蘇東坡也搖搖頭，到了王朝雲，她微笑道：“大學士一肚皮的不合時宜。”蘇東坡聞言，捧腹大笑，讚道：“知我者，唯有朝雲也。”從此對王朝雲更加愛憐。
蘇東坡在杭州四年，之後又官遷密州、徐州、湖州，顛沛不已，甚至因“烏臺詩案”被貶為黃州副使，這期間，王朝雲始終緊緊相隨，無怨無悔。在黃州時，他們的生活十分清苦。蘇東坡詩中記述：“今年刈草蓋雪堂，日炙風吹面如墨。”王朝雲甘願與蘇東坡共度患難，布衣荊釵，悉心為蘇東坡調理生活起居，她用黃州廉價的肥豬肉，微火慢嫩，烘出香糯滑軟，肥而不膩的肉塊，作為蘇東坡常食的佐餐妙品，這就是後來聞名遐邇的“東坡肉。”元豐六年，王朝雲為蘇東坡生下了一子，取名遂禮，想起昔日的名躁京華，而今卻“自漸不為人識。”都是因為聰明反被聰明誤，因而感慨系之，而自嘲一詩：人皆養子望聰明，我被聰明誤一生；
唯願孩兒愚且魯，無災無難到公卿。
宋神宗駕崩後，宋哲宗繼位，任用司馬光為宰相，全部廢除了王安石的新法；因而反對新法的蘇東坡又被召回京城升任龍圖閣學士，兼任小皇帝的侍讀，這時的蘇東坡，十分受宣仁皇太后和年僅十二歲的小皇帝的賞識，政治上春風得意。說來令人費解，在東坡政途黯淡失意時，與之患難共攜、相濡以沫的王朝雲，此時卻顯得不那麼重要了。官場應酬與居家主事，自然處處以王閏這位續絃夫人為主；夜深人靜時，蘇東坡又不時懷念起死去的結髮妻子王弗，曾有小詞雲：十年生死兩茫茫，不思量，自難忘。千里孤墳，無處話淒冷。縱使相逢應不識，坐滿面，鬢如霜。夜來幽夢忽還鄉，小軒窗，正梳妝。相顧無言，唯有淚乾行。料得年年腸斷處，明月夜，短松岡。
然而，只不過風光兩年而已，蘇東坡再度被排擠出京而出任杭州知府。舊地重臨，杭州百姓沿路焚香鳴炮歡迎他們所愛戴的父母官。為了不孚眾望，在王朝雲的枕畔細語中，蘇東坡此次前來，立意要為杭州的百姓做下幾樁有益之事。當時，恰逢江浙大旱之年，杭州一帶饑荒與瘟疫並作，於是，蘇東坡上書朝廷請求減免貢米；同時廣開糧倉、設點施粥，大濟災民；還調遣了大批民間良醫，免費為災民診治疫病；並淘挖深井、引水灌溉，幫助人民度過了大災之年。在任期間，他十分重視整修西湖，取湖中所積葑草、淤泥堆築成堤，以溝通南北；廣種菱角、荷藕於湖中，使葑草不能再生；沿堤遍植芙蓉、楊柳，春秋佳日，花開如錦，綠絛拂堤，人行其上，猶如置身於畫中。這一系列的整治措施，不但便利了交通，美化了湖景，更重要的是可以防止湖水的淤塞，保護杭州城不受江潮的肆虐，確實是為杭州人民做了一件大好事。後人為了紀念蘇東坡的德惠，給這條長堤取名為“蘇公堤”，這裡面其實也包含了賢內助王朝雲的一份心血呢。
此後十年之中，蘇東坡又先後出任穎州和揚州知府，續娶的王夫人已逝。宋哲宗業已親政，用章惇為宰相，又有一批不同政見的大臣遭貶，蘇東坡也在其中，被貶往南蠻之地的惠州（今廣東省惠陽縣），這時他巳經年近花甲了。眼看運勢轉下，難得再有起復之望，身邊眾多的侍兒姬妾都陸續散去，只有王朝雲始終如一，追隨著蘇東坡長途跋涉，翻山越嶺到了惠州。對此，東坡深有感嘆，曾作一詩：不似楊枝別樂天，恰如通德伴伶元；
阿奴絡秀不同老，無女維摩總解禪。
經卷藥爐新活計，舞衫歌板舊姻緣；
丹成逐我三山去；不作巫山雲雨仙。
此詩有序雲：“予家有數妾，四五年間相繼辭去，獨朝雲隨予南遷，因讀樂天詩，戲作此贈之。”當初白居易年老體衰時，深受其寵的美妾樊素便溜走了，白居易因而有詩句“春隨樊子一時歸。”王朝雲與樊素同為舞妓出身，然而性情迥然相異，朝雲的堅貞相隨、患難與共，怎不令垂暮之年的蘇東坡感激涕零呢！
王朝雲在惠州又為蘇東坡生下一子，取名乾兒，因產後失調，身體十分虛弱，終日與藥為伍，總難恢復，於是就皈依佛門，拜比丘尼義衝為師，天天誦經求佛，也不見效。不久便帶著不捨與無奈溘然長逝，年僅三十四歲。臨終前她執著東坡的手意蘊深長地說：“世上一切都為命定，人生就象夢幻泡影，又象露水和閃電，一瞬即逝，不必太在意。”這番話並不只是她皈依佛門後悟出的禪道，其中寓藏著她對蘇東坡無盡的關切和牽掛，生前如此，臨終亦如此。“
朝雲死後，蘇東坡將她葬在惠州西湖孤山南麓棲禪寺大聖塔下的松林之中，並在墓上築六如亭以紀念她，這就是開頭那副楹聯