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本著穩定壓倒一切的出發點，所有和閹黨後黨有牽連的官員一律不予追究，現有官職不做調整，保證整個朝廷能夠正常的運轉下去，大臣們如蒙大赦，無不感恩戴德，山唿萬歲。
然後錢謙益出班向皇帝彙報了昨天平叛的結果，閹黨頭目黃金榮勾結東廠提督楊波和內操統領李蓮英，企圖軾君造反，幸虧被以錢謙益、徐增壽、袁崇煥、劉子光、齊振銘、魏忠賢為首的忠臣義士力挽狂瀾，救皇上於危難之中，並且發起反擊，殲滅了東廠和內操的叛賊，當場格殺楊波，生俘黃金榮、李蓮英，但不幸的是皇太后在這場風波中受到驚嚇，不得不在宮中調養，無法再垂簾聽政了，很多重臣也在奉天殿的大火中喪生，給朝廷造成了不可估量的損失。
眾人聞言，連忙稱讚皇上英明神武，還有祖宗闢佑，宵小之輩斷難得逞，還有人當場咬牙切齒的怒罵黃金榮是國之大賊，應當千刀萬剮、凌遲處死。而這些人恰恰正是九千歲的乾兒子，對於這樣的表演朱由校只是付之一笑，當下發出聖諭，著刑部、大理寺、都察院三堂會審黃金榮謀逆的案子，然後又表示自己還年幼，雖然已經大婚，但是處理政務的經驗不足，還是要等太后鳳體康復了再垂簾聽政比較好。
大臣們立刻一臉正氣的表示反對，說既然皇上已經滿了十六歲，太后就應該歸政於皇上，況且昨日皇上的鎮定從容的指揮了平叛的工作，足以證明他已經具備了管理國家的能力。
朱由校假惺惺的再次表示自己不能勝任，要等母后痊癒了再說，大臣們頓時急了，一個個跪在地上把頭磕得砰砰響。
“國不可一日無君啊！”一個老臣老淚縱橫的喊道。其他人也跟著附和。小皇帝還是假意不答應，直到大臣們進行了第三次苦勸，才勉強答應親政。
演完這場戲，朱由校算是正式開始親政了，第一道聖旨是在太后的封號上多加了兩個字“慈”和“端”，以彰顯自己的孝心。此舉頓時博得朝臣們的一陣讚譽，皇上仁孝，真乃天下蒼生之福啊。
隨後又頒發了兩道聖旨：著工部重建奉天殿；任命劉子光為御前紫禁道領侍衛內大臣；頭一道聖旨還好說，第二道聖旨就有點讓人摸不著頭腦了，高高在上的朝臣們不認識劉子光，但是這道旨意分明告訴大家，這個叫劉子光的人絕對是皇上最寵信的人，而且昨天的那場血戰一定有他大大的功勞，看來以後要和他多多親近才是，朝會還沒散，很多人已經在盤算著給領侍衛內大臣送禮的事情了。
朱由校親政的第一次早朝順利結束，退朝以後把錢謙益、袁崇煥、徐增壽等人留了下來，商討對有功人員的封賞問題，奉天殿大火一燒，起碼空出來五個尚書的空缺，還有京軍、東廠、錦衣衛、武城兵馬司的許多空缺都在虛位以待。
劉子光和魏忠賢當然也出席了會議，此外還有小皇帝名義上的表姐，東林黨的右護法胡懿敏。經過一番友好坦誠的會談，最終達成協議：吏部、禮部、戶部歸東林黨，兵部尚書的位置歸袁崇煥，徐增壽升任五軍都督府左都督，掌管京軍各衛，齊振銘除了繼續掌管錦衣衛之外，還兼任刑部尚書；工部尚書是朱由校早就許給劉子光的，君無戲言，不過劉子光卻堅辭不受，聲稱有比自己更合適的人選，他推薦的人選正是宋應星，得知宋應星是《天工開物》的作者，並且主持研發了飛艇等物之後，朱由校欣然允諾。
東廠作為成祖皇帝開設的機構，自然不能隨意撤廢，而且這麼多年以來，東廠的威名已經深入滲透到廣大百姓和官員的心目中去了，這種品牌效應理應加以利用，所以臭名昭著的東廠得以儲存，由小皇帝的心腹，當今的司禮監掌印太監魏忠賢兼任，主要職責是訪謀逆妖言大奸惡等，與錦衣衛均權勢。
劉子光的南廠雖然是太后設立的，但是從內到外的人員都很純淨，所以繼續留存，仍由劉子光擔任提督，主要職責是刺探敵國軍情以及防止敵國細作對大明的滲透偵查，自此東廠和南廠的職責就明確分工了，一個主內，一個主外。給劉子光的感覺就像是美國的FBI和CIA一樣。
五城兵馬司的人選上稍微有了一點爭執，錦衣衛、東廠對這個油水頗多的職位都很眼紅，可最後還是被劉子光奪了去，因為人家的人馬已經在事實上控制了五城兵馬司，都指揮的位置根據劉子光的提議給了李巖，李巖立有侏殺楊波的大功，所以大家也都無話可說。
解決了這幾個大頭，餘下的問題就好辦了，諸如封爵、賜金以及其他人員的安排問題都交給禮部和吏部的老夫子們去研究吧。
這樣的分配大