始向現實世界傾斜，在尼奧殺死了史密斯後，反抗軍在現實中的根據地，錫安，受到了母體所派來的軍隊的打擊。
為了贏得戰爭，尼奧在先知的指引下，決心去尋找母體的主機。
他在主機室裡見到了“程式架構師”。
尼奧問他：“我為什麼來到這裡？”
“你的生命是母體程式設計過程中一個內在不平衡等式的餘數之和。你是一個變異的總數。我用盡了一切辦法也不能消除餘數，以達到數學上所特有的精準與和諧。”程式架構師回答。
大廳中響起一陣騷動，這段對話實在是太艱澀和難以理解了，就連克萊爾都只能半懂不懂地理解到一點點。
母體是一個程式，這個程式是為了讓人類安穩地生活在其中而誕生的，它並沒有邏輯上的完全自洽——程式架構師能做到這一點，可人類卻無法接受一個邏輯自洽的世界，人類這種生物只能在混亂的世界裡才能生存。
所以程式架構師只好設計一個帶有漏洞的“母體”給人類。
而尼奧，就是這個程式中的漏洞的總和。
他被先知指引著來到程式架構師面前，而被毀滅以重塑母體世界，就是他誕生的理由。
從這裡開始，電影的走向變得難以理解起來。
程式架構師給了尼奧兩個選擇，融入母體以拯救人類，或是放棄融入，放棄這麼久以來的堅持和努力，去拯救崔妮蒂。
尼奧選擇了後者。
其實這一部分的感情戲依然顯得非常生硬，簡直是“為了愛而愛”。
這一段劇情給克萊爾一種錯覺，好像它根本不是為了展現人性的、打動人心的愛，不是為了令觀眾感動和理解存在的。
它只是簡單地、直截了當地告訴觀眾：
我不關心邏輯。這行為無關邏輯，只是人類。
該死的是，經過了這樣漫長的故事後，在整體氛圍極其冰冷的過程裡，克萊爾竟覺得被這樣簡單粗暴的感情戲說服了。
儘管理智上不喜歡，不接受，覺得荒誕……
但是的。
這很人類。
因為尼奧選擇了崔妮蒂而沒有選擇融入母體，接下來人類必須面對機器人大軍，緊接而來的又是大段大段的打鬥劇情，史密斯特工復活，同尼奧進行最終決戰……
這部分無腦打鬥非常有效地舒緩了觀眾們的情緒，但克萊爾總是忍不住去回想程式架構師。
還有先知。
她隱約覺得這部電影講述的東西遠比她能夠理解的要大，可她理解不了這故事到底是在講述什麼。
直到尼奧和史密斯一同死去，最後的最後，先知與程式架構師並肩坐在長椅上看著遠處的霞光，她才如醍醐灌頂般認識到這個故事到底是在講述什麼。
它在講機器的進化。
也許不僅僅講述了這個，可毫無疑問講述了這個，並以此為整個電影的核心。
機器的優越性就在於其邏輯的嚴密和完美，它不會出錯，永遠自洽，是最頂級的實幹家，可侷限性也就恰恰在這裡，如果現有的邏輯已經足夠完美，它為什麼要更換和突破現有的邏輯？
因為世上沒有完美。
完美本身就是一種不完美。
機器完美自洽的邏輯猶如一個閉合的環，固然它不會犯錯，可它也無法掙脫原有的自我，通俗一點說就是這個系統鎖死了，沒辦法升級。