％對27％；在內布拉斯加州比數則是51％對31％。在1968年6月4日（星期二）他死的那天，他在漢弗萊的故鄉南達科他州擊敗了漢弗萊，並在最大的加利福尼亞州預選中擊敗了麥卡錫。
那一天，肯尼迪同他十個孩子中的六個和妻子艾塞爾（正懷著第11個孩子）一起在洛杉磯附近的海灘上消磨了一個早晨。隨後在城裡大使飯店的第512號套房，收聽選舉訊息。夜半時候，他乘電梯下到他自己設在飯店使館廳裡的總部去，同歡欣鼓舞的自動前來幫忙的人談了一會兒話。末了，他說：“我謝謝諸位，下一步是到芝加哥去，咱們在那裡取勝吧。”朋友和他最接近的隨從們都學著他的腔調說：“下一步是到‘工廠’去。”這是一家熱鬧的夜總會，他們打算和他一起去歡慶勝利的地方。但是，他還得先到記者室去說幾句話。從講臺到使館廳大門人擠得水洩不通，因此有個參加晚會的人建議他們從後面通道出去。肯尼迪的保鏢、前聯邦調查局特工人員比爾·巴里表示反對，他不贊成這個主意。但是，參議員說：“沒有關係。”於是他們邁步走進一條悶熱的、有氣味的走廊。肯尼迪停下來同一位17歲的餐廳小服務員傑塞斯·佩雷握手，回答了一個有關漢弗萊的問題：“這要追溯到那次鬥爭，因為……”
他再不能說完這句話。帕薩迪納地方的一個記者看到有一隻手臂和一支手槍從一群旁觀者中間伸了出來。刺客是把右手肘部支在櫃檯上，向肯尼迪開槍的，距離只有四英尺遠。他把裝在塌鼻子艾弗－約翰遜式左輪槍裡的八顆子彈全射出來以後，肯尼迪的朋友、奧林匹克冠軍雷夫·約翰遜才把他手裡的槍打掉。有六個人躺在大廳的地板上，流著血，五人輕傷，第六個是肯尼迪，他的傷勢是致命的。他中彈兩發，一發關係不太大，另一發打穿頭蓋骨，進入腦部。艾塞爾跪在他身旁。鮑勃要喝水，他隨後問道：“大家都平安嗎？”那個服務員給了他一個十字架，鮑勃用手指捏住念珠，艾塞爾禱告。這時，體重300磅的洛杉磯橄欖球公羊隊前鋒羅斯福·格里爾抱住了那個瘦小的、黑髮的刺客。
“你為什麼幹這個？”有個人對他吼道。刺客尖叫著：“我有理由，讓我說明理由！”加利福尼亞州民主黨領袖傑西·昂魯高聲問他：“為什麼殺他？為什麼殺他？”行刺的歹徒回答說：“我是為了我的國家才這樣乾的。”這話聽起來很荒謬，但接著慢慢弄清了真相。從他那精神不正常的想法看來，他確實相信自己是出於愛國心。對洛杉磯所有其他的人說來，這一天是加利福尼亞州預選的日子，而在暗殺肯尼迪的兇手看來，它是以色列和阿拉伯六天戰爭的週年紀念日。這個人的名字是錫爾汗·比沙拉·錫爾汗，出生在約旦，他痛恨肯尼迪所喜歡的以色列。從表面看，這似乎就是那黑瘦的阿拉伯人殺死肯尼迪的惟一動機。
奄奄一息的肯尼迪先被送往中央收容醫院，跟著轉到規模較大的慈善醫院。依靠注射腎上腺素和進行心臟按摩維持生命，同時急速給他動了手術。然而已無法挽救。經過幾次掙扎，他終於在1時44分死去。林登·約翰遜痛斥國內槍支的“瘋狂買賣”，隨後派出總統的一架噴氣式飛機把肯尼迪的屍體運回家鄉。肯尼迪家族及其朋友再一次伴送一口棺材搭乘波音707飛返東部。聯合國下半旗誌哀。對於一位從未當過國家元首的人如此表示敬意，這是前所未有的。飛機抵達紐約時，已有一萬人在聖帕特里克大教堂外面排成行列等候向遺體告別。在靈臺的每個角上都點著蠟燭，朋友們輪流守靈。肯尼迪兄弟中僅存的特德·肯尼迪作為男性家長，用顫抖的聲音發表了輓詞。
儀式由理查德·庫欣樞機主教主持，安迪·威廉斯唱《共和國戰鬥讚歌》，聖詩班合唱《上帝讚美歌》。然後，汽車隊駛往賓夕法尼亞車站，這裡一列由兩輛黑色機車牽引的專列在等候著，目的地是華盛頓。可是，因為鐵路沿線兩側站立的人群太密，這一行程竟用了八個小時。到達首都時，夜已深了。在只有路燈照明的情況下，車隊繞過市內巨大、黑暗的政府辦公樓群，越過波托馬克河，來到阿靈頓。這裡已準備好鮑勃的墳墓，木蓮樹下的一塊黑色孤石，離他哥哥的墓碑只有幾英尺遠。在這裡舉行了簡短的葬儀，然後把覆蓋的國旗疊成三角形獻給艾塞爾。這時，樂隊演奏：
『美國啊，美國！
上帝賜福予你！
還為你的善良冠以兄弟情誼，
從海洋到光輝的海洋！』
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在1968年，從元月1日到6月15日，共發生221起大規模的遊行示威，遍及101所美