南京行營隨即開始公平公正公開地予以重組和招商，接受了英國太古船運中國公司、美國藍旗國際投資公司、以虞洽卿和黃金榮為首的上海財團的投資方案，組建了全新的中國長江船運公司。
這其中，英國太古公司拿出旗下的四十艘大小輪船、長江沿岸及沿海諸省的十二個碼頭佔股百分之三十；上海財團出資一千五百萬佔股百分之四十五；藍旗投資公司以上海楊浦造船廠、長江沿岸四個船舶修理廠和現金注入方式，佔股百分之二十五。
這一強強結合，使得新組建的中國長江船運公司實力大增，一舉壟斷了中國長江流域和沿海各省航運業務。並開闢了中國至南洋、中國至美國舊金山、中國至英國利物浦等五條國際航線。
南京行營在這次規模龐大的資產清理和招商重組中獲得巨大利益，嚴謹務實的態度和開明開放的發展精神。倍受中外各國的讚揚，不但拉住了心有餘悸的江浙財團，讓國內諸多擔驚受怕的民族資本家安了心，樹立起嶄新的國際形象，還在此次整理重組中收回近五百萬的國有資產投資，隨後將這筆錢全部用在浙江、江蘇、江西、湖北四省的農田水利工程建設，以及進行雜交水稻實驗和大力推廣優良稻種上，獲得全國各界的衷心擁護。
聲望日增的蕭益民並沒有北上出席北京中央政府舉行的世界大戰勝利大會，也沒有大張旗鼓地迎接從德國歸來的老部下和百餘名學成歸來的留學生，而是前往江北出席徐州至海州段鐵路開工典禮。之後沿著海岸線從北向南。足跡遍佈十一個使用先進進口裝置、產量擴大十倍以上的大型鹽場，以及推廣了優質稻種種植豐收在即的廣大地區。
可是，在長江流域廣大市場上一敗再敗的日本人，似乎不願意讓蕭益民過一段清靜的日子，十一月十五日。日本駐華公使和駐上海、杭州、九江、漢口總領事彙集北京，向段祺瑞政府提出強烈抗議，抗議南京行營企（
）圖壟斷中國棉麻市場的卑鄙行為，痛斥南京行營經濟發展委員會對江浙地區和四川等省的紡織工業扶持與補貼政策，強烈要求在長江流域各省低價購買一百萬噸大米，最後還恬不知恥地提出嚴正交涉：日本國有權利長期收購江蘇全省稻米，用以補充被中國一系列不平等政策嚴重傷害的日本糧食市場。
面對日本人的強大壓力，正在與徐世昌、馮國璋集團鬥得你死我活的段祺瑞痛苦不已，可段祺瑞心裡很清楚。日本人的勢力重心在北方各省和東北地區，雖然十年來日本在華勢力一直不間斷地向南延伸，但是在老牌殖民帝國英國和法國的打壓中，進展極為緩慢，加上日益強大的美國暗中發力，以雄厚的資金和相對公平的貿易政策。成功地爭奪到中國廣大的南方市場，日本人向南發展的侵略性策略因此而嚴重受挫。
再加上素來反感日本的蕭益民大肆拆臺，透過南京行營各個部門和幾個委員會，組建南方各省各行業商會和協會，以政府扶持、政策傾斜的方式，把大批民族資本家和閒散資金糾集在一起，利用層出不窮的巧妙手段，成功地整合了南方的紡織業。
蕭益民領導的南京行營，在免除南方諸省兩年稅賦的基礎上，聯合各省政府大力推廣農作物優良品種的種植，組織各省官員前往四川參觀學習，利用中國工商業銀行的強大資本，持續推動各省工農業發展，從而帶動了中國南方經濟和民族製造業的快速復甦和迅猛發展，並在英美兩國財閥和進出口跨國公司的暗中支援下，引進先進生產裝置，進口大量優質棉花生產出質優價廉的紡織品，逐漸將日本紡織品擠出南方市場，並開始向日本佔領的北方各省和內陸縱深地區發起挑戰。
對所有一切都心知肚明的段祺瑞不敢得罪凶神惡煞、手段卑劣的日本債主，但也不敢得罪逐步強大起來的盟友蕭益民，只能百般解釋再加上訴苦哀求，把難題通通扔到蕭益民頭上，其中最為重要也最有說服力的理由是：南京行營是立法透過的中國南方最高軍政領導機構，中央政府對南方各省只有宏觀領導權和稅務徵收權，不能越過南京行營直接干涉南方各省的軍政事務，而且蕭益民不但是中國南方軍隊及第一大政黨領袖，還是政務院第一副總理，在明年初舉行的全國代表大會中很可能被推選為國家總理。
在這樣的情況下，只要南京行營的各種政策沒有違背憲法，中央政府就無法對其進行干涉，更不能強行以行政命令的方式對其指手畫腳，否則南北之間必將走向分裂！
日本人對段祺瑞的回答極不滿意，可謂又氣又恨卻又無可奈何，正當日本使節匯聚北京緊張商議對策的時候，兩個震驚中外的訊息從南