中竟看不見個人影。只見三個男孩子坐在宮門哭泣。雖然這三個孩子穿得很普通，衣服的顏色也不顯眼，但卻看得出不是民家子弟。而且宮中豈是一般人可隨便來的？監督搜宮的命將這幾個孩子帶走 。
宮中的火燒得很奇怪，有人說是建文帝命人點的火，建文帝及皇后妃嬪都投入火中自焚了。但為什麼翻遍了瓦礫卻找不到建文帝的屍體呢？軍士們確實從灰燼中曳出一具屍體，已是體無完膚，面目全無了。有人說這就是建文帝的屍體，有人則說這是馬後的屍體。誰也無法確認，只有不了了之。但是如果這屍體不是建文帝的屍體，那建文帝又到哪裡去了呢？他可還是當今的天子啊！
搜宮的燕兵來向朱棣報告，說不見皇帝的蹤影，只從灰燼中找出了一具不知是誰的屍體。朱棣嘆說：“小子無知，果然若是痴■耶？吾來為扶翼爾為善，爾竟不亮而遽至此乎？”其實誰也沒肯定那屍體就是建文帝之屍。但如果建文帝不死，朱棣又何以自處呢。自己竟如此與皇帝的寶座無緣嗎？真的“周公輔成王”嗎？
朱棣遣周王歸第，分命諸將守京城及皇城，而自己則駐營龍江。他下令安撫臣民，嚴肅軍紀。有士卒在市場上拿了鞋不給錢，立即被處斬。 關於建文帝，朱棣雖口說建文帝已死，但心中卻放不下這段心事。他下令繼續搜宮，並命搜捕奸臣齊泰、黃子澄，並開列“奸臣榜”。這一天公佈的“燕王令旨”說：
洪武三十五年六月十三日，大明燕王令旨：諭在京軍民人等知道。予昔者困守藩封，以左班奸臣竊弄威福，骨肉被其殘害，起兵誅之，蓋以扶持祖宗社稷，保安親藩也。於六月十三日撫定京城，奸臣之有罪者予不敢赦，無罪者予不敢殺，惟順乎天而已。或有無知小人乘時圖報私仇，擅自綁縛劫掠財物，禍及無辜，非予本意。今後凡首惡有名者聽人擒拿。餘無名者不許擅自綁縛，惟恐有傷治道，諭爾眾鹹使聞知。
榜中開列的奸臣共二十九人，他們是；太常卿黃子澄，兵部尚書齊泰，禮部尚書陳迪，文學博士方孝孺，御史大夫練子寧，右侍中黃觀，大理少卿胡閏，寺丞鄒瑾，戶部尚書王鈍，戶部侍郎郭任、盧迥，刑部尚書侯泰、暴昭，工部尚書鄭賜，工部侍郎黃福，吏部尚書張■，吏部侍郎毛泰亨，給事中陳繼之，御史董鏞、曾鳳韶、王度、高翔、魏冕、謝■，前御史尹昌隆，宋人府經歷宋徵、卓敬，修撰王叔英，戶部主事巨敬。朱棣設定了賞格：凡文武官員軍民人等，綁縛奸臣，為首者升官三級，為從者升二級；綁縛官吏，為首者升二級，為從者升一級。奸臣榜貼出去之後，很多投機者紛紛以告密或擒獲“奸臣”得官，一些人乘機報私仇、劫掠財物，雖禁而不止。
朱棣所駐之龍江北臨長江，在京師外廓之內，內城之外。戰鬥已經停止，小皇帝或死或逃下落不明，但看來大局是定了。於是趕到龍江朱棣營門表示投降的越來越多。最先向朱棣叩頭勸進的是兵部尚書茹瑺。茹瑺早就與太常卿黃子澄不協。在建文朝，刑部尚書暴昭與黃子澄相一致，極力排擠茹瑺，指其贓罪，致使茹瑺被罷黜為河南布政使。後來黃子澄罷官，茹瑺才又被召回任兵部尚書。 黃子澄既被朱棣列為奸黨，自為茹瑺提供了一個進身機會。接著來投降的文臣有吏部右侍郎蹇義、戶部右侍郎夏原吉，兵部侍中劉■、右侍郎古樸、刑部侍郎劉季■，大理少卿薛嵓，翰林學士董倫，侍講王景，修撰胡廣，編修吳溥、楊榮、楊溥，侍書黃淮、芮善，侍詔解縉，給事中金幼孜、胡■，兵部侍中方賓，文選郎中陳洽，刑部員外郎宋禮，國子助教王達、鄒緝，吳府審理副楊士奇，桐城知縣胡儼等。被列入奸臣榜的鄭賜、王鈍、黃福、尹昌隆也前來歸附，自稱被奸臣所累，請求宥罪。茹瑺、李景隆又為張■、毛泰亨請求寬免，都先後授官或仍任舊職。對那些仍然抗拒不降的，朱棣又開列了第二批名單指為奸臣，他們是；徐輝祖、葛成、周是修、鐵鉉、姚善、甘霖、鄭公智、葉仲惠、王璉、黃希範、陳彥回、劉璟、程通、戴德彝、王艮、盧原質、茅大芳、鬍子昭、韓永、葉希賢、林嘉猷、蔡運、盧振、牛景先、周■等，共五十餘人。
迎附的官員已經迫不及待了。他們希望朱棣早即帝位，自己便成了開國元勳。十四日，諸王及文武官員們紛紛上書請求朱棣即位。本來，朱棣自起兵之日起，便已盯住了皇帝的寶座，但此時卻要由群臣勸進。而朱棣又要故作謙讓，說道：“予始逼於難，不得已以兵救禍，誓除奸以安宗社，為伊周之勳。不意孺子無知，自底亡滅。今奉承洪基，當擇有才德者，顧予菲薄，豈堪負荷。”中國的氏族民主制已經湮滅數千年了，但在儒家經