防備潛在的隱患，形成了矩陣、管理矩陣的機構，以及矩陣外的機器文明本體，三足鼎立，相互制衡相互約束，同時又相互依託相互推動的一個體系。
但是這種防範制衡體系，並沒有能使機器文明高枕無憂，順利地在最初設定的軌道上發展。在大的隱患爆發之前，其發展就已經陷入了比例失衡、主客顛倒形勢之中。本來矩陣的設立不過為機器文明服務，是機器文明自我進化的一個工具。但由於矩陣的特殊性質，矩陣內部成為豐富多彩充滿個性意識的世界，而矩陣外部的機器文明本體成為一個幾乎是單一意識的呆板僵滯的世界；矩陣內部成為充滿活力與進步，決定整個機器文明前進方向與力度的文明發動機，而機器文明本體反倒成為被矩陣牽著鼻子走的僕從。矩陣世界的重要性變的越來越大，地位也越來越高，佔據的資源也越來越膨脹，而矩陣外部的機器文明本體似乎反倒成了一個私有若無的附屬品。
由於矩陣世界的高度擬人類社會化，還由於矩陣本身的人類起源，生活在矩陣世界的個體意識，會有相當一部分甚至一半以上的個體意識，，其思維方式和感情傾向完全是人類化的，甚至以有機智慧生物的繼承者自居。儘管它們賴以存在的物質基礎仍舊不過是機器文明的硬體上執行的智慧程式而已。當然與此對應，在矩陣內部同樣也會有相當一部分的個體意識會以機器文明的體現者和捍衛者自居。
這種形勢不斷發展下去導致的結果就是矩陣最終在某個臨界點擺脫了外部機器世界的約束，機器文明的發展由此又來到了一個轉折關頭。而這個臨界點，首先矩陣賴以存在的物質基礎的改變，其次是火種介面的出現和矩陣介面的出現。關於�