這些無不說明忍者與大名之間的關係並非一成不變，而是充滿了動態的變化。在這兩者之間的平衡，反倒促使對於火影世界中那些各大忍村的穩定，使國家正常化，可以說如果沒有大筒木黑絕後來的事，與宇智波佐助、漩渦鳴人的主角光環，忍村要麼變成以大名為主的舊關係，要麼推翻大名建立真正的忍者國。
由於國家間經濟發展的不平衡導致經濟差距加大，國家提供資金給忍村，忍村要負責國家的防禦和進攻，各國忍村武鬥派勢力抬頭，以加大公平的特權為由，推行以武力來勢力擴張，掠奪資源，忍界大戰忍者是下場，挑起戰爭的是國家。
第二次忍界大戰爆發！
在戰爭開始前，火之國和木葉高層為了先發制人，決定向雨之國宣戰，並尋求借路。與此同時，巖隱和砂隱也沒有猶豫，緊接著對雨之國宣戰。
這樣一來，雨之國成為了四大國的戰場，陷入了複雜的戰爭局勢。在這種情況下，雨之國的忍者不得不面對來自四個國家的敵人，處境極其艱難。
雨之國的地理位置，導致四個國家在雨之國展開了激烈的爭鬥，在第二次忍界大戰期間，雨之國由於地處土、風、火三大國之間，淪為了主戰場。多國忍者部隊在雨之國境內交戰，給雨之國帶來了沉重的災難。大量平民在戰亂中失去家園，甚至生命。
彌彥、長門和小南這三位孤兒就是在這場戰亂中失去父母的。他們成為了流浪兒，在戰爭的陰影下艱難求生。
雨隱村首領山椒魚半藏無法坐視雨之國繼續遭受這樣的災難，他向入侵雨之國的大國宣戰。於是，火之國、風之國、雷之國和土之國之間在多個戰場展開了激烈的戰鬥，第二次忍界大戰進入了白熱化階段。
在這場戰爭中，各個忍者村都付出了沉重的代價，雙方的損失都非常慘重。然而，戰爭並未就此停止，而是繼續吞噬著無數生命和家園。
先是三大忍村在雨隱村激戰，最終木葉勝利，但山椒魚半藏所說的木葉勝利，應該是火之國和木葉對雨隱戰爭勝利，但不是第二次忍界大戰勝利。
隨後應該木葉和雨隱對戰另外兩個忍者村。雨之國借路後，火之國的木葉穿過去與巖隱和砂隱交戰，其補給依賴雨火線，由此為了破壞後勤，千代的毒因為傷害木葉也傷害了雨忍，半藏便與千代交手起來，可以說此時的山椒魚半藏是真正的半神半藏。
隨後，自來也遇到了彌彥、小南和長門這三個戰爭孤兒。他心生憐憫，決定留下來照顧他們，希望他們能夠在這殘酷的戰爭中找到一絲溫暖和希望。
儘管他努力為這三個孩子提供了庇護和關愛，但他們仍然需要面對戰爭的現實。自來也教給他們忍術，希望他們能夠保護自己，同時也希望他們能夠為了和平而戰鬥。
在自來也的指導下，彌彥、小南和長門逐漸成長為強大的忍者。他們組建了名為“曉”的組織，旨在透過和平手段改變世界的命運。
自來也的關愛和教導對這三個孩子的成長產生了深遠的影響。儘管戰爭仍在繼續，但他們已經下定決心，要為了和平而努力，讓世界遠離戰火與痛苦。
但是，戰爭並未因為自來也的善舉而結束，雲隱村為了將尾獸用於軍事目的，不斷地進行尾獸試驗。然而，由於人柱力未能完全控制尾獸，八尾多次暴走，對雲隱村造成了嚴重破壞。每次制止失控的八尾都會出現眾多的傷亡。
為了尋求能夠控制尾獸的力量，雲隱村將目光投向了具有特殊查克拉能夠封印尾獸的漩渦一族。於是，雲隱忍者趁戰亂潛入木葉村，拐走了漩渦玖辛奈。
波風水門得知訊息後，毫不猶豫地獨自一人前去營救玖辛奈。儘管當時水門和玖辛奈都只有10歲，還只是從忍者學校剛畢業的年幼下忍，並沒有被派上戰場。但水門已經展現出了非凡的天賦，輕鬆地將三名成年雲隱忍者擊倒，成功地解救了玖辛奈。
這次事件使得玖辛奈對水門產生了好感，兩人的緣分由此開始。同時，這次事件也反映出木葉村在戰爭期間防衛疏鬆，給了雲隱村可乘之機。
第二年，戰爭轉入區域性式戰鬥，火之國突入風之國境內，雷之國突入土之國境內，結束標誌就是巖隱和砂隱，進攻失敗。
就在這一年，第二次忍界大戰結束，但是武鬥派，並沒有停下來。第三次忍界大戰結束後，武鬥派算是徹底消停下來。除了雲隱，各國都在削減軍備了。
雙方戰爭包括
雨隱vs砂隱：
雨隱與砂隱交戰，戰場上山椒魚半藏所釋放