然而，東林黨內部也並非全然一心，在面對一些利益紛爭和局勢變化時，也存在著不同的聲音和立場分歧。
一部分東林黨人，如周鑣等，出於對大明王朝統治秩序的維護以及自身階層利益的考量，積極行動起來。他們憑藉自身在城內的影響力，四處奔走，號召士紳們捐錢捐物，為守軍提供物資支援，同時鼓動年輕人投身到保衛南京城的戰鬥中去，試圖以此來抵禦龍虎軍的進攻。他們在城中的大街小巷張貼告示，呼籲百姓們團結起來，共同守護南京城，言辭懇切，頗能打動人心。息如一陣寒風般吹進南京城時，這種分歧便愈發明顯。
但也有另一部分東林黨人，在目睹龍虎軍的強大氣勢後，內心開始動搖，暗自權衡著與龍虎軍合作可能帶來的利弊，陷入了糾結與矛盾之中。