成功挫敗“暗影議會”的陰謀後，宇宙聯盟迎來了一段短暫的休整期。然而，秦宇卻始終無法放鬆警惕，那神秘的匿名通訊以及“暗影議會”背後隱藏的諸多謎團，像一團迷霧籠罩在他心頭。他深知，此次的勝利只是暫時擊退了眼前的威脅，宇宙深處還有更多未知的危險在等待著他們。
在對“暗影議會”遺留資料的深度研究中，科研人員發現了一些令人震驚的線索——這些線索指向了一個被塵封已久的遠古文明，以及一個關於多元宇宙的驚人秘密。據資料記載，遠古文明曾掌握著穿梭多元宇宙的技術，他們在不同的宇宙間進行探索和交流，但一次意外的實驗引發了多元宇宙的失衡，導致各個宇宙之間的界限開始變得模糊，一些邪惡勢力趁機從其他宇宙滲透進來，對現有宇宙的穩定構成了巨大威脅。
秦宇意識到，要徹底解決宇宙面臨的危機，就必須深入瞭解多元宇宙的奧秘，找到修復宇宙界限的方法。於是，他組織了一支由頂尖科學家、戰士和探險家組成的特別行動隊，踏上了尋找遠古文明遺蹟的征程。
根據線索，他們來到了一個遙遠而神秘的星系。這個星系瀰漫著一股古老而神秘的氣息，行星表面佈滿了奇異的符文和建築遺蹟，彷彿在訴說著曾經的輝煌。在探索過程中，行動隊遭遇了各種未知的危險，有隱藏在暗處的致命陷阱，還有被啟用的古老防禦系統。但隊員們憑藉著頑強的意志和精湛的技藝，一次次化險為夷。
終於，他們在一顆荒蕪的星球上找到了遠古文明的核心遺蹟。遺蹟內部結構複雜，佈滿了各種高科技裝置和神秘的符號。科學家們立刻投入到緊張的研究工作中，試圖解讀這些符號背後的資訊。經過數日的努力，他們成功破解了部分資訊，得知遠古文明曾建立了一個“宇宙平衡樞紐”，這個樞紐是維持多元宇宙穩定的關鍵所在，但在那場意外之後，樞紐遭到了嚴重破壞，被分散到了各個宇宙之中。
要修復“宇宙平衡樞紐”，就必須找回分散在多元宇宙中的樞紐碎片。然而，穿梭多元宇宙談何容易，不僅需要強大的能量支援，還可能面臨來自其他宇宙的未知危險。但秦宇沒有絲毫退縮，他帶領行動隊開始著手準備穿梭多元宇宙的裝置。
在準備過程中，他們突然收到了來自其他宇宙的求救訊號。訊號顯示，一個名為“和諧宇宙”的平行宇宙正遭受著一股強大黑暗勢力的侵襲，這個黑暗勢力似乎與之前的“暗影議會”和黑暗生物有著某種聯絡。秦宇深知，不能對其他宇宙的危機坐視不管，否則多元宇宙的失衡將進一步加劇。於是，他決定帶領行動隊先前往“和諧宇宙”，幫助那裡的文明對抗黑暗勢力。
當他們穿越宇宙界限，進入“和諧宇宙”時，被眼前的景象驚呆了。整個宇宙被黑暗籠罩，許多星球已經淪為廢墟，倖存的文明在黑暗中苦苦掙扎。秦宇和行動隊立刻投入到戰鬥中，與黑暗勢力展開了激烈的交鋒。
在戰鬥中，秦宇發現這個黑暗勢力的力量極為強大，他們不僅擁有先進的武器裝備，還能夠操控一種特殊的黑暗能量，這種能量能夠腐蝕一切生命和物質。行動隊在戰鬥中陷入了困境，但他們沒有放棄，不斷尋找著敵人的弱點。
經過一番艱苦的戰鬥，秦宇終於發現，黑暗勢力的核心力量來源於一個巨大的黑暗能量源。只要摧毀這個能量源，就能削弱黑暗勢力的力量。於是，他帶領一支精銳小隊，深入黑暗勢力的核心區域，試圖摧毀能量源。
在接近能量源的過程中，小隊遭遇了重重阻礙。黑暗勢力派出了大量的精銳部隊進行攔截，雙方展開了一場驚心動魄的生死較量。在關鍵時刻，秦宇憑藉著敏銳的洞察力和出色的戰鬥技巧，成功突破了敵人的防線，來到了能量源面前。
面對強大的能量源，秦宇沒有絲毫畏懼。他集中全身的力量，發動了一次致命的攻擊。隨著一聲巨響，能量源被成功摧毀，黑暗勢力的力量瞬間土崩瓦解。
“和諧宇宙”的危機得到了暫時的解除，當地的文明對秦宇和行動隊表示了衷心的感謝。但秦宇知道，這只是多元宇宙危機中的一個小插曲，他們還有更重要的任務要完成——找回“宇宙平衡樞紐”的碎片，修復多元宇宙的界限。
在“和諧宇宙”的幫助下，秦宇和行動隊獲取了一些關於樞紐碎片的線索。他們帶著這些線索，再次踏上了穿越多元宇宙的征程，迎接他們的將是更多未知的挑戰和危險……
：()黑暗終章：靈疫紀