幾百年過去了，艾利克斯早已不在人世，但他的組織依然存在並且蓬勃發展。一天，一顆偏遠星球上報來奇怪現象，疑似黑暗力量又有復甦跡象。新一代的守護者們緊張起來，他們依據當年艾利克斯留下的資料展開調查。
到達那顆星球后，他們發現一股神秘力量在影響著當地生物的心智，使它們變得暴躁和具有攻擊性。這股力量不同於以往的黑暗力量，更加隱蔽。
正當他們愁眉不展時，一位年輕的研究員發現這股力量竟源於當初制定的限制生命起源晶體深層次力量的規則。因為時間久遠，規則中的部分禁制產生了漏洞，導致晶體力量洩漏變異。
於是，他們趕忙修復規則漏洞，那股怪異力量隨之消失。此事過後，他們更加深刻地認識到艾利克斯的先見之明，同時也明白了即便處於長久的和平中也要時刻保持警惕，不然隱患隨時可能爆發，威脅宇宙的和平。
守護者們返回總部後，將此次事件整理成報告，存放在資料庫最顯眼的位置，以警示後人。然而，就在不久之後，警報聲再次響起。原來，之前被那股奇異力量影響的生物中有一部分發生了基因層面的突變，這種突變使得它們具備了跨越星際旅行的能力。而且，它們心中充滿了復仇的怒火，認為是守護者們破壞了它們獲得強大力量的機會。
新一代的守護者們迅速集結，可面對這種前所未有的敵人，常規的戰鬥方式並不奏效。這時，艾利克斯曾經創造但未曾使用過的一種能量護盾技術引起了他們的注意。經過緊急研究和改良，他們成功啟動了這個護盾，暫時抵禦住了來襲的生物。但這只是權宜之計，他們必須找到徹底解決的辦法。其中一名擅長心靈溝通的守護者冒險嘗試與這些生物對話，向它們解釋事情的真相以及失控力量的危害。經過艱難的交流，這些生物最終平靜下來，危機再次解除，而守護者們也深知守護之路任重道遠。
經歷這場危機後，守護者們決定重新審視整個宇宙的安全防護體系。他們分組前往各個星系，檢查是否還存在類似的潛在危險。一組守護者來到了一個古老文明的遺址，在這裡發現了一些奇怪的符文。經過解讀，他們意識到這是一種可以強化生命起源晶體力量並且穩定其規則的方法。
與此同時，另一組守護者在一個即將毀滅的星球上，發現了一種特殊的生物，這種生物能夠釋放出一種和諧的波動，可以平復任何憤怒和仇恨的情緒。守護者們想到，如果將這種生物帶到總部培養，以後再遇到類似被激怒的敵人就可以輕鬆化解矛盾。
當各小組帶著成果返回總部時，大家興奮不已。他們立刻著手研究並整合這些新發現。經過一段時間的努力，他們不僅完善了生命起源晶體的管理系統，還擁有了應對憤怒敵人的平和手段。此後，守護者們更加積極地探索宇宙各處，不斷提升自身實力和知識儲備，堅定地在守護宇宙和平的道路上前行。