重新睜開眼的零號再次從場景的瞬間切換裡回過神來，這種感覺就像是前一刻你還在冰天雪地的東北老家，下一刻就來到撒哈拉沙漠裡玩泥巴，最關鍵的問題是身上還穿著大棉襖配二棉褲裡頭是羊皮外面裹著布
零號的身體周圍仍然有一堵看不見的立場限制他的行動，自身能夠活動的空間依然狹小，當他看清面前的景物後發現自己正在一架處於靜止狀態的飛機艙房裡。
從一旁的從舷窗裡可以發現此時的飛機正處在雲層之上，正當零號思考之時眼前再次浮現金色的契約者通用文字，耳中同時響起那絲毫不帶感情的聲音！
2023年某公園發生恐怖襲擊案，唐納德摩登將軍在此次襲擊事件中失去了一隻眼睛，而他的妻兒也在他眼前雙雙罹難。
精神陷入瘋狂的摩登將軍四處尋找妻兒遇害的線索，根據知情人士提供情報，摩登將軍至親的死亡原因與正規軍高層的腐敗有著直接關係。
已經對正規軍失望至極的摩登將軍率領著大量忠心的屬下脫離了正規軍，從此改名為“反叛軍團”也被稱為“摩登軍團”，不久之後世界各地偶爾會傳出關於家畜或者市民詭異失蹤的訊息。
摩登將軍聯合了許多與正規軍政見不合的私人武裝，並且組成了利益聯盟企圖統治全世界，2026年摩登軍開始對世界政府發動進攻，這次叛變戰爭從一開始摩登軍團就處於優勢。
在接下來戰爭持續的兩年時間裡一直處於劣勢的正規軍秘密研發了一種名為“合金彈頭”的超級坦克，企圖依靠它來反敗為勝。
卻不料世界政府的這個計劃卻被摩登將軍所發現，2028年正規軍制造出的“合金彈頭”幾乎全被摩登軍搶走，摩登將軍擁有這些超級坦克後揚言要用170小時統治世界。
摩登軍團的這場戰爭在最後卻因為某些特殊原因而功敗垂成，最終正規軍俘虜了摩登將軍並對外宣稱已經將其收押在監獄中，而這個世界終於恢復了短暫的和平！
“主線任務已重新整理！”左手背部的契約烙印發出微弱的灼燒感將零號拉回現實，這次腦中只出現了這麼簡短的一句話預示著選擇主線任務的時候到了！
主線任務拯救模式：
難度普通：拯救二十名挖掘工人。（0/20）
難度困難：拯救二十名變成木乃伊計程車兵。（0/20）
難度噩夢：拯救二十名繭裡計程車兵。（0/20）
難度地獄：拯救二十名進行突變計程車兵。（0/20）
主線任務收集模式：
難度普通：收集三十顆遺蹟寶石（0/30）
難度困難：捕獲金蝙蝠（0/1）
難度噩夢：獲得阿拉丁神燈（0/1）
難度地獄：獲得古代摩羅石板（0/1）
主線任務擊殺模式：
難度普通：擊殺一百隻變異生物。（0/100）
難度困難：擊殺一百五十具木乃伊。（0/150）
難度噩夢：擊殺蜘蛛之母配偶。（0/1）
難度地獄：摧毀古代航標。（0/1）
支線任務劇情已經開啟契約者可自行選擇完成。
1受人敬仰！：加入一個勢力並且聲望至少達到尊敬！
2阿蒙森家族的執著！：在古代遺蹟中找到“阿拉伯之淚”！
3百太郎出場！：救出一文字百太郎！
4第三類接觸：開啟火星人聲望，並至少達到尊敬！
5秘密研究室！：至少摧毀三座“生物改造室”！
沒錯，新的任務世界就是大名鼎鼎的《合金彈頭》，零號看著工作列裡的這些任務一時間陷入了沉思，好在此時並沒有選擇時限這讓他有足夠的時間在腦中衡量該選擇的任務型別。
在腦中對所有任務做了對比和模擬測試後零號便看向了某個主線任務眯起了眼睛，腦子裡不由得想起了關於遊戲世界中火星人的設定。
合金彈頭世界裡的火星人在上古時期就造訪過地球，很快就將當時地球上的人類奴役並且利用火星人的高科技裝置在全世界建造了出了許多宏偉的建築群。
不過後來不知出於什麼原因古代火星人只留下了一小部分人手，其餘的的全都離開了地球，一直到摩登將軍準備懟翻全世界時期才駕駛著出了故障的太空母艦重新來到地球，並且與摩登軍團聯盟。
摩登軍團答應幫助火星人修理飛船，而作為回報火星人則教授摩登軍團遠超這個