形成了他在1907年發表的《實驗動物學》一書中表達的基本原則。他說：
實驗方法的本質在於要求每一種見解（或假說）都必須通
過實驗的檢驗，然後才得以承認其科學地位。
就實驗科學的問題而言，我們要求找出某一事件發生的
條件，而且，只要有可能，我們要控制這種條件而人工地重複
這一結果。事實上，控制自然現象乃是實驗研究的目的……
研究者必須……養成一種對一切假說（特別是對自己提出的
假說）的懷疑心理，而且一旦證明其謬誤，要勇於拋棄之。
摩爾根能夠摒棄不真實的東西，也就是摒棄那些經過他自己的實驗證明為虛假的東西，即使他自己也曾一度認為它是真理，這就使他擁有少數科學家才具備的靈活性，使他不怕犯嚴重錯誤，犯了就糾正，然後又回到思想的前鋒位置。
摩爾根正在向他要終身研究的課題邁進。在進行胚胎學與再生現象研究之初，他對一個大難題作嘗試性的探索：細胞是靠什麼調節和控制的？在摩爾根一生中，這一問題始終以各種不同的形式縈繞於他腦際。他