主的氣氛，揚溢在字裡行間。尤其是被張院長使用的‘危害國家’、‘反動’等字眼，實在有點刺目。就我們所習知的，在民主國家中，對政府的批評、指摘、乃至於攻擊，不僅是常有的事，而且是必有的事。但民主的政府從未以‘反動’的帽子，加在批評者，指摘者或攻擊者的頭上，至於人民代表機關的主席，更不會罵他們為‘反動’。而且政府並不等於國家。批評政府的言論—也止於言論更說不上是‘危害國家’。動不動給人帶上帽子，是共產黨型的政治作風，民主的政治枝術，壓根兒沒有這一套。”＇20＇
當局明知理虧，仍頑抗到底，三月九日，黨報以《吳案應究辦到底》，發表社論，硬指吳所謂“政見不同”，是“陰謀詭計”，意圖使“法律問題轉變為政治問題”。同時重彈外國自由主義汙衊臺灣“獨裁專制”的老調，說吳與“外國的‘粉紅色夥計’攜手”、“以自由破壞自由”。
三月十七日，國大第十次大會“一致”透過臨時動議，
“建議政府以該員迅即吊銷護照，勒令回國依法處辦，如違即予明令撤職通緝歸案，以維國紀而正官常案”。
同日，發揮高度行政效率，蔣先生髮表“總統命令”，作為事件的尾聲。
“總統四十三年（一九五四年）三月十七日令：
據行政院呈：‘本院政務委員吳國禎於去年五月借病請假赴美，託故不歸，自本年二月以來竟連續散播荒誕謠琢，多方詆譭政府，企圖淆亂國際視聽，破壞反共復國大計，擬請予以撤職處分，另據各方報告，該員前在臺灣省主席任內，多有違法與瀆職之處，自應一併依法查明究辦，請鑑核明令示遵’等情。查該吳國禎歷任政府高階官吏，負重要職責者二十餘年，乃出國甫及數月，即背叛國家汙衊政府，妄圖分化國軍，離間人民與政府及僑胞與祖國之關係，居心叵測，罪跡顯著，應即將所任行政院政務委員一職予以撤免，以振綱紀，至所報該吳國禎前在臺灣省政府主席任內違法與讀職情事，並應依法徹查究辦，此令。”＇21＇
“政務委員”一職，在吳氏辭省主席時，即堅辭不允，現在“予以撤免，以振綱紀”，完全是黑白倒置，自我下臺好辦法。“違法讀職”更是莫須有，有失風度的政治手法。
吳修潢，後來透過藍欽大使緩頰，當局放人。但事件過程中，臺北新聞界的一些做法，縱非當局授意，當局未予阻止，卻頗受非議。故事經過如下：
“自從吳國禎發表詆譭政府的言論後，卻使吳修潢深深陷入苦悶之中，同學們的冷嘲熱諷，使得他再也安不下心來研習功課，三天兩次請假。為了逃避一部分同學的揶揄和白眼，他拿起父親關國禎的印章向學校要求轉學，雖然經學校當局勸阻了，但是他的苦悶是可以想見的。他已是失去了蹦跳的活力，眼鏡下是一雙失神的眸子。問起他對他爸爸最近的言論有何感想時，他帶著些憤怒和難以掩飾的痛苦說：‘那是我爸爸的事，我完全不知道，我也不想知道，我只願意唸書，其它什麼問題我都無興趣。’但是稍稍平靜之後．他又說：‘如果爸爸是胡說的，那末我希望他不要再錯下去了，不能再錯下去了’。吳修潢的性格似乎是比較內向的，在學校除了功課，他對課外的團體活動，一向無多大興趣，而且許多想法也很不健全。他心中所念念不忘的，還是到美國去唸書。他的爸爸臨走時曾對他說：‘孩子你不要難過，我們不久就會見面的’，他仍寄予無限的希望。可是由於吳國楨在國外種種卑劣的行為，倒先作了兒子的罪人了。”＇22＇
整個事件，系由經國而起，吳函所指“若干人士”，尚有保留，等另刊出《上總統書》，重申六項建議，提出特務迫害問題，才對經國正式點名。說太子是臺灣“政治進步之一大障礙，主張送入“（美國）大學或研究院讀書……在大陸未恢復以前，不必重返臺灣”。同時批評蔣先生“自私之心較愛國之心為重，且又固步自封，不予任何人以批評建議之機會。”
國民黨要員中，如此批評蔣先生的，除胡漢民、孫科，則數吳氏。但前者言論擴散的影響，僅限於國內，吳國禎直接訴諸於美國公眾之前，等於一顆威力的原子彈，丟到蔣先生父子的後院，發出驚人的震動。
臺灣內部的反應，和官方幕後策動的“聲討”、“上書”、“簽名”，表裡懸殊。包括副總統陳誠在內，都覺得經國做的太過火。陳氏一人之下，萬人之上，尚難逃小蔣特務系統的監視，一般人的處境如何，可思過半。吳出此下策，誰曰非經國逼人過甚所致。
胡適之離臺返美前的一段話，至為公允