在面壁計劃提出的同時，人類還實施了另外一些別的計劃，比如“階梯”計劃，即發射一顆飛船當“探子”，裝載一個人去探探三體艦隊的虛實。
飛船為了限重只能裝一個人類大腦的重量，這個提供大腦的可憐人是肺癌晚期患者，也是這部小說的男主角，叫雲天明。
在羅輯擔任了幾十年的執劍人之後，他將接力棒交給了聖母程心，程心是雲天明的同學兼暗戀物件，身為第二任執劍人的程心威懾度只有百分之十。
可是三體人在於地球的交流之中，學會了戰略欺騙，他們在劍柄（發射三體人位置的裝置開關）移交後發動突然襲擊，地球上僅有的三個發射塔全部被摧毀，黑暗森林的威懾宣告失敗，地球陷入到危險！
作為三體人的先遣軍，探測器和智子開始在地球實施大遷徙，把四十多億人類全部遷移到澳大利亞，而一百萬太空中的人類被送到火星基地軟禁，另外有五百萬人被三體人招安成為偽軍，當然也有幾百萬人繼續跟三體人對抗。
三體人將四十多億人類遷到澳大利亞之後，卻不給人類提供任何物質基礎，讓人吃人，用養蠱的方式來留下少數最精銳的人類！
逃往太空的兩艘恆星際飛船其中一艘青銅時代號返航後被審判為有罪，另一艘藍色空間號是保持了足夠的警惕，接收到了警告資訊，透過四維空間碎片伏擊了正在發動偷襲的水滴喝追上去消滅它的萬有引力號，並且向宇宙廣播了三體星的位置，三體星系很快就被光粒摧毀，太陽系陷入到絕境之中，廣播紀元就此開始。
雖然將三體星毀滅了，可黑暗森林威懾的副作用也體現出來，地球、發射塔、三體星是一個三角形，暴露了其中一個角之後，另外兩個角也會被暴露。
人類認為地球也將受到光粒的打擊，好在太陽系行星眾多，如果光粒打擊太陽的話，太陽系的木星、土星、海王星、天王星將不會被打擊到，只要在這是個星球的背面居住，就不會被波及，這就是所謂的掩體計劃，而這個時期這是新城邦時代。
然而歌者文明並不是傻子，他們隨手消滅掉一個被暴露的文明是常事，光粒只是一個武器而已，曾經被林翰在讀書沙龍上面曝光過的二向箔正式出現。
它如同紙片一般，可以發動維度攻擊，透過降維的方式摧毀目標。說得通俗一點，就是把三維壓成二維，將立體壓成平面。
幾天時間，二向箔就將太陽系收拾得乾乾淨淨，昔日有序運轉的行星、彗星都已經變成了二維平面，就算是躲在木星後面的人類也紛紛死亡。
少部分人駕駛著宇宙飛船企圖逃離太陽系，但只有光速飛行才能逃開二向箔的攻擊，人類科技有限，只有一艘光速飛船星環號，程心跟她的秘書兩人僥倖逃過一劫。
逃到冥王星的星環號並沒有躲開二向箔的攻擊，垂垂老矣的羅輯從執劍人位置上面退休後就在冥王星上面隱居，建立了一座地球文明博物館。
羅輯算是《三體》小說裡真正的男主角，他並不想繼續逃走，而是留在冥王星跟太陽系一起被壓成了一幅畫。
被壓扁的太陽系就像梵高油畫《星空》一樣，這個美麗的星系就跟梵高本人一樣，生命只是一刻短暫的絢爛。
故事在這裡還沒有結束，躲過了二向箔的追擊，程心跟她的秘書艾aa搭乘光速飛船“星環號”駛入宇宙深處。
當初雲天明買下了一顆星星送給程心，當程心兩人抵達這顆星球時，赫然發現還有人類在這裡。
這個船員就是當年向宇宙發射黑暗森林廣播的藍色空間號成員關一帆，他們是宇宙中最後的人類火種。
一直被為人類所困擾的三體人只是宇宙眾多文明中的一員，比他們高階、殘暴的文明多得是。
宇宙文明間的戰爭，遠遠超過人類想象的範圍。有些文明，為了使用維度攻擊去滅亡其餘文明，不惜將自己降維，三維降到二維，二維降到一維。
只要自己的維度足夠低，就能用不間斷的維度攻擊去滅亡一個又一個的競爭對手，很難想象這些文明用二維甚至一維的形態生存著。
宇宙間的戰爭就是用宇宙規律在戰鬥。
回顧一下曾經驚悚的黑暗森林體系，在整個宇宙戰爭中，完全就是螻蟻一樣渺小。
如果說宇宙是一個大戰場，那麼陣地間偶爾發生的狙擊冷槍就是黑暗森林狀態。真正的星際戰爭，人類還沒有見過，其實早就拉開帷幕了！
《死神永生》的劇情越到後面越廣闊，倖存的人類艦隊跟倖存的三體艦隊