地球上的人類分成了兩個部分，一部分被驅逐到地心深處一個名叫錫安的溶洞中，他們繼續跟機器進行著戰鬥，想要摧毀機器世界，重新獲得地球的主宰權。
而另外一部分則是變成了機器的戰利品，他們從一生下來就被養在機器製造的試管裡面，雖然也會生長發育，但是卻活在極其創造的一個虛擬世界中，這個虛擬世界就是矩陣。這部分人的作用就是給機器提供生物電，讓機器能夠擁有必須的能源。
錫安的人類不斷地想法設法解救矩陣之中的人們，告訴他們真相，加入到反抗機器的隊伍裡面去，這部分人以墨菲斯為代表！
因為墨菲斯這些人來自矩陣，他們腦袋上保留有插頭，可以重新接入矩陣，當墨菲斯遇見先知後，先知告訴他想要戰勝機器，就必須找到一個人，他才是真正的救世主。
在這樣的背景下，電影的真正主角，也就是救世主尼奧出現了！
這名叫做尼奧的駭客從電腦上接到一系列訊息，循著資訊他和一名叫做崔妮提的女子接頭。崔妮提告訴尼奧，他正處在危險之中，母體正在找他。
第二天，傳說中的駭客墨菲斯給尼奧打來了一通電話，同樣的資訊也是有人要來抓他！說話間，一幫不懷好意的黑衣人氣勢洶洶的衝了進來，雖然有墨菲斯的精確引導，但尼奧卻依然被黑衣人給逮捕了。
黑色西裝、墨鏡外加耳麥，這副打扮活脫脫的跟保鏢有些類似，黑衣人滿不在乎的強迫尼奧幫他們找到恐怖分子墨菲斯，甚至用一隻機械昆蟲放入尼奧的肚臍眼裡面。
在一連串恐怖體驗之後，尼奧從噩夢中驚醒，這時墨菲斯打來電話，約尼奧出來見面。墨菲斯對尼奧說，想必你也已經察覺到，這個世界有些不對勁，冰之島他心中的一個疑問：母體是什麼？
墨菲斯給尼奧一個機會，讓他見識一下母體的真面目，拿出了兩粒藥丸，紅色的藥丸會帶來真相，藍色藥丸則是讓他可以回到日常生活，忘記現在發生的一切。
這裡是林翰最欣賞的臺詞部分，“你是否做過這樣的夢，尼奧？夢中的一切都真切得如同現實一樣。要是你無法從這樣的夢中醒過來會怎麼樣？你怎麼確定自己能分清夢幻世界與真實世界？”
這裡跟先前林翰寫過的小說《盜夢空間》有一定的相似之處，夢跟現實如何區分。
言歸正傳，尼奧在吞下了紅色的藥丸之後就從睡夢當中醒過來，他詫異的發現自己**身體躺在培養皿裡面，身上插滿了各種管線，環顧四周，目力所及之處，都是這無窮無盡的培養皿，每個培養皿裡面都躺著有人類！
震驚的尼奧被衝進下水道，墨菲斯的飛行船將他救起，然後開始給他講解世界的背景，第一位救世主建立了錫安，當他死後，先知預言了他會再度降臨，摧毀母體，結束人和機器的戰爭，而尼奧就是救世主再世！
連線上管線，尼奧直接開始學習各種武術，並且在接下來和墨菲斯的對話中瞭解到自己可以做的更快，甚至躲開子彈。
在接受了一系列的訓練之後，墨菲斯帶著尼奧進入母體，面見先知。可先知卻含混地否認了尼奧是救世主，這讓尼奧心裡有些釋然。
就在一行人準備下線時，卻中了母體的埋伏，作為母體防毒軟體的黑衣人特工早就在尼奧他們下線的地點設下重重包圍！
墨菲斯為了掩護尼奧被捕，同時飛船上的隊友也遭到暗算，他們當中出了一個叛徒。
飛船上的墨菲斯還處在睡眠接線當中，如果現實中的他死亡或者掉線的話，那麼母體裡面被黑衣人特工抓捕的墨菲斯就會死亡。
這些黑衣人特工為了從墨菲斯的口中得到錫安的主機密碼，他們派出機械烏賊攻擊尼奧他們的本體。
尼奧跟崔妮提決定再次進入母體，經過激烈的戰鬥之後，終於救回墨菲斯！
當墨菲斯跟崔妮提成功下線之後，尼爾雖然利用經典的那幕子彈時間躲避子彈，但依然還是不敵特工，再次開始逃亡。
同一時刻，特工們之前派出的烏賊開始入侵船體，能對抗烏賊的只有emp（電磁脈衝），但emp會毀掉所有執行中的電子裝置，必須等尼奧下線了才能使用。
可是在母體中，尼奧卻在最後關頭被特工給擊斃，虛擬和現實中的尼奧都即將死亡！
在崔妮提的一吻之後，母體當中的尼奧以救世主的身份復活了，他掌握了隨意修改母體的能力後，他看母體如同看程式碼，輕易地停住了空中的所有子彈。
作為救世主的尼奧和母體的戰