現在的自然能量：
是由天地自然萬物所共同誕生的能量，本來沒有任何問題，可以自由吸收修煉進化。這點的證據來源於蛤蟆丸和魍魎女巫等一系列疑似或確定，活躍在查克拉體系誕生前的人物。
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來自自然的力量，與它接近的並不多，仙術查克拉或者十尾的尾獸之力，與未凝聚前的尾獸之力有所區別。自然能量可以被吸收用於修煉仙術，而尾獸只能使用忍術。尾獸需要透過打坐吸收自然能量來使用仙術，這表明尾獸和自然能量並非同一個體系。自然能量具有長壽、難以察覺、啟靈啟智、易受個體意志影響等特點。甚至能夠從個體的意志與生理延伸出的掌控方向，即仙術查克拉。
仙術查克拉：
仙術查克拉是在身體能量和精神能量的基礎上吸收自然能量後形成的，以消耗仙術查克拉釋放的忍術稱為仙術。
此基礎上吸收自然能量（迴圈於世界內交融的能量，當然也有因為不同區域的生命、智慧生命、環境緯度產生不同性質的自然能量）並完全融合後形成的。但是，要維持三種查克拉平衡，各佔三分之一才能發動。如果超過三分之一，就會被自然之力吞噬，如果不到三分之一，就不能發動仙人模式。
例如，龍地洞一系的物質掌控能力，對於震動的操縱和對震動的感知強化；
妙木山一系的可以操控無主的自然能量來形成無形的攻擊，全面強化自身屬性形成無形的盔甲，感知能力的大幅度增強。
溼骨林一系的能力雖然還未明確，但柱間說不定就有這類加持，雖然預設為是千手柱間自己修成的，還是可以從蛞蝓仙人推測出會擁有的仙術特點，比如異常旺盛的生命力（生命力並不是身體力量，更像是身體+精神，也就是最抽象的壽命，和直觀的回覆能力）以及賦予外物相當的活性。
可以說木遁的成因太複雜了，神樹因子返祖？有可能。
陽遁+水遁+土遁的近乎血繼淘汰的合成？有可能。
阿修羅查克拉的影響？有可能。
自然能量的影響？有可能。
如果說這些都有可能，證據就是阿修羅和因陀羅從來沒有表現出仙術，而對尾獸的控制，仙人之眼還說的過去，仙人之體這種只適用自體，如何利用術印去影響外部。
更何況自然的力量，會由於地理的不同，也有不同變種。例如樓蘭的龍脈可以時空跳躍，就能懷疑是因為時空受損，導致這塊龍脈更活躍的自發修補，因而產生了時空聯絡，而重吾族地被動具備的類仙術自然能力，則是龍地洞外洩的，有一定非蛇化的稀釋自然能量影響，在長久侵染下把重吾族人們的人體，改造成了易受自然力量影響的體質，操縱自身血肉以及可以給外人修補身體的力量，並且可以隨意操縱查克拉在自身爆發的能力。說不定這就是他們增強精神、肉體操控的原因，特別是狀態好的時候與動物交流、狀態不好時，能驚飛小鳥。毫無疑問是精神上和肉體上被自然能量影響了。
秦幸博意識到，阿修羅才可能是大筒木羽衣的一個突破點，一個與大筒木體系下的因陀羅不同的存在。阿修羅比大筒木羽衣本身更加融入本土的自然之力，說到底，羽衣已經用過仙術與查克拉封印大筒木輝夜了，對於擺脫母親的影響或者嘗試不被查克拉體系束縛住，這可能是羽衣研究仙術和查克拉的原因
至於大筒木羽衣是否知道星球之外還有大筒木，那就真不好說了。至少秦幸博對大筒木還有一定的情報，金手指的資訊蒐集也能比對，劇情中的設定改變的地方不多，反正比忍者們知道更多查克拉的理解。
然而，這僅僅是秦幸博的一個猜測，他並沒有確鑿的證據來證明這一點。無論如何，秦幸博認為羽衣的行為是一個值得深入研究的課題。
普通的查克拉：
忍者本身發動忍術是依靠發動體內的查克拉發動，普通的查克拉是透過自己的身體能量和精神能量混合所得到的。
已知查克拉是由神樹轉化自然能量而成的，並且查克拉是由六道散播開稀釋後的能量，如那時的蛤蟆丸就完全沒有查克拉，但是它有智慧可以交流，那時應當是以操縱自然力量的巫女、陰陽師、武士、妖怪為主體，但因為神樹的原因環境降低，導致力量減少加之大筒木有可能清理強者，那些弱者只能選擇接納查克拉為主體能量源之一。
所以查克拉並不能自主修行，因為查克拉是由六道分享的查克拉種子，相當於小型神樹紮根於肉體與精神，查克拉的增長只能由身體生命力的成長和精神