大殿行禮如儀。
首先打破這一傳統的是第十代的正德皇帝，即萬曆的叔祖。正德的個性極強，對於皇帝的職責，他拒絕群臣所代表的傳統觀念而有他自己的看法和做法。他在位時，常常離開北京，一走就是幾個月甚至長達一年。而住在北京期間，他又打破陳規，開創新例，有時竟在深夜舉行晚朝，朝罷後又大開宴席，弄到通宵達旦。對這些越軌的舉動，臣僚們自然難於和他合作，他也就撇開正式的負責官員而大加寵用親信的軍官和宦官。對負主要行政責任的內閣，在他眼裡不過是一個傳遞訊息的機構而已。凡此種種，多數文臣認為跡近荒唐，長此以往，後果將不堪設想。
幸而正德於1521年去世，又未有子嗣。大臣們和皇太后商議的結果，迎接萬曆皇帝的祖父入承大統，是為嘉靖皇帝。作為皇室的旁支子孫而居帝位，在本朝尚無前例。大臣們乘此機會，肅清了正德的親信，其劣跡尤著的幾個人被處死刑。嘉靖登極的前20年可以算得上盡職。他喜歡讀書，並且親自裁定修改禮儀。可是到了中年以後，他又使臣僚大失所望。他對舉行各種禮儀逐漸失去興趣，轉而專心致志於修壇煉丹，企求長生不死，同時又遷出紫禁城，住在離宮別苑。尤其不幸的是，這個皇帝統治了帝國達45年之久，時間之長在本朝僅次於萬曆。
萬曆的父親隆慶，在本朝歷史上是一個平淡而庸碌的皇帝。在他御字的五年半時間裡，開始還常常舉行早朝，但是他本人卻對國政毫無所知，臨朝時如同木偶，常常讓大學士代答其他官員的呈奏。後期的幾年裡，則索性把這如同具文的早朝也加以免除。
1572年，萬曆皇帝即位，關於早朝這一儀式有了折中的變通辦法。根據大學士張居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子則不朝，以便年輕的皇帝可以有更多的時間攻讀聖賢經傳。這一規定執行以來已近15年，越到後來，聖旨免朝的日子也越來越多。與此同時，其他的禮儀，如各種祭祀，皇帝也經常不能親臨而是派遣官員代祭。實際上，萬曆皇帝的早朝，即使按規定舉行，較之前代，已經要省簡多了。首先是早朝的地點很少再在正殿，而且在一般情況下早朝人員都不經午門而集結於宣治門，所有駿馬馴象的儀仗也全部減免不用。其次，御前陳奏也已流於形式，因為所有陳奏的內容都已經用書面形式上達，只有必須讓全體官員所知悉的事才在早朝時重新朗誦一過。
萬曆登極之初，就以他高貴的儀表給了臣僚們以深刻的印象。他的聲音發自丹田，深沉有力，並有餘音嫋嫋。從各種跡象看來，他確實是一個早熟的君主。他自己說過他在5歲時就能夠讀書，按中國舊時的計算方法，那時他的實足年齡僅在3歲至4歲之間。儘管如此，在他御字之初，由於年齡太小，臨朝時還需要在衣袖裡抽出一張別人事先為他書寫好的紙片，邊看邊答覆各個官員的呈奏請示。他自然不能完全明白紙片上所寫答語的含義，而只是一個尚未成年的兒童在簡單地履行皇帝的職責。
他既為皇帝，在他的世界裡沒有人和他平等。在兩位皇太后之外，他所需要尊敬的人只有兩個：一個是張居正張先生，另一個是“大伴”馮保。這種觀念，不消說是來自皇太后那裡。張、馮兩人結合在一起，對今後的政治形勢產生了相當深遠的影響。這一點，自然也不是當時不滿10歲的萬曆皇帝所能理解的。
張居正似乎永遠是智慧的象徵。他眉目軒朗，長鬚，而且注意修飾，袍服每天都像嶄新的一樣摺痕分明。他的心智也完全和儀表相一致。他不開口則已，一開口就能揭出事情的要害，言辭簡短準確，使人無可置疑，頗合於中國古語所謂“夫人不言，言必有中”。
萬曆和他的兩位母親對張居正有特殊的尊重，並稱之為“元輔張先生”，其原因說來話長。在隆慶皇帝去世的時候，高拱是當時的“首揆”，即首席內閣大學士。高拱自以為是先皇的元老重臣，不把新皇帝放在眼裡。新皇帝有事派人詢問高拱的意見，他竟敢肆無忌憚地對使者說：“你自稱奉了聖旨，我說這是一個不滿10歲的小孩的話。你難道能讓我相信他真能管理天下大事嗎？”在他的眼裡，天子不過是小孩子，太后不過是婦道人家，這種狂妄跋扈是和人臣的身分決不能相容的。幸而上天保佑，還有忠臣張居正在，他立即獻上奇計，建議採取斷然措施解決高拱。1572年夏，有一天百官奉召在宮門前集合。一個宦官手執黃紙文書，這是兩位太后的懿旨，也是新皇帝的聖旨。黃紙文書一經宣讀完畢，跪在前列的高拱不禁神色大變。他已經被褫去官銜職位，並被勒令即日出京，遣返原籍