決戰。並令周蔭人陳兵閩、粵邊，擾亂北伐軍的後方。
這時北伐軍正在圍攻武漢三鎮。蔣介石聞訊，即電斥孫傳芳，並通電全國，內稱：
孫氏年來因利乘便，入據江浙，猶復野心不戢，以保境安民為名，行侵略擾民之實。近復徵調頻繁，謀擾湘粵。其致中正陽電，實屬意圖挑釁。是非曲直，當世自有公論。
９月初，蔣介石下令主力分三路東移，以第一、第二、第三軍為右翼，由蔣介石親自指揮，由銅鼓、吉安、萍鄉向南昌進擊；以第一軍的第一師和第六軍組成中路軍，由程潛指揮，該軍出修水、武寧，直搗德安，以截斷南潯鐵路；以第七軍為左翼，由李宗仁指揮，從鄂城，大冶一線入贛，直攻九江孫傳芳的司令部。
９月初，北伐軍攻打孫部的３路人馬，經過奮勇作戰，先後攻佔萍鄉、宜春、贛州、贛信等地。程潛指揮第六軍主力謝鴻勳師血戰八日，謝師大敗。程部佔領了修水。朱培德率部攻袁州，孫部鄧如琢率軍相迎，雙方激戰之後，鄧部大敗。北伐軍分３路包圍了南昌。９月１９日，程潛率中路軍攻進了南昌。孫傳芳聞報大怒，嚴令前線各軍“限日奪回省城，否則軍法從事”。孫部第三方面軍總司令盧香亭急令鄭俊彥軍沿南潯路直撲南昌；鄧如琢軍由樟樹沿贛江北上。由於北伐軍後援未至，加之第一師師長王柏齡去逛妓院，軍中無主，人馬大敗。程潛易服剪須方奪路逃生。
９月２９日，蔣介石下令人馬二打南昌。１０月１１日，北伐軍將南昌合圍。蔣介石親赴前線指揮戰鬥。南昌城甚為堅固，且位於江邊，北伐軍背水而戰。參謀長白崇禧認為蔣的此舉犯了兵家之忌。但蔣介石剛愎用事，不聽白之言。當北伐軍攻城之際，孫部守城人馬趁夜從水閘底爬出，殺向北伐軍。一時間，北伐軍人馬大亂，竟使蔣、白無法指揮，城內人馬又乘勢殺出，北伐軍大敗，二攻南昌又未果。
１０月１５日，廣州召開國民黨中央執行委員會暨各省和海外黨部聯席會。蔣介石給聯席會發去電報，內稱：
中正出師３月，北伐無功，對黨對國，罪累彌深。此後惟有服從黨令，向前奮鬥，鞠躬盡瘁。
電報發出之後，蔣介石召開了前線高階將領會議。蔣說“此次我軍對贛作戰之失敗，其原由為行動遲緩之故，行動遲緩之故又為聯絡不易，交通梗阻，而敵乘我之弱點利用敏捷之運輸，集中兵力，轉用於各戰場，一兵可抵兩兵之用。”
txt電子書分享平臺
蔣介石小廟求籤（2）
會上，蔣介石與李宗仁、程潛等一起重新制定了軍事部署，為《肅清江西計劃》。下令調張發奎、陳銘樞所屬的兩師人馬和新收編賀耀祖獨立第二師星夜入贛參戰。將原兵力重新進行調整，兵馬分為３路，左路由李宗仁指揮，右路由朱培德指揮，中路由程潛指揮，蔣介石坐鎮中軍。在對孫傳芳發動總攻擊之際，蔣以國民政府名義發表了通電，歷數了孫傳芳的罪惡。１０月３０日，蔣介石下達了總攻擊的動員令，內稱：
我軍此次總攻擊，務將孫之勢力迅速撲滅，使軍閥餘孽不致蔓延，即帝國主義者亦必震懾而不敢發，則時局方得捩轉，革命乃可成功。凡我革命軍人須知，我不殺賊，賊必殺我。寧為玉碎，毋為瓦全，能為最後之犧牲，始博最後之勝利。
１１月１日，蔣介石指揮３路人馬，殺向孫部。李宗仁第七軍經過拼殺，佔領了德安。張發奎部和賀耀祖師對馬回嶺守軍進行夾擊，孫軍大敗，北伐軍遂佔了南潯路重要據點。李宗仁又指揮賀耀祖師北進，一舉攻下九江。
在南昌戰役中，蔣介石隨第三軍、第六軍行動。當李宗仁指揮人馬在德安與敵激戰時，蔣介石指揮第三軍攻打南昌約三十幾裡的牛行車站。１１月４日，終於在空軍的協助下，佔領了該車站。
這日傍晚，蔣介石的總司令部在牛行車站附近宿營，因為戰事，老百姓都跑光了，車站周圍沒了人。蔣介石和白崇禧便在車站散步，二人抬眼見不遠處有一小廟，廟雖不大，卻很整潔，並有炊煙上升，說明廟內有人。蔣介石、白崇禧都很迷信，二人邁步來到廟前。進入廟門，見正殿上供有神像，神像前香菸繚繞，二人定睛一看，正殿神龕中之神像，乃為關羽聖帝。但見這位聖帝赤面長髯，左右關平、周倉，抱柱聯文為：赤面秉赤心騎赤兔追風千古常照赤日；青燈觀青史仗青龍偃月一生不愧青天。關聖帝簡稱關帝，俗稱關公，即三國時蜀國名將關羽，其字雲長，因與吳國作戰而死，追諡為壯繆侯，土人於玉泉山立祠。然自魏迄唐，關帝在民間影響不大，