人婦女遭強暴、華人遭蹂躪，和去年下半年開始發生的一連串民運人士遭綁架、5月12日雅加達特利薩蒂大學4名學生被槍殺、5月13日至15日雅加達空前大暴亂等事件的“肇事者”，就是陸軍特種部隊（俗稱紅帽兵）人員，而幕後策劃這些事件的黑手，就是曾任特種部隊司令的普拉博沃。民間傳言他在東帝汶作戰時被閹割，故有變態報復心理。軍方訊息則指他想趁機兵變奪權。
隨著調查的展開，人們發現很多蛛絲馬跡。當地媒體披露，一些軍人涉嫌5月的暴亂和一系列綁架事件，當局已拘留7名特種部隊成員，其中5人被提交軍事法庭審訊。他們是一名上尉、一名少校、兩名上校及一名高階軍官。
從收集到的暴亂情況來看，參加暴亂者多為外地人，他們都是乘坐卡車結伴而來，很多暴徒事前曾接受訓練，以執行縱火搶掠和強姦華裔婦女的任務：每強姦一名華裔婦女能得到2萬盾（約2美元）的報酬。暴徒在施暴前都服過興奮劑，一些人事後感到體力嚴重衰竭，因而到私人診所求醫，使這見不得人的勾當大白於天下。
據悉，當地臭名昭著的黑社會組織、反華團體和極端勢力捲入這些事件中，已出現的“萬隆反華組織”等，他們曾揚言，寧可讓印尼倒退20年，也要把華人趕走。
● 惡有惡報，蘇哈托女婿被解職
7月29日，由哈比比指派成立真相調查小組，開始對5月暴亂案和華裔婦女受強暴案正式展開調查。
經過各方面調查證實，這次強暴醜行是印尼前總統蘇哈托的女婿，原陸軍戰略後備部隊司令普拉博沃中將一手策劃。普拉博沃“試圖製造一場混亂，使武裝部隊總司令維蘭託無法恢復首都的治安”，這樣，普拉博沃就可以迫使蘇哈托宣佈軍事管制，然後由他出面控制局勢。但是蘇哈托不久後宣佈辭職，這個計劃流產了。
印度尼西亞的前總統蘇哈托的女婿普拉博沃中將，因涉嫌指揮綁架和迫害政治活動人士案件，7月10日在位於雅加達的武裝部隊總部接受軍官榮譽委員會的首次傳訊。
身著軍裝的普拉博沃乘坐一輛黑色麵包車，於當地時間上午8時20分來到離印尼總統府不遠的軍隊總部。這次傳訊歷時7個小時。維護軍官榮譽委員會主席、印尼陸軍參謀長蘇巴吉約在當天的一個新聞釋出會上說：“我們首先得查出普拉博沃指揮手下參與綁架事件究竟是出於何種動機。我們並不急於結案，我們將蒐集足夠的證據來查清真相。”該委員會的一位發言人說，普拉博沃將作為嫌疑人或證人再次被傳訊。
從1997年底至1998年3月間，共有20多名對蘇哈托政權不滿的政治活動人士遭綁架，其中12人至今下落不明。那些被救出的受害者紛紛表示曾受到綁架者的拷打和迫害。當時由普拉博沃率領的印尼特種部隊被指參與了上述案件。
印尼各大報紙援引蘇巴吉約的話說，他領導的維護軍官榮譽委員會在傳訊了另外兩名特種部隊高階軍官後認為，有一系列證據表明普拉博沃應該對綁架事件負責。而普拉博沃本人早些時候也曾表示，如果能證實他的部隊的確幹了違紀的事情，他願意承擔責任。
現年47歲的普拉博沃曾是印尼武裝部隊中一名備受重用的將領。他20歲進入軍事學院學習，80年代又先後到美國和德國的軍校深造。由於是蘇哈托的女婿，他在軍中平步青雲，飛黃騰達。他於1995年出任印尼特種部隊司令，今年3月又被任命為陸軍戰略後備部隊司令，掌握著印尼的精銳之師。然而，隨著蘇哈托政權的結束，他的軍旅生涯也走到了盡頭。他先是被改任為萬隆參謀指揮學院院長。
7月31日，武裝部隊司令維蘭託簽署命令，解除了普拉博沃的職務，原因是普拉博沃涉嫌參與今年年初以來對政界反對派人士的綁架。
印度尼西亞失蹤人士和暴力活動受害者委員會協調人穆尼爾8月14日說，雅加達警方最近逮捕的16名涉嫌參與5月騷亂的人都是一些次要人物，騷亂的策劃者目前仍然逍遙法外。
他認為，政府當前的政策是尋找替罪羊，而不是下決心尋找真正的策劃者。首惡之所以逍遙法外，原因是他們同軍方和政府關係密切。據此間媒體報道，警方總共審查了1919人，其中250人被懷疑參與搶劫和破壞活動。但警方迄今只逮捕了其中的16人，還有20人正在追捕中。在這16名被逮捕的人中，有3人經檢察官審查後將提交法庭審判，其他仍然被關押在雅加達警察拘留所。
印度尼西亞外交部8月17日發表新聞公報，要求任何