然後，他就跟內閣大臣解釋說：“我懲罰這二廝，不是因為他們指手畫腳地要我冊立恭妃，而是，他們居然推己及人地把我想得如此齷齪，天下人都知道，我朝立太子，自有祖宗成法，我怎麼敢隨便破壞？”
但他這種解釋顯然說服不了士大夫們的猜測，刑部主事孫如法上疏，直指鄭貴妃。奏疏內容幾乎變成了質問：請問，恭妃生長子，已快五年了，您說您按照祖宗成法辦事，可為什麼不給她們封地？貴妃鄭氏一生子，您就加封為皇貴妃，而且又得到了進封，請問，事情在這裡明擺著，天下人想不懷疑會遭到天打雷劈的。
萬曆笑了，是嗎？天打雷劈？好的，據說潮陽那裡經常有暴風雨，你去那裡做典史吧。孫如法去了潮陽，朝堂之上計程車大夫們更加起勁了。御史孫維城、楊紹程又上疏請定太子，萬曆的對策是，誰的上疏只要和國本與鄭貴妃有關，誰就被免職。
群臣們前仆後繼，都拿自己的前途開玩笑，接二連三地責問萬曆。萬曆是兵來將擋，水來土掩。大臣們越是讓他立長子為太子，他越是不立。到了萬曆十八年（1590年），他已經把大明帝國的腦袋砍掉一半了，廷臣們依舊對著深宮中的他大聲叫喊：立太子。
萬曆十八年正月初一，他召見大學士申時行等人，申時行乘機再提立長子為皇太子之事，萬曆還是說，太小，等一等。
這年的十月，廷臣以儲位未定，交章請冊立。萬曆真的是被逼得沒有辦法了，只好跟群臣們約定，如果在明年春夏之前，沒有人再提此事，我就於冬間議行，否則，他只能等到長子十五歲了。
大臣們見萬曆終於定出了時間，好不高興。這陣高興沒有過多久，萬曆在第二年的春天又說，明年春天再舉行。大臣們覺得不過一年時間，那就再等一下吧。
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國本之爭（2）
可就在萬曆十九年（1591年）八月，他答應冊立東宮的日期已經接近，工部主事張有德上疏要求準備冊封的儀物，萬曆奸笑了。他終於等到了這一天，先是扣了張有德三個月薪水，然後跟大臣們解釋說，大家明明說好了的，在這期間誰也不提國本之事。這可是你們先犯規的，大臣們認為這是萬曆在耍賴，萬曆卻反覆重申那個約定。
在當時的萬曆看來，皇后並沒有生兒子，朱常洛與朱常洵都不是嫡子，立哪個兒子做太子應該是自己的事。貴為皇帝，想立自己心愛的女人生的兒子做繼承人關大臣們什麼事。他或許還罵了自己的祖宗，因為祖宗留下來的規矩的確關大臣們的事。
鄭貴妃在萬曆十九年這一年真是笑容滿面，因為在萬曆的耍賴下，對太子的冊立可以延緩了。這不僅僅是延緩，如果萬曆繼續耍賴下去，就很有可能是更改。
可大臣們卻不這樣想，他們認為，這件事已經快十年了，兄弟們也倒了不少，自己學富五車，又有這麼多兄弟，居然用了十年時間也做不成這樣一件事情，日後到了地府，如何跟大明的祖宗交代？
就在萬曆二十年（1592年）正月，禮科都事中李獻可同六科諸臣聯合上疏，要求皇長子應該學習了。從這一點來看，朱常洛在十一歲之前就沒有學過什麼文化知識。可見萬曆對他的感情是多麼的淡薄。
萬曆看到這封奏疏，大怒。其實大臣所謂的學習就是希望萬曆允許皇長子接受帝王教育。他一怒，就打人。但打了一批，又來了一批，一直到萬曆二十一年（1593年）正月，萬曆打不動了。此時，他已把斷頭政治運用自如，只在國本事情上動一動腦袋。可他覺得這樣下去，有違自己的斷頭政治的宗旨，就跟大臣們說，這樣吧，既然大家都對這件事這麼感興趣，我也只好按照祖宗成法來辦了。祖宗說：“立嫡不立庶”，現在王皇后雖然沒有生育，但未必不代表她以後也不生育。如果她生了一個孩子，我就將其冊立為太子。那麼現在，我就將皇長子封王。
但同時，他又把三子朱常洵與五子朱常浩封王。訊息一傳出，大臣們譁然。有大臣跑回家就開始寫奏疏，第二天就呈給內閣。大臣們的意思是驚人的一致：您封了三個王，那麼，請問三王之間有差別嗎？如果沒有差別，皇長子的地位何在？
這種瞞天過海的計策沒有取得成效，不得已，這年的二月，萬曆收回三王並封之命，並跟大臣們保證，如果王皇后在二三年之內還沒有生子，那麼，就冊立皇長子為太子。
我們不得而知已經十三歲、卻沒有一點知識的朱常洛到底作何感想。似乎他祖宗們的好勇鬥狠的血液並沒有遺傳給他。如果不是他太懦弱，或許，國本之爭也