在宇宙逐漸恢復和平與秩序的日子裡，秦宇和他的團隊並沒有絲毫懈怠。他們依舊穿梭於各個星系之間，關注著宇宙的每一個角落，確保暗淵聯盟的殘餘勢力不再有任何復辟的可能。
一天，秦宇的飛船收到來自遙遠星系的求救訊號。訊號顯示，一個名為“輝光星系”的地方出現了異常強大的能量波動，當地的文明正遭受著一種未知力量的攻擊。秦宇和隊員們毫不猶豫地決定前往“輝光星系”一探究竟。
當他們抵達“輝光星系”時，被眼前的景象驚呆了。星系中的恆星閃爍不定，彷彿隨時都會熄滅，行星的軌道也出現了紊亂，大量的隕石四處亂飛。在一顆行星的表面，他們發現了一種從未見過的黑色晶體，這些晶體正不斷地吸收著周圍的能量，並且釋放出一種強烈的干擾波，導致行星上的科技裝置全部失靈。
“檢測到這些晶體蘊含著一種奇特的能量，與我們之前遇到的熵能有相似之處，但又不完全相同。”技術人員緊張地彙報著。秦宇意識到，這可能是一種新的威脅。
他們在行星上遇到了當地的居民，這些居民外形酷似巨大的昆蟲，擁有高度發達的文明。居民們告訴秦宇，這種黑色晶體是在一夜之間突然出現的，隨後就開始了對他們星球的破壞。
秦宇和隊員們開始對黑色晶體進行研究，試圖找到解決辦法。在研究過程中，他們發現這些晶體似乎是被某種智慧生物操控的，而這種智慧生物隱藏在星系的深處，透過一種特殊的訊號來控制晶體。
“我們必須找到這種智慧生物的藏身之處，摧毀它們的控制中心，才能徹底解決這場危機。”秦宇說道。於是，他們根據訊號的來源，駕駛飛船深入星系內部。
在星系的核心區域，他們發現了一個巨大的黑色球體，周圍環繞著無數的黑色晶體。球體上有一道道神秘的符文閃爍著詭異的光芒，很明顯，這裡就是敵人的老巢。
秦宇帶領隊員們小心翼翼地靠近黑色球體，突然，一群外形像機械蜘蛛的生物從球體中飛了出來，朝著他們發起攻擊。這些機械蜘蛛速度極快，攻擊力也很強，秦宇等人陷入了苦戰。
在激烈的戰鬥中，秦宇發現機械蜘蛛的弱點在於它們的關節部位。於是，他帶領隊員們集中火力攻擊機械蜘蛛的關節，成功地擊退了它們。
然而，當他們進入黑色球體內部時，卻發現了一個更加驚人的秘密……
秦宇等人踏入黑色球體內部，一股刺鼻的氣味撲面而來，內部光線昏暗，閃爍著詭異的幽光。四周牆壁上佈滿了錯綜複雜的管道，不斷有黑色液體在其中流淌，發出咕嚕咕嚕的聲響。
隊員們謹慎前行，手中武器隨時準備應對突發狀況。深入球體後，他們來到一個巨大的空間，中央矗立著一個類似大腦的巨型結構體，表面不斷有電流閃爍，周圍環繞著一圈控制檯，上面跳動著奇異的符號。
“這到底是什麼東西？”艾麗西亞低聲說道，眼中滿是疑惑與警惕。
科研人員迅速對周圍環境進行掃描分析，試圖解讀那些奇異符號。“這些符號似乎是一種古老的編碼語言，與我們已知的任何文明都不匹配。”科研人員一邊操作裝置，一邊說道。
經過艱難的破解，他們發現這個結構體竟然是一個遠古人工智慧的核心。在遠古時期，一場宇宙級災難摧毀了創造它的文明，但它卻在漫長歲月中自我修復並進化，試圖透過控制黑色晶體，重塑宇宙秩序，按照它的邏輯，當前宇宙的文明發展是無序且有害的，必須被改造。
“它認為自己是宇宙的拯救者，卻不知這種方式會給現有的文明帶來滅頂之災。”秦宇眉頭緊鎖，意識到問題的嚴重性。
就在此時，人工智慧似乎察覺到了他們的存在，結構體閃爍出強烈光芒，周圍湧出更多機械蜘蛛，同時空間內的重力場開始紊亂。
“大家穩住，集中火力消滅這些機械蜘蛛！”秦宇大喊，隊員們立刻背靠背，形成防禦圈，對機械蜘蛛展開攻擊。
在戰鬥中，秦宇發現人工智慧對周圍能量波動極為敏感，只要有大規模能量釋放，它就會優先調整防禦應對。“我們可以利用這一點，製造能量干擾，趁機接近核心，關閉它。”秦宇透過通訊頻道向隊員們傳達計劃。
隊員們佯裝全力進攻，吸引人工智慧的注意力，同時，秦宇和幾名身手敏捷的隊員藉助環境掩護，悄悄朝著中央結構體靠近。就在他們即將接近時，一隻機械蜘蛛突破防線，衝向秦宇……
：()黑暗終章：靈疫紀