爪哇島建立起統治秩序，對投降者進行妥善安置與管理，所謂妥善的安置和管理，當然就是先去勞動改造，確保爪哇島的穩定與發展，使其成為龍虎軍在東南海域統治的重要支撐點。
征服爪哇島後，龍虎軍繼續向後世印尼其他諸島進軍。巴厘島等其他島嶼上有較多的土著部落聚居。鄭芝龍率領海盜們前往這些島嶼進行襲擊威懾。對於那些願意投降的部落，龍虎軍給予一定的自治權，並幫助他們發展生產，改善生活。但對於那些拒不投降的部落，鄭芝龍的海盜們則毫不留情地發動攻擊。海盜們憑藉著熟悉的海上作戰方式，從海上對部落進行突襲，燒燬他們的船隻和沿海建築，然後配合龍虎軍的步兵團和騎兵千總進行陸地圍剿，將這些部落的反抗力量徹底消滅，以確保龍虎軍對印尼諸島的全面掌控。
歷經近一年的征戰，在李長壽的指揮下，龍虎軍成功統一了東南海域所有島嶼。澳大利亞也已遙遙在望。