史克門少校的這七條意見，有幾條是對一些問題的答覆，有的則代表盟軍總部已經採取的立場，大致與斯脫特司令所說類似。
少校談完意見後，提議與李濟一起去京都走一趟，說不定在那裡能找到“北京人”。李濟自是喜出望外，這正是自己此次日本之行的主要內容之一。
二人趕往京都，並住進了同一所飯店，李濟利用各種機會與史克門少校交換搜尋“北京人”的線索和見意。遺憾的是，整整一個星期，還是沒有找到“北京人”下落的確切線索。
在餘下的日子裡，李濟依然堅持在日本四處奔波，八方打聽，哪怕有一點點與“北京人”相關的線索，他也要親自過問，親自查詢。但仍然沒有什麼新的進展。
這是怎麼回事呢？在日本找長谷部言人和高井冬二，本來是一件很簡單的事情，可盟軍總部的有關人士卻推說“地址不明，難以查詢”。再者，美聯社與英國路透社相繼發表了“北京人”找到並即將歸還中國的訊息，而以美國為首的盟軍總部主其事者，對“北京人”的下落問題又避而不談，甚至乾脆從根本上加以否定。很顯然，“北京人”還在日本人手中，或者他們藏匿在了什麼隱密之所是完全可能的。但是誰又能夠斷言，美國人就一定沒有從日本人手中將“北京人”摳出來，裝入自己的腰包呢？
李濟把有關尋找“北京人”的情況向中國代表團團長朱世明將軍作了彙報，朱感到問題比較複雜，也很棘手，當即給盟軍總部發去一份《備忘錄》，請求盟軍總部繼續協助查詢“北京人”及其它人類學標本的下落。該《備忘錄》原文如下：
備忘錄
致：威婁柏中將
參謀長助理
主文：為送還周口店的人類學材料及中國猿人的研究記錄
1．根據報告，以下各項物件在戰時從北平中國地質調查所新生代研究室被送到日本：
（1）“北京人”標本，包括七個頭骨、十二個下頜骨、一些牙齒及骨骼材料；
（2）周口店第1地點、第15地點及山頂洞的石器、骨器及動物遺骸；
（3）關於周口店發掘的工作記錄、照片和檔案等；
（4）安陽發現的狗及狼等哺乳動物；
（5）步達生教授及魏敦瑞的關於人類學的書及單行本等。
2．已經知道，在發掘周口店的工作中及創辦了新生代研究室時跟中國地質調查所合作的北京協和醫學院曾經請求盟軍總部查詢上列失物。隨後一些屬於專案（2）和（3）的標本被送還了，現在是在盟軍總部自然資源組保管。中國代表團李濟博士應中國經濟部的要求，請對這些高度重要的科學標本作更進一步的查詢。經過請求從C．I．E組已發現物件的清單，附在後面的是這個清單的抄件。
3．為此請求盟軍總部指示文物保管處的外國及雜項財產部把重新找到的周口店人類學的標本和中國猿人的研究記錄交給代表中國代表國的李濟博士。更請盟軍總部對那些還未發現的物品繼續作進一步的搜尋。
4．懇切希望你們對於這些請求加以注意。
中國代表團團長 朱世明
1946年4月30日
很快，盟軍總部與日方就劫掠中國物品問題，初步達成了如下幾項協議：
第八章 國人的無奈與哀傷（3）
1．“七七事變”以後之劫掠品，有證據者即退還中國：
2．登記日本私人收藏目錄以備檢查；
3．已決定之事項為周口店遺物即時交還代表團；
4．中央圖書館書籍即時預備送還。
然而，令人大失所望的是，儘管李濟在日本進行了一個多月的艱苦努力，對“北京人”前後共進行了五次尋找，最終還是沒有見到“北京人”的蹤影。
5月5日，帶著一腔遺憾，李濟離開日本回國。
在此之前，裴文中曾致電在重慶的翁文灝，希望能隨中國代表團親自前往日本尋找“北京人”。但翁文灝不久回電說，國民政府已決定派李濟隨團赴日，你就不必去了。面對此情，裴文中只好給李濟寫信，囑他到東京後一定要找長谷部言人和高井冬二，向他們索回“北京人”頭骨標本。李濟從日本回國後，裴文中迫不及待地寫去一信，詢問在日本尋找“北京人”的情況。5月24日，李濟給裴文中回了一封信，並附了一份《備忘錄》和物品清單。信中寫道：
文中先生：
5月21日手示敬悉。弟於5月5