明朝末年，天下動盪不安，內有李自成等農民起義軍揭竿而起，外有清軍虎視眈眈。然而，在這風雨飄搖的局勢下，秦淮河畔卻依舊歌舞昇平，畫舫穿梭，呈現出一派紙醉金迷的景象。這裡，是文人墨客與青樓女子的匯聚之地，他們在此吟詩作對、談情說愛，似乎外面的戰亂與他們毫無關係。
在秦淮河畔的媚香樓中，住著一位色藝雙絕的女子，名叫李香君。李香君自幼聰慧過人，被鴇母李貞麗視為掌上明珠，悉心調教。她不僅容貌秀麗，身姿婀娜，而且精通琴棋書畫，尤其擅長唱曲，其歌聲婉轉悠揚，如黃鶯出谷，令人陶醉。更難得的是，李香君雖身處青樓，卻有著一顆高潔的心，她對那些只知尋歡作樂的達官貴人不屑一顧，渴望能遇到一個真正懂她、欣賞她的人。
一日，復社文人侯方域來到秦淮河畔。侯方域出身官宦世家，自幼飽讀詩書，才華橫溢，是復社中的重要人物。他此次來到秦淮河，一方面是為了與友人相聚，另一方面也是想在這繁華之地尋找一些創作靈感。在友人的引薦下，侯方域來到了媚香樓，與李香君相見。
當侯方域踏入媚香樓的那一刻，他便被眼前的女子所吸引。只見李香君身著素色羅裙，面容姣好，氣質高雅，宛如一朵盛開在淤泥中的蓮花，清新脫俗。而李香君見到侯方域，也不禁心中一動。眼前的男子風度翩翩，談吐不凡，舉手投足間都透著一股文人的儒雅之氣。兩人對視的瞬間，彷彿時間都停止了，一種奇妙的感覺在他們心中悄然滋生。
在接下來的交談中，侯方域與李香君發現彼此有著許多共同的興趣愛好和話題。他們談論詩詞歌賦，談論天下局勢，相談甚歡。侯方域被李香君的才情和見識所折服，李香君也被侯方域的才華和抱負所打動。不知不覺中，夜幕降臨，侯方域卻仍意猶未盡，他決定在媚香樓留宿。
此後，侯方域便常常來到媚香樓與李香君相聚。他們一起在秦淮河畔漫步，欣賞著美麗的夜景；一起在媚香樓中吟詩作畫，互訴衷腸。隨著時間的推移，兩人的感情越來越深厚，彼此都認定對方是自己一生的伴侶。
然而，他們的愛情之路並非一帆風順。當時，閹黨餘孽阮大鋮為了拉攏復社文人，企圖透過侯方域來達到自己的目的。他得知侯方域與李香君相愛，便出資為他們舉辦了一場盛大的婚禮，希望藉此討好侯方域。
李香君得知此事後，堅決反對。她深知阮大鋮是個卑鄙小人，其目的不純。她對侯方域說：“公子，我們的愛情應該是純潔的，不能被這些世俗的東西所玷汙。阮大鋮乃閹黨餘孽，他的錢我們不能要。我們寧願過著清苦的日子，也不能與他同流合汙。”侯方域聽了李香君的話，深感愧疚，他為自己的一時糊塗而自責。於是，他拒絕了阮大鋮的資助，與李香君一起將婚禮辦得簡單而又溫馨。
阮大鋮得知侯方域拒絕了自己，心中惱羞成怒。他決定報復侯方域和李香君。不久後，南明弘光政權建立，阮大鋮憑藉著自己的手段在朝中獲得了權勢。他開始對復社文人進行打壓，侯方域也因此受到牽連，被迫離開南京，前往揚州投奔史可法。
侯方域的離去，讓李香君悲痛欲絕。她整日以淚洗面，思念著遠方的侯方域。然而，她並沒有被悲傷打倒，而是堅強地等待著侯方域的歸來。
阮大鋮並未就此放過李香君。他為了討好權勢，竟逼迫李香君嫁給漕撫田仰為妾。李香君寧死不屈，她以頭撞地，血濺當場，堅決反抗阮大鋮的無理要求。這一幕恰好被楊龍友看到，楊龍友被李香君的貞烈所感動，他用李香君的鮮血在一把扇子上畫了一幅桃花圖，這便是著名的“桃花扇”。
此後，李香君便帶著這把桃花扇，繼續在媚香樓等待侯方域。然而，她的等待卻充滿了艱辛和痛苦。南明政權腐敗無能，在清軍的進攻下迅速瓦解。南京城破之日，李香君為了躲避戰亂，被迫離開媚香樓，四處逃亡。
在逃亡的過程中，李香君歷經磨難，她曾被亂兵追趕，也曾忍飢挨餓，但她始終沒有放棄尋找侯方域的希望。終於，在一個偶然的機會下，李香君得知侯方域在棲霞山。她不顧自己身體的虛弱，毅然前往棲霞山尋找侯方域。
當李香君終於在棲霞山找到侯方域時，兩人激動地相擁而泣。然而，此時的他們都已歷經滄桑，面容憔悴。他們訴說著彼此的思念和遭遇，心中滿是感慨。
就在他們沉浸在重逢的喜悅中時，一個道士突然出現。道士指責他們的愛情是亂世的禍根，讓他們放下塵世的一切，皈依佛門。侯方域和李香君聽了道士的話，心中十分迷茫。他們