出了龐統左右的二人，當下他忙笑著上前，作揖拱手道：“德仲先生和季常賢弟遠來，還恕亮迎接來遲之罪。”
“哈哈……。”龐季、馬良二人與諸葛亮相視一眼，相互作揖大笑了起來。
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