後，他辭去了他的職務，從此銷聲匿跡。早在1935年7 月，希特勒就已經任命一個納粹黨在法律界的朋友漢斯·凱爾博士為宗教事務部部長，指示他作第二次努力，使新教徒統一起來。凱爾是一個比較溫和的納粹分於，而且是個多少還比較謹慎的人，他在開頭取得了相當的成功。他不僅爭取到了佔多數的保守派牧師，而且還設立了一個以德高望重的佐爾納博士為首的教會委員會來搞出一個總的解決辦法，後者是一個受到各教派尊重的人。雖然涅穆勒的教會同這個委員會進行合作，但是仍堅持認為自己是唯一的嫡派新教教會。
1936年5 月，它向希特勒提出了一個彬彬有禮、然而態度堅定的備忘錄，抗議這個政權的反基督教傾向，指斥政府的反猶主義，並要求國家停止干預教會事務。納粹內政部長弗立克卻報之以殘酷無情的行動。數以百計的“明認信仰教會”牧師被逮捕，備忘錄的簽名者之一威斯勒博士在薩赫森豪森集中營裡被殺害，“明認信仰教會”的經費被沒收，並禁止它收集捐款。
1937年2 月12日，佐爾納博士辭去教會委員會職務，因為在這以前秘密警察不讓他到有9 名新教牧師被逮捕的盧伯克去。他抱怨說他的工作受到宗教事務部部長的破壞。凱爾博士第二天在向一群順從的教士發表的演說中作了答覆。他指斥這位德高望重的佐爾納不能領會納粹的種族、血統和土地的理論，他還清楚地顯示了政府對新教教會和天主教教會的敵意。＇239＇＇凱爾說＇ 黨站在積極性的基督教信仰的基礎上，而積極性的基督教信仰就是國家社會主義？？
國家社會主義是上帝意志的實施？？上帝的意志表現在德國人的血液裡？？佐爾納博士和加倫伯爵＇ 繆恩斯特的天主教主教＇ 力圖向我闡明，基督教信仰就是信仰上帝的兒子基督。這使我發笑？？不，基督教信仰並不依靠使徒信條？？真正的基督教信仰由黨來代表，德國人民現在由於黨，特別是由於元首的號召而具有了真正的基督教信仰？？元首是新啟示的先驅。1937年7 月1 日，涅穆勒博士遭到了逮捕，被監禁在柏林的摩亞位元監獄裡。6 月27日他曾在達倫姆一向是座無虛席的教堂裡向他的會眾講道，這次講道終於成為他在第三帝國的最後一次講道。好像他已預先感覺到將要發生的變故似的，他說，“我們和古時的使徒一樣，想不到用我們自己的力量來逃避當局的權力。我們也同樣不願意在上帝要我們說話的時候，聽從凡人的命令而保持沉默。因為情況是，而且必須繼續是，我們必須服從上帝而不是服從人”。
他在監獄裡關了8 個月，1938年3 月2 日，在Ｓｏｎｄｅｒｇｅｒｉｃｈｔ（特別法庭）上受審，這種特別法庭是納粹為了審訊犯有危害國家罪的人而設立的。
雖然他的“暗中攻訐國家”的主要罪名是被開脫了，但還是因“濫用講壇”
和在他的教堂裡收集捐款而被判罰款2000馬克和監禁7 個月。因為他服刑已超過這個期限，所以法庭宣佈把他釋放，但是他在離開法庭時立即被秘密警察帶走，置於“保護性看管下”，關在集中營裡，先是在薩赫森豪森集中營，後又在達豪集中營裡，在那裡，他一直被關了7 年，直到被盟軍解放。
另外還有大約807 名“明認信仰教會”的牧師和教徒中的著名人士在1937年遭到逮捕，在以後的兩年內更有數以百計的人遭到逮捕。如果說涅穆勒派的反抗沒有被完全摧毀的話，它肯定是受到挫折了。至於大多數新教牧師，則像德國的差不多任何人一樣，在納粹恐怖面前屈服了。到1937年年底，漢諾威很受人尊敬的馬拉倫斯主教經凱爾博士勸誘，發表了一篇公開宣告：“國家社會主義的生活概念，是決定和表現德國人特性的民族和政治教義。因此，德國基督徒也有義務遵守。”在像涅穆勒那樣的堅強的牧師看來，這個宣告一定特別可恥。1938年春天，馬拉倫斯主教採取了最後的步驟，命令他的主教管區內的全體牧師個個宣誓效忠於元首。在一個短時間內，極大多數新教牧師都宣了誓，這樣就使他們在法律上和道義上都得服從這位獨裁者的命令。
如果認為納粹政權對新教徒和天主教徒的迫害使德國人民猛然驚醒，或者甚至大大地震動了他們中間的極大多數人，那就錯＇240＇ 了。事實上並沒有如此。一個那麼輕易放棄他們的政治、文化和經濟自由的民族，除了其中比較少數的人以外，是不會不惜犧牲生命或者冒即使坐牢的危險來維護信仰自由的。
30年代真正使德國人感到震動的事情是，希特勒在人民