偵查小隊帶回情報後，聯盟艦隊內瀰漫著緊張而又激昂的氣氛。傑克和各個種族的代表們在指揮艙內不斷商討戰略細節，每一個決策都關乎著宇宙的命運。
在機械族的母星上，巨大的工廠開足馬力，製造著各種武器和防禦裝備。機械族的工程師們精心除錯著每一個零件，確保它們能在即將到來的終極之戰中發揮最大的效能。源源不斷的物資被運往聯盟艦隊，其中包括巨大的能量護盾發生器，這種發生器能夠釋放出強大的能量護盾，可以抵禦新秩序勢力的強力攻擊。
靈能族則在自己的星球上開啟了一場大規模的精神力量強化儀式。靈能者們圍坐在巨大的靈能水晶周圍，水晶散發著幽藍的光芒，光芒籠罩著每一個靈能者。他們透過這種方式來提升自己的精神力量，以便在戰鬥中更好地發揮精神干擾和情報收集的能力。年輕的靈能族代表在儀式中感受到了前所未有的力量，他知道，這股力量將是對抗新秩序勢力的重要武器。
生物科技種族在一艘專門的生物實驗室艦船上忙碌著。科學家們正在研發一種新型的生物能量炸彈，這種炸彈一旦引爆，將會釋放出一種特殊的生物能量波，能夠破壞新秩序勢力戰艦的能量系統。同時，他們也在培育一種具有強大治癒能力的生物，這種生物可以在戰場上快速修復傷員的傷勢，提高聯盟戰士的生存機率。
然而，在聯盟積極備戰的同時，新秩序勢力也沒有閒著。他們在那座神秘的要塞內部，進行著更加邪惡的計劃。新秩序勢力的首領是一個全身籠罩在黑袍中的神秘人物，他站在一個巨大的基因改造容器前，容器內充滿了綠色的黏液，黏液中隱隱約約有一個巨大的生物輪廓。
“我們的超級生物即將誕生，一旦它成熟，這些妄圖反抗我們的聯盟將不堪一擊。”首領的聲音低沉而冰冷。
這個超級生物是新秩序勢力透過基因改造和黑暗能量注入創造出來的。它具有超強的力量、巨大的體型，並且能夠在時空中自由穿梭。新秩序勢力的科學家們還在它的身上安裝了各種武器系統，使它成為一個真正的戰爭機器。
在聯盟艦隊這邊，傑克察覺到了一絲不安。他總感覺新秩序勢力還有什麼秘密武器沒有暴露出來。於是，他決定派出一支秘密小隊，深入敵後進行最後的偵查。
這支秘密小隊由傑克親自帶領，成員包括機械族最精銳的特工機器人、靈能族的精神隱匿大師和生物科技種族的基因追蹤專家。他們乘坐一艘經過特殊改裝的隱形飛船，悄悄地向新秩序勢力的要塞靠近。
當他們接近要塞時，發現要塞周圍的防禦比之前更加嚴密。不僅能量護盾的強度增加了，而且巡邏的戰艦數量也增多了。傑克他們小心翼翼地避開巡邏隊，尋找著進入要塞的機會。
終於，他們發現了一個防禦較為薄弱的通風管道。特工機器人利用自己靈活的機械肢體，開啟了通風管道的入口。他們順著通風管道潛入要塞內部。
要塞內部瀰漫著一股刺鼻的氣味，到處都是忙碌的新秩序勢力士兵和科學家。傑克他們小心翼翼地前行，避免被發現。
在一個巨大的實驗室裡，他們發現了新秩序勢力的秘密計劃。除了那個超級生物，新秩序勢力還在研究一種能夠控制整個聯盟艦隊武器系統的病毒。一旦這種病毒被注入聯盟艦隊的網路，所有的武器都將失去控制，聯盟艦隊將在瞬間陷入絕境。
傑克他們意識到事情的嚴重性，必須儘快將這個訊息帶回聯盟艦隊。然而，在他們返回的途中，被新秩序勢力計程車兵發現了。一場激烈的追逐戰就此展開。
特工機器人在前面開路，利用自己的武器系統擊退一波又一波的敵人。靈能族的精神隱匿大師則釋放出精神迷霧，干擾敵人的視線。生物科技種族的基因追蹤專家在尋找著敵人防禦的漏洞，以便帶領大家成功突圍。
在激烈的戰鬥中，傑克他們多次陷入險境，但憑藉著各個種族的特殊能力和緊密配合，他們逐漸接近飛船的停靠點。
就在他們即將登上飛船的時候，新秩序勢力的首領親自出現了。他釋放出一股強大的黑暗能量，向傑克他們席捲而來。傑克他們奮力抵抗，特工機器人將自己的能量護盾開到最大，靈能族的精神隱匿大師用精神力量築起一道防線，生物科技種族的基因追蹤專家則釋放出一種基因干擾波，試圖削弱首領的力量。
經過一場驚心動魄的對決，傑克他們終於成功登上飛船，逃離了要塞。他們帶著新秩序勢力的兩個重大陰謀情報，全速返回聯盟艦隊。
聯盟艦隊得知這個消