在清軍的將領中，施琅無疑是最熟習海戰的。同時，他對自己海上指揮作戰的能力也深具信心。而早在增援漳州的決策前，清軍是準備讓施琅率部出征的，但施琅不合時宜地委婉提出的一個要求，卻使清廷加深了對他的猜疑，使他再無機會征戰海上。
以一個總兵的身份要求專征權，恐怕也只有施琅才做得出來。當然，施琅要求專征權，除其好勝之性格使然，希望能獨擁大權外，更重要是從此次戰役的全域性考慮，並吸取了上次攻打金廈慘敗的教訓。
達素率清軍大舉攻廈，卻幾乎全軍覆沒，不習海戰、不諳風汛潮汐，特別是指揮權落在不具備海戰能力和經驗的將領手中，是其遭受慘敗的主要原因。再縱觀此次增援行動的將領，耿精忠、李率泰、馬得功等人雖與鄭軍征戰多年，但都不具備指揮海上作戰的能力，黃梧雖習海戰，卻能力不足，且被困於漳州。
但這些人的權位都重於施琅，施琅沒有專征權，一旦發生意見分歧，在瞬息萬變的作戰過程中，後果難測。施琅不希望再嘗敗績，遂提出僅希望讓靖南王耿精忠、總督李率泰、提督馬得功等與他一同謀劃進增援漳州之事宜，而不要求他們財政管理，委婉地表達了自己願獨自擔當此次行動的的責任，隱含獲得專征權的意思。
施琅為了獲得支援，還拜見了清廷派至福建的兵部侍郎黨務禮，詳細介紹了行動方略，又重申了想獨自指揮增援漳州行動的請求。可惜的是，施琅兩名部將的反叛，以及之後散播的風言風語使黨務禮十分謹慎，而施琅原本就言語木訥，且又說一口難懂的閩南話，更讓朝中權貴黨務禮所不喜。
最終。施琅不僅沒能達成目的，反倒是被排除在了行動之外，但他辛苦訓練的水師卻被抽調一空。隨後，清廷加緊實施“分撥海上投誠官兵移駐外省。分散其力量，以消除隱患”的政策，施琅榮幸地成為其中一員，被調往河南鄧州駐防。
對於要以少數民族統治主體民族的滿人來說，對漢人的心理情結是難以消除的。既要使用，可鄙視、猜疑、防範卻是司空見慣，特別是在他們所不熟習的領域，更是害怕漢官漢將一家獨大。
施琅無用武之地，提督馬得功的水平又實在有限，清軍空自拼湊出一支兵力、船隻還算上規模的增援部隊。卻終於是重蹈覆轍，在海戰中慘敗並喪失了最後的水師資本。
海路援軍已絕，鄭軍大將劉國軒、馮錫範又與明軍陸戰隊聯手，分別擊敗了耿藩的陸路援軍王進和劉炎兩部，漳州遂成孤城。明鄭聯軍便可以放心攻打。而漳州清軍得到援軍無望的訊息後，軍心、士氣為之大喪，內部也混亂起來。
防守漳州的清海澄公黃梧徬徨無計，染病臥床。其子黃芳度見明鄭聯軍勢力正熾，有心投降，卻又心憂其父黃梧與鄭氏結怨甚深，內心始終不安。遂密遣人與明軍聯絡。在得到明確承諾後，黃芳度軟禁其父，並與手下突然發難，殺南洋總兵許龍、耿藩部將劉豹，獻城降於明軍。
在東征之戰中，清軍戰意不堅的原因有很多。而其中的沿海遷界，以及清廷將投誠官兵及其眷屬一律強制送往外省墾荒屯田，無疑是很重要的。短視而自大的清政府出於對漢人的防範，大海的恐懼，採取的這些愚蠢政策使已降者離心。未降者寒心。對於多為沿海人士、留戀故土的廣大投降官兵來說，明鄭聯軍氣勢洶洶，豈不正是他們得以逃脫苦海的機會？
不只是低層官兵對清廷的政策深惡痛絕，連一些高階將領對此也極為不滿。比如悍然舉旗造反的碣石蘇利，施琅所部提標遊擊鍾瑞、中軍守備陳昇，還有很多降清的鄭軍舊將。
對於這些反正或投誠的官兵來說，象黃芳度這樣做出“降明不降鄭”決定的要佔絕大多數。明軍為正統，明廷為正朔，明朝已奄有數省……這些原因當然重要，而“好馬不吃回頭草”，恐怕也是這些原鄭軍降兵降將不可忽視的心理原因。
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晨霧在閩省之地很是常見，在很多清兵的想象中，在霧氣和黑暗中似乎走了很久很久，實際上時間卻並不多，只不過這種環境給人的錯覺而已。
不到一個時辰之後，環境開始變白，天空開始發亮，儘管身邊仍然有霧氣迷茫，但清兵清將都知道天很快要亮了，有了鬆口氣的感覺。
副都統圖海的臉色並沒有舒緩，斥候早與明軍哨探有了接觸，這意味著明軍便在前方，而且是越來越近。這個情況加深了他的憂慮，接到信使的情報後，他立刻率領大軍馬不停蹄地往回趕，可還是晚了嗎？如果還在支撐，明軍能有餘力抽兵堵截，這是個個擊破