制定應對策略只是解決危機的第一步，真正的挑戰在於將這些策略付諸實施。
在對神秘物質的應對策略實施過程中，探險隊面臨著諸多困難。前往古老文明遺蹟的路途充滿了危險，不僅要穿越危險的星雲帶，還要應對宇宙海盜的襲擊。星雲帶中的塵埃和能量風暴不斷衝擊著探險隊的飛船，對飛船的護盾和導航系統造成了巨大的壓力。而宇宙海盜則覬覦探險隊所攜帶的先進裝置和珍貴物資，他們在暗處伺機而動。
探險隊不得不加強飛船的防禦能力，同時提高船員的戰鬥素養。林曉家族派出了家族中的優秀戰士加入探險隊，為他們提供戰鬥技能培訓和實戰經驗指導。儘管如此，探險隊在途中還是遭受了幾次海盜的襲擊，雖然每次都成功擊退了敵人，但也損失了部分裝置和物資。
建立監測站也並非一帆風順。選址就是一個大問題，需要考慮到多個因素，如與神秘物質的距離、周圍宇宙環境的穩定性以及資源補給的便利性等。在確定了一個看似合適的地點後，建設過程又遇到了資源運輸困難的問題。由於監測站所需的裝置和材料都非常龐大和沉重，運輸飛船需要多次往返才能將所有物資運達。而且，運輸過程中還經常受到宇宙環境的干擾，導致運輸時間延長。
研發能量抑制裝置同樣困難重重。科學家們在理論設計轉化為實際模型的過程中遇到了技術瓶頸。他們發現，要產生與神秘物質能量波動完全匹配的反向能量波，需要一種能夠精確控制能量頻率和強度的技術，但目前的科技水平還無法滿足這一要求。科學家們不得不重新審視理論模型，尋找可能的替代方案。
在應對莫名疾病方面，防護層的研發面臨著材料合成的難題。新型複合材料的合成需要多種稀有元素，而這些元素在宇宙中的分佈非常分散。收集足夠的原材料成為了一項艱鉅的任務，星際聯盟不得不發動各個星球的力量，組織大規模的資源採集行動。
基因修復療法的研發則陷入了倫理爭議的泥潭。一些人認為，人為地改變生物基因序列可能會引發不可預見的後果，比如創造出一種新的、無法控制的生物物種。這種爭議導致基因修復療法的研究受到了各方的限制，進展十分緩慢。
檢疫制度在實施過程中也遇到了不少阻力。一些星球的居民對嚴格的檢疫措施表示不滿，他們認為這侵犯了他們的自由和權利。為了讓居民們理解檢疫制度的必要性，星際聯盟不得不開展大規模的宣傳教育活動，但效果並不理想。
林曉看著各項應對策略在實施過程中遇到的重重困難，心中充滿了憂慮。但他知道，現在不是退縮的時候，只有克服這些困難，才能真正化解宇宙面臨的危機。
林曉開始重新審視每一個應對策略實施環節，試圖尋找突破困境的新方法。
對於探險隊在途中遭受的種種危險，林曉與探險隊的領導者們進行了深入的討論。他們決定調整航線，避開星雲帶中能量風暴最為強烈的區域，雖然這可能會讓行程略微變長，但能夠極大地減輕飛船護盾和導航系統的壓力。同時，為了應對宇宙海盜，探險隊與星際聯盟的安全部隊達成合作，增加了定期的巡邏艦隊。這些巡邏艦隊會在探險隊的航線附近進行巡查，對宇宙海盜形成威懾，這一舉措讓宇宙海盜的襲擊頻率明顯下降。
在監測站的建設方面，林曉親自參與選址的重新評估。他帶領專家團隊對多個候選地點進行了更為細緻的勘察，綜合考慮各種因素之後，最終確定了一個新的地址。這個地址不僅距離神秘物質適中，周圍宇宙環境相對穩定，而且靠近一個資源相對豐富的小行星帶，這為資源補給提供了極大的便利。針對資源運輸困難的問題，林曉提出採用新型的運輸飛船，這種飛船採用了更先進的推進技術和防護系統，能夠在宇宙環境干擾下更穩定地執行，而且單次運輸量也大幅提升，大大減少了運輸次數。
研發能量抑制裝置的科學家們在林曉的鼓勵下，開始與其他星系的頂尖科研團隊展開合作。經過多方的共同研究和反覆試驗，他們發現可以透過組合幾種現有的技術手段，來實現對能量頻率和強度的相對精確控制。雖然這種方法還不夠完美，但已經足以讓能量抑制裝置的研發有了新的進展。科學家們開始根據這個新的方向，重新構建和最佳化實際模型。
在防護層研發方面，星際聯盟的資源採集行動逐漸取得了成效。隨著稀有元素的收集量逐漸增加，材料合成的難題得到了一定程度的緩解。研究人員開始加快新型複合材料的合成實驗，並且在實驗過程中不斷最佳化合成工藝，提高材料的效能。