吐蕃王朝的兩位王子開始為了贊普之位發生內戰。戰事自發端之後便不可收拾，貴族戰爭與平民起義此起彼伏，藏區民生凋零，武功與文治都江河日下，各大地方勢力割據，進入了長達四百餘年的混亂時期。直到成吉思汗興起，藏區才再次統一併向元王朝歸順。
在這個混戰時期，藏區的佛教大盛，雖然屢有滅法之事，卻勢頭不減。這其中相當一部分原因，就緣於贊普家族的後人多數都出家為僧尼，這也是後來的藏區能夠政教合一的原因。
大約在公元1260年前後，元太祖忽必烈將藏區薩迦派宗教領袖八思八冊封為國師，並迎往上都（北京）宮中接受他的灌頂，然後將藏區的管理權作為自己對上師的供養授予八思八。
薩迦家族繁衍生息，法座主持者的妻子中還普遍都有元王朝的公主，將這個管理權代代相傳，由此開始了政教合一的模式。
薩迦巴家族統治藏區約一百年，在爭戰中輸給了朗氏家族、帕竹萬戶長、澤當寺主、噶舉派的絳曲堅贊，從此開始了帕竹政權的傳承。
帕竹政權從公元1354年到1618年存在了264年，噶瑪噶舉派此後又推出第悉藏巴政權，維持了一段短暫的統治。
公元1642年，蒙古固始汗率兵入藏，將最後一位第悉藏巴噶瑪丹迥旺波溺死在拉薩河，迎請格魯派五世###喇嘛到日喀則，轉而將西藏地方的全部政權交給了五世###喇嘛，建立起甘丹頗章政權。噶舉派的勢力從此由格魯派取代，甘丹頗章政權開始。
早在格魯派取得西藏管理權之前，格魯派的高僧、追認的三世###索南嘉措曾勸蒙