太醫院：
主官
- 院使：一人，正五品，負責考察院屬各科醫務官員的業務才能，並率御醫、吏目、醫士等為帝后、王公大臣等治療疾病。
- 院判：二人，正六品，佐院使掌院務。
屬官
- 御醫：最初四人，後增至十八人，隆慶五年最終確定為十人，正八品，各精一科，專為皇帝、后妃等治療疾病。
- 吏目：一人，從九品，隆慶五年定設十人。
其他機構
- 生藥庫：設大使、副大使各一人，未入流，負責掌管藥物。
- 惠民藥局：設大使、副使各一人，未入流，主要為貧苦百姓提供醫療服務。
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洪武朝翰林院，洪武十八年（1385年）更定後：
主官
- 翰林學士：一人，正五品。
學士類
- 侍讀學士、侍講學士：各二人，從五品。
講讀類
- 侍讀、侍講：各二人，正六品。
其他文職類
- 五經博士：九人，正八品，且職位世襲。
- 典籍：二人，從八品。
- 侍書：二人，正九品。
- 待詔：六人，從九品。
- 孔目：一人，未入流。
史官類
- 修撰：三人，從六品。
- 編修：四人，正七品。
- 檢討：四人，從七品。
儲備人才類
- 庶吉士：員額不定，無品級。
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國子監：
主官
- 祭酒：一人，從四品，掌國學諸生訓導之政令等。
- 司業：一人，正六品，協助祭酒總理太學政事等。
繩愆廳
- 監丞：一人，正八品，負責監督並執行監規，糾正師生過失。
博士廳
- 五經博士：五人，從八品，分別講授《易》《詩》《書》《春秋》《禮記》，同時兼習《大學》《中庸》《論語》《孟子》，並負責按時考核學生的學習進度。
六堂
- 助教：每堂十五人，從八品，負責各堂的教學與訓導。
- 學正：每堂十人，正九品，掌執行學規，考校訓導。
- 學錄：每堂七人，從九品。
典簿廳
- 典簿：一人，從八品，負責管理文書、財務等事務。
- 典籍：一人，從九品。
掌饌廳
- 掌饌：二人，未入流，負責飲食安排。
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五軍都督府:指中軍，左軍，右軍，前軍，後軍。
都督府主官
- 左、右都督：正一品。
- 都督同知：從一品。
- 都督僉事：正二品。
經歷司
- 經歷：從五品。
- 都事：從七品。
斷事司
- 洪武十七年，五軍各設左、右斷事二人，提控案牘一人，均為從九品。
- 洪武二十三年，升五軍斷事官為正五品，總治五軍刑獄，分為五司，司設稽仁、稽義、稽禮、稽智、稽信五人，俱正七品，各理其軍之刑獄。
照磨所
洪武二十九年，置五軍照磨所，設照磨等官職，專掌文牘，但具體品級不詳。
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衛指揮使司：
衛指揮使司主官
- 指揮使：正三品，是衛所的最高長官，全面負責衛所的軍事、行政等事務。
- 指揮同知：從三品，通常設二人，協助指揮使處理衛所事務。
- 指揮僉事：正四品，協助指揮使和指揮同知管理衛所各項工作。
鎮撫司
- 衛鎮撫：從五品，負責衛所的司法、治安等事務，維持衛所內部的秩序。
經歷司
- 經歷：從七品，負責處理衛指揮使司的文書、檔案等事務，是衛所內部重要的文職官員。
- 知事：正八品，協助經歷處理日常事務。
- 吏目：從九品，負責具體的文書工作和一些雜務。
其他屬官