在火影世界中，查克拉是一種神秘的力量，具有增強肉體功能、釋放忍術等多種功能。對於普通忍者來說，查克拉是上天賜予的強大力量，而對於那些瞭解“神話時代”資訊的有心人來說，查克拉則是“卯之女神”從遙遠的外太空帶來的“禮物”。
追溯查克拉的起源，都可以追溯到上古時期，也就是六道仙人大筒木羽衣的時候，對上帝視角的穿越者來說。大筒木輝夜與大筒木一式被派遣到忍界種植神樹，大筒木輝夜不想成為神樹的活祭品，於是偷襲了大筒木一式並最終獲勝。隨後，大筒木輝夜將身受重傷的大筒木一式獻祭給十尾，併吞食了神樹果實，從而獲得了強大的查克拉。
大筒木輝夜生下了長子大筒木羽衣和次子大筒木羽村。在她準備抵抗大筒木可能隨時派遣過來的追兵時，卻被自己的兩個兒子成功背叛，查克拉也被大筒木羽衣分配給了自己建立的忍宗眾人，也就是後續能夠使用各類忍術的忍界忍者。
然而，這其中有一個非常嚴重的問題被所有人忽略了：在大筒木輝夜來到忍界之前，這個星球上是否就已經存在查克拉？忍界的查克拉是否因為大筒木輝夜的到來才與自然能量有所關聯？實際上，忍界只是大筒木一族眾多植樹目標之一，查克拉的起源自然是到那不知在何處的大筒木一族。
儘管現在的忍者收到了這份“禮物”，甚至能夠自行合成出查克拉這種本不應該存在於世界的東西。但如邁特戴、陳老師的弟子和洛克李這樣的忍者可以證明，查克拉並沒有完全取代星球的自然之力。
區別之處，在於，大筒木一族以神樹科技為自己一族，專門創造了查克拉，本身就像帶了主人的指紋鎖、智慧科技，並不是所謂的普通人的修行體系。要不是忍界這裡出了一點“小意外”，導致了查克拉作為禮物被“分享”給整個忍界。大筒木本應該將整個星球的自然能量，用神樹全部榨取成查克拉，然而在吞噬了一半的大筒木一式後雖然依舊凝聚出了一枚查克拉果實，但卻並沒有能夠將這個世界的所有自然能量徹底抽乾。因此，所謂的查克拉其實已經實錘了，是神樹汲取自然能量轉化而來的東西，連破星都沒有，用吞噬星空說根本算不得恆星級、行星級，最多就是個地表級玩意兒。
這個故事告訴秦幸博，查克拉是神樹轉化自然的過程，但它並非是絕對主宰。忍者世界中的查克拉只是世界、星球的一部分，其他自然能量如身體能量和精神能量同樣值得尊重和發掘，應該學會利用和掌控自然能量，不能忽視自然能量的價值。
查克拉的秘密其實秦幸博很清楚，外星人的智慧科技罷了，只不過加工程度還不清楚，不過從後來忍者的奈米研究、重粒子看，查克拉恐怕更深入微觀，有可能是皮米或者亞原子又或者一種以量子為核心製作的人造能量加工印表機。也許是透過量子、亞原子，把自然能量感染、加工成查克拉的。
總的來說，查克拉雖然現在是忍界不可或缺的一部分，但絕不是全部。特別是秦幸博想要離開忍界的最終目標的話，就更應該做好必要的器具，去研究自然能量，努力發掘各種查克拉的微觀、宏觀結構，以實現真正的探查到大筒木科技的核心科技，以圖可以仿製山寨後，研發自己的核心人造能量加工器，在這個過程中，首先就面臨忍界還沒有進化的研究器具，科研器具的缺陷，只能透過不斷地嘗試和嘛索，才能找到問題的答案。
所以現在忍界人類與原本的自然能量下人類的存在，有某種本質上面的不同，或者說缺少了查克拉融入的過程。
也就是陰遁、陽遁何時代表了精神與身體？”
“畢竟對現在的忍者來說，如果查克拉消耗過大，又不透過外界方式來補償，整個人都有性命之危。
身體能量和精神能量本質上也是自然之力，正如沒有查克拉之前，人類是被包含進自然的。所謂查克拉，其實就是對自然能量的加工和利用。查克拉的融入，神樹的植入或者說曾經忍界古人類被白絕化。
哪怕減少查克拉或沒有查克拉，強大的身體確實有助於支撐強大的精神，但強大的精神並不一定總能支撐起強大的身體。然而，這並不意味著精神無法對身體產生影響。事實上，精神可以透過多種方式對身體產生正面或負面的影響。
就我所知穿越前，心理上一些問題確實會促使生理上激素髮生變化，生理上面的變化也會導致心理上，就如精神病與神經病，生理與心理，況且穿越後這具孩童的激素，總會讓他有衝動、蹦蹦跳跳的感覺。
而且查克拉是無法儲存的，幾乎隨取隨用只有