凌波麗是被醫療班的人在緊急醫療床上送過來的，手臂上甚至還掛著點滴，潔白的石膏、繃帶跟那身白色的緊身作戰服讓她看起來分外悽楚可憐。
看著要讓這樣一個受重傷的少女上去作戰，碇真嗣終於有些忍耐不了了，就在此時，第三使徒的攻擊已經臨近了NEVR的上方，巨大的爆炸衝擊力讓即使處在地下數十公里處的Eva機艙都受到了相當的衝擊。眼看著頂部的器械掉落下來，即將砸到碇真嗣等人的時候，明明沒有駕駛員的初號機卻忽然抬起手來，幫碇真嗣擋住了那些東西。
“碇唯果然是個愛護兒子的女人。”黎星刻面上不顯，只是在心裡淡淡地說道，在他們的眼裡，這一臺初號機的身上掛著無數人類的靈魂，只不過大部分都沒有意識，僅僅只是作為附著物而存在。真正核心控制這一臺巨大人造物的，還是在裡面的碇唯。
只是即使是碇唯，能夠清醒的時間也不長，更多的時候，只能保持靜默的狀態。
“是啊，不然也不會主動將自己跟這臺初號機融合起來。”雷一鳴在心裡跟他說道，說完之後又問了下Giotto，“現在你大概到哪裡了？”
“呃，大概快到NEVR的正上方了。”哪怕使用ATField隔離開使徒的主要意識，但是還是能感受到來自使徒的一些些微的情緒，有激動，有興奮，有略略的期待。
雷一鳴低下頭去，冷酷地說道，“凌波麗，準備出擊！”
“我做，我做就是了吧！！！”碇真嗣終於無法忍耐地叫了起來，幾乎要哭出來的聲音讓葛城美里也有些不忍心。
初次架勢Eva，在那之前連一點點經驗也沒有的碇真嗣憑藉著前所未有的高同步率成功地啟動了這臺初號機，發射上去正式迎擊第三使徒的結果，就是被對方削到盔甲飛落，機體受損，而本人更是意識不清的狀況。
為了保護自己的兒子，初號機果斷地暴走之後，將第三使徒撕成了碎片，毀掉了第三使徒的S2機關（核心）。
就在第三使徒的S2機關被毀掉的瞬間，Giotto發現自己被彈了出來，變成了跟之前的兩百多年一樣的靈體狀態。
“結束了呢……”他看著暴走的初號機啃食著第三使徒的碎片，有些無奈地扭過頭去。露在外面的城市被毀的一塌糊塗，所幸之前呆在第三使徒裡面的時候，他就知道這裡的人都已經轉移走了，不然……
他嘆了口氣，朝著地下飛了過去，出乎他意料的，才飛到了一半，就感到了一陣奇怪的阻擋力量。他知道這多半是底下的NEVR組織製造出來的，類似ATField的力場屏障。他可沒有驚擾底下人的意思，便老老實實地跟在上來善後的工作人員身後，透過他們的道路走了下去。
“感覺怎麼樣？”雷一鳴第一時間就發現了Giotto的狀況，他身為NEVR的指揮者，不能隨意離開，便在唸話裡笑著問道。
“出來之後感覺好多了。”Giotto嘆氣，“使徒……”他嘆息著，卻不知道該怎麼說，也不知道該說什麼。
“不要想的太多，這一切都是這個世界自身的問題。”黎星刻溫和地勸道，“你要知道，對於這個世界來說，這些生物的融和是一定的。我們要做的，就是保持本心，不要被他們所擾亂。”
“謝謝你。”Giotto飄了下來，看著黎星刻笑著道謝。
聽到他們的對話，原本還有些動搖的沢田綱吉跟阿諾德都有些冷靜了下來。
“生命的魅力，就是在於這樣啊。”雷一鳴忽然說道，“不論遭受怎麼樣的打擊，都想要綻放出自己的光彩來。”
“嘖，這麼感性的話真是一點也不像你。”市丸銀忽然笑道。
“囉嗦。”雷一鳴嘖了一聲，手邊卻動作迅速地命令NEVR的各個部門執行。
醒過來的碇真嗣不論再怎麼不情願，還是接受了來自父親的安排，成為了第三適格者，正式架勢Eva初號機。之後一段時間他的生活彷彿平靜了下來，出院之後，便跟葛城美里住到了一起，並轉學到了第二新東京市市立第一中學去。
不同於主要為了迎擊使徒而建造的第三新東京市，第二新東京市是在原本的東京市上重建的城市，現在的日本首都。轉學之後的碇真嗣遭受了來自同班同學的針對，但是他也逐漸開始適應起來自己的駕駛員身份了。
雷一鳴看著手裡的報告，隨手扔到桌子上，坐在空蕩蕩的房間裡，他雙手搭成塔形放在桌子上，身後不遠處站著的黎星刻正在一板一眼地讀著收穫的第