但朱允炆的選擇卻出乎他的意料，燒燬宮殿說明朱允炆並不想讓位，但這位有幾分骨氣的侄子卻也沒有自殺，因為在入宮後，朱棣並沒有找到朱允炆的屍體。既不退位，也不自殺，那就只剩下逃跑了。
朱允炆的下落從此成了千古之謎，此事後來引起了巨大的反響和連鎖效應，而朱允炆的逃走本身就如同一部偵探小說，我們將在後面對此進行詳細地分析，這裡暫不詳述。
【暴行】
朱棣終於坐上了他的寶座，他認為這是自己當之無愧的，因為他為之已經付出了太多太多。多少次命懸一線，多少次功敗垂成，才換來了今天的勝利和成功。
而在短時間的興奮後，朱棣立刻意識到，他有更重要的事情要做，那就是清除那些反對他坐上皇帝寶座的人。於是歷史上一幕罕見的暴行開演了。
朱棣首先找到的是方孝孺，他知道方孝孺名滿天下，而且道衍早在他攻下京城之前就對他說過：“殿下攻下京城後，方孝孺一定不會投降，但你一定不能殺他！如果殺了他，天下的讀書種子就會絕了！”
有這位軍師的警告，朱棣自然不敢怠慢，他預料到方孝孺一定不會輕易投降，但他也不會想到事情居然會演變成一次破歷史紀錄的慘劇。
朱棣在大殿接見了方孝孺，他希望方孝孺能夠為他起草詔書，其實所謂起草詔書找其他人也可以，但如果是方孝孺親自寫的，能夠起到安撫天下人心等更好的作用。所以這份詔書非要方孝孺寫不可。
但朱棣絕不會想到，方孝孺應召而來，並不是給他寫詔書的，而是拿出了言官的本領，要和朱棣來一場繼位權的法律辯論。
方孝孺哭著進了大殿，不理朱棣，也不行禮，朱棣十分尷尬，勸說道：“先生不要這樣了，我不過是仿照周公輔政而已啊。”
這句話激起了方孝孺的憤怒，他應聲問道：“成王在哪裡？！”
“自焚死了。”
“成王的兒子呢？！”
“國家要年長的君主。”
“那成王的弟弟呢？！”
“這是我的家事。”
社會青年朱棣終於領教了最佳辯論手兼繼承法專家方孝孺的厲害，他沒有那麼多的耐心，讓人拿出了紙和筆給方孝孺，逼他寫。
方孝孺不寫。
繼續強逼。
方孝孺寫下“燕賊篡位”四字。
朱棣已經憤怒得喪失了理智：
“你不寫，不怕我滅你九族嗎？！”
“誅我十族又如何！”
實事求是地看，方孝孺說這句話並不一定真想讓朱棣去誅滅自己的九族，然而他卻不瞭解朱棣，朱棣不是那種口口聲聲威脅說不讓你看到明天的太陽之類的話的人，但他卻可以保證明年的太陽一定會照在你的墳頭。
而且他十分精通暴力法則，並且會在適當的時候使用他，至少他的使用技巧已經超過了當年的陳友諒，因為他懂得一條重要準則：
暴力不能解決一切，卻可以解決你。
他讓人把方孝孺拉了出去。
方孝孺的最終結局是：凌遲，滅十族。
歷史上從來只有九族，但人類又一次展現了他驚人的創造力。那多出來的一族要感謝朱棣的發明創造，他為了湊數，在屠殺的目錄中加入了方孝孺的朋友和學生。
方孝孺是一個敢於反抗強暴的人，他雖然死得很慘，卻很有價值，他的行為應該成為讀書人的楷模，為我們所懷念。
從犯罪心理學的角度來分析，殺人犯在殘殺第一個人時是最困難的，但只要開了先例，殺下去是很容易的。
於是，朱棣開始了他的屠殺。
由於下面的內容過於血腥殘暴，我將盡量用簡短文言表達，心理承受能力差者可以免觀。
鐵鉉，割耳鼻後煮熟，塞入其本人口中，朱棣問：“甘否？”鐵鉉答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌遲，殺其子。
黃子澄，凌遲，滅三族。
齊秦，凌遲，滅三族。
練子寧，凌遲，滅族。
卓敬，凌遲，滅族。
陳迪，凌遲，殺其子。
此外，鐵鉉妻、女，方孝孺女，齊泰妻，黃子澄妹沒入教坊司為妓女。
無言以對，無言可評。
【軟弱】
很多人在讀到這裡時，經常會發出朱棣是變態殺人狂之類的感嘆，但事實可能並非如此。
如我們前面所說，