南明，雖說主人也是朱家，但從正統歷史來講，其並未被納入明朝。
南明存在的時間一般有十八年和三十九年兩種說法。
- 一般認為南明從1644年福王朱由崧在南京稱帝建立弘光政權開始，到1662年永曆帝及其子在昆明被殺為止，歷時18年。
- 部分觀點將南明的結束時間算到1683年施琅進軍臺灣，鄭克塽投降，寧靖王朱術桂自殺殉國，若按此計算，南明存在了39年。
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南明政權未被算入明朝原因主要是:
從歷史研究和敘事的角度，明朝十六帝時期有完整、系統的歷史記錄和研究體系，《明實錄》等官方史料以及大量的私家著述，都為研究明朝十六帝時期的歷史提供了豐富的資料，形成了相對獨立和完整的歷史敘事。
而南明並未有真正意義上的詳細記載，後朝清朝作為繼明朝之後的大一統王朝，為確立自身統治的合法性，自然不會承認南明的正統地位，而是將其視為割據政權或前朝殘餘勢力。
在清朝官方修撰的《明史》等史籍中，更是未將南明諸帝列入明朝正統皇帝序列，而是寫成偽朝。
從歷史發展的角度看，南明是明清交替之際的一個過渡階段，它見證了明朝的徹底衰落和清朝統一全國的歷史程序，在一定程度上影響了中國歷史的走向，為研究明清易代時期的政治、軍事、文化等方面提供了重要的歷史資料。
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南明政權主要是弘光政權，隆武政權，紹武政權，永曆政權。
至於後面的臺灣島上明朝政權則屬於是明鄭政權。
1661年，南明延平王鄭成功率軍東征，驅逐荷蘭殖民者，收復臺灣。他將臺灣改稱東都，赤崁地方更名“東都明京”，設承天府，仿明朝中央官制設六官，府下置天興、萬年二縣。
鄭成功在東南沿海堅持抗清，勢力不斷發展壯大，成為南明政權對抗清朝的重要力量。他先後取得了諸多軍事勝利，如大敗清閩浙總督陳錦、漳州提督楊名高，收復了金門、廈門等島嶼，以此為根據地，持續開展抗清活動，其軍事成就和影響力為他獲得封王奠定了基礎，永曆帝根據大臣冷孟銋的提議，決定以延平一府封鄭成功，著禮部鑄延平王印並冊一道，鄭成功由此正式被封為延平王。
鄭成功去世後，其子鄭經繼位，改東都為“東寧”。
1662年永曆帝被吳三桂絞殺後，明鄭政權雖仍使用永曆年號一段時間，但此時已無實際的南明皇帝在位。
此後明鄭政權在臺灣實際上處於半獨立狀態，以延平王府為核心進行統治，鄭經等統治者未再擁立其他明朝宗室為帝，也沒有自己稱帝，而是繼續以延平王的名義管理臺灣事務。
沒有皇帝，可以說後面都可以不算是南明瞭，只能算是由鄭氏統治的地盤，最終在1683年，清軍在施琅的率領下進攻臺灣，鄭克塽投降，明鄭政權覆滅，臺灣進入清治時代。