主，保守派開始在藩內抬頭。大久保利通決心在真正的實權人物島津久光身上下功夫，以圖扭轉不利局面。他發現島津久光愛下圍棋，便苦練棋藝，以便交流。聽說島津久光想看《古史傳》，他便設法弄到多達28冊的《古史傳》分冊借給島津久光，並乘機在書中夾帶紙條以讓島津久光明白自己對形勢的見解。功夫不負苦心人，島津久光終於逐漸疏遠保守派，開始重用大久保利通，“精忠組”也獲得了合法地位。
薩摩藩和幕府都在策劃讓幕府和朝廷合作以對付外來危機的“公武合體”運動，島津久光同大久保利通一起率藩兵一千人進京，向朝廷施加壓力。這樣的軍事行動在德川幕府時代可以說尚屬首次。
就在大久保利通積極推進公武合體運動之時，早年的“精忠組”同志有馬新七等人因早已投入更加激進的尊王攘夷運動，正在策劃乘島津久光進京之際襲擊佐幕派公卿。大久保利通為達到自己的目的，在派人勸說無效後，斷然派兵殺死有馬新七等人，是為“寺田屋事件”。此事件造成公武合體派和尊王攘夷派的完全分裂，並加速了公武合體運動的程序。朝廷頒佈敕命，基本滿足了島津久光的要求並宣佈要改革幕政。作為公武合體運動結晶的雄藩會議籌備就緒，設定了德川慶喜、島津久光等六人組成的“參與會議”，在天皇主持下討論國策。然而，因各雄藩各懷私心，政見不同，德川慶喜則夢想幕府重新獨攬大權，不到三個月，“參與會議”便因六參與的相繼辭職而煙消雲散。公武合體運動遭受重大挫折。
而尊王攘夷運動在一度沉寂之後，重新高漲起來。另一雄藩長州的藩政權回到尊王攘夷派木戶孝允、高杉晉作等人手中，長州開始實行倒幕割據政策。幕府策劃第二次征討長州。本來薩摩曾在禁門之變、第一次征討長州的戰爭中多次與長州兵戎相見，這時卻因長州透過薩摩購買英國武器而逐漸與之接近。
大久保利通早年即有“一國割據”思想，此時看到它以另一種形式在長州實現，便逐漸轉變為倒幕派。
慶應二年二月，薩長兩藩在坂本龍馬、中岡慎太郎的斡旋下，結成了倒幕同盟，薩摩藩與德川慶喜的友好關係從此中斷。為確保倒