摩尼教中國舊譯“明教”、“明尊教”、“二尊教”、末尼教”、牟尼教”等，於公元三世紀在波斯興起，三至十五世紀在亞、非、歐很多地區流行，大約在隋唐時傳入中國新疆地區。
唐延載元年（694年）傳入漢族地區，“波斯國人拂多誕，持二宗經偽教來朝。”
開元七年（711年），吐火羅（今阿富汗）支汗那王帝賒上表唐玄宗，獻上一個能解天文的摩尼教法師大慕闇，乞求玄宗為其置法堂供奉傳教。
摩尼教傳入中國內地後，在民間產生了一些影響。
唐玄宗於開元二十年（732年）釋出敕令，禁止唐人信奉摩尼教，但不禁來唐的西方胡人信奉。
摩尼教傳入新疆後，又傳入當時居住在漠北的回紇，並被回紇尊為國教。安史之亂爆發後，唐朝曾兩次向回紇借兵平叛。
由於回紇平叛有功，唐朝對其非常優待。因回紇敬信摩尼教，唐朝解除了天寶以前不許唐人信仰摩尼教的禁令。
摩尼教藉助回紇之勢，在中國內地大力傳播，從至德元年（756年）至會昌二年（842年）近百年內得到迅速發展。
當時不少立有戰功的回紇人被准許留駐大唐京師長安，在府宅置摩尼院，供養摩尼師。
大曆三年（768年），唐朝“敕回紇奉末尼者，建大雲光寺。”
大曆六年（771年），又應回紇之請，於荊、揚、洪、越等州，各置大雲光明寺一所。
貞元四年（788年）回紇改名回鶻，元和二年（807年）回鶻使者奏請唐朝於“河南府，太原府置摩尼寺三所。”獲得批准。
由此可見，摩尼教在回鶻的庇護下，從大曆三年（768年）至元和二年（807年）40年間，從京師長安擴充套件到今山西、河南、湖北、江西、江蘇和浙江等省廣大地區，成為外來諸教中除佛教以外影響較大的一種宗教。
有些唐人也信奉摩尼教，長安人吳可久“奉摩尼教，妻王氏亦從之。”摩尼師多精通天文，《唐會要》記載：“貞元十五年（799年）四月，以久旱令摩尼師祈雨。”
在回鶻與唐朝的交往中，摩尼師佔有重要地位。回鶻遣使唐朝時，幾乎都有摩尼師偕行。一方面回鶻倚仗摩尼師出謀劃策，一方面是為抬高摩尼教在唐朝的地位。
唐朝為利用回鶻，也不得不尊重摩尼教。唐朝在給予回鶻使臣賞賜物、財產時，摩尼師也享有同等的待遇，有時還透過摩尼師在唐與回鶻之間進行調和。
開成五年（840年），回鶻為黠戛斯打敗；因過去回鶻恃功在長安橫行不法，特別是每年以大批弱馬強行換取唐朝數以萬計的絹帛，引起唐朝不滿，故乘機打擊回鶻的勢力，摩尼教也遭到排斥。
會昌二年（842年），唐朝藉口“緣自聞回鶻破亡，奉法者因茲懈怠，蕃憎在彼，稍似無信，吳楚水鄉，人性囂薄，信心既去，翕集至難。”
下令暫時封閉江淮地區的摩尼教寺院，名義上說“待回鶻本土安寧，即令如舊。”實則將其取締。
會昌三年（843年）唐大敗回鶻烏介可汗，詔令在長安及洛陽的回鶻及摩尼寺莊宅錢物等，由功德使、御史臺及京兆府各差官點檢收抽，錢物納官。
並“敕天下摩尼寺並令廢罷”，“有司收摩尼書若象，燒於道”，並令“天下摩尼師，剃髮，令著袈裟，作沙門形而煞之”，僅京城一地，就有“女摩尼72人死，及在此國回紇諸摩尼，配流諸道，死者大半。”
兩年後唐武宗大規模“毀佛”，同時取締一切外來宗教，摩尼教等教徒被勒令還俗，充國家兩稅戶，外國人則送遠處收管。
摩尼教遭此打擊，在中國內地之勢開始轉向衰落。
隨著回鶻的西遷，摩尼教在中國西北一帶卻有了進一步發展，相當興盛。
五代兩宋時期，摩尼教與佛教道教進一步融合。北宋時摩尼教攀附道教，崇道的北宋統治者對其十分優容，在今福建、浙江、江蘇、江西和安徽等地十分流行。
南宋時期，東南一帶摩尼教更加活躍，名目繁多，淮南稱二檜子，兩浙曰牟尼教，福建曰明教等。尤以福建明教為盛。
當時摩尼教也常被農民用作組織民眾反抗封建統治的工具。
貞明六年（920年），後梁陳州人毋乙、董乙以摩尼教發動民眾造反。
後唐、後晉時農民利用摩尼教進行反抗鬥爭之事亦“時復潛興”。
北宋末年，方臘以明教發動農民起義，攻佔七州