，又沒有將他們縛住，或者我們膽怯了些，就不會得到這樣順利的處置了。”陳果夫與革命軍堅守漢陽一個星期後，當戰局進入關鍵時刻，黃興來到了武漢，任戰時總司令，民軍士氣大振。
黃興來漢後，遇到陳果夫，他見陳只當了一名士兵，覺得委屈了他，便把他轉到漢陽府中的軍政科辦事。
軍政科的任務主要是招募、訓練新軍，為保衛漢陽輸送武裝力量。
陳果夫到任後，經常到民眾中宣傳，強調保衛漢陽的重要性，動員群眾參軍參戰，於是一些市民和郊縣的農民都前來參軍，很快便組織起了一支近千人的防城營和巡城營。
陳果夫每天對這支部隊進行訓練。
他將在陸小和陸中所學的軍事知識都教給戰士，訓練十分嚴格。
短短的時間，這一千人的隊伍便掌握了初步軍事知識，能夠應付戰爭需要了。
陳果夫的出色工作，令科長刮目相看，也對他十分信任。
科長常常有事到武昌，整個科的大小事情都託陳果夫代理。
11月23日，清軍向漢陽猛撲，民軍扼守的米糧山、鍋底山、扁擔山先後失守。
清軍突破三眼橋防線，奪取湯家山，並與乙支隊會合，進攻十里鋪，漢陽形勢十分危急，軍政府各機關人員也紛紛上前線殺敵。
陳果夫將在漢陽的原南京陸軍中學的學生集中起來，組成一支100多人的隊伍，也拉上前線，配合大軍戰鬥。
陳果夫與陸中同學作戰勇敢，奮力殺敵，一些同學先後犧牲，鮮血灑在了江城。
26日，十里鋪一線終被清軍攻破。
27日，民軍總司令部所在地漢陽兵工廠也被清軍佔領，梅子山、龜山相繼丟失，民軍的精華已喪亡殆盡。
在此情況下，只好退至武昌，漢陽終於為清軍所佔領。
黃興悲痛地說：“漢陽失守，吾何顏見人，惟一死耳！”想以死殉職，後在同志的力勸下退至武昌。
黃興撤退至武昌後，連夜召開軍政緊急會議，認為武漢已連失漢口、漢陽兩鎮，武昌已成孤城，現在應順流而下進攻南京，建立東南革命基地，到時再收復武漢。
黎元洪贊同黃興意見，但多數革命黨人都表示反對。
共進會領導人張振武當即拔刀而起，厲聲說：“敢言放棄武昌者斬！”全體掌聲如雷，一致決議守武昌。
黃興見大家不贊成他的意見，開完會後即乘輪離漢東下。
陳果夫認為黃興的主張不無道理，在武漢戰事緊張的情況下，光復南京是挽救武漢危局、支援武漢首義的正確決策，可以起到圍魏救趙的作用，因此在譚人鳳的支援下，也離漢東下。
當他望著飽受戰火洗禮的武漢時，那焦土餘煙、斷垣殘壁似乎格外使他留戀。
武漢是他離開學校走上社會、參加革命的第一站，那歷歷晴川，還回蕩著他的吶喊，那萋萋芳草，也留下他奔走的足跡。
短短的不到一個月的時間，他甚至沒有來得及領略一下武漢的風光，便要離開了，但他又不得不離開。
他要到南京去，他希望能親自參加光復南京的起義，以南京的勝利解武漢之危。
他是匆匆地來武漢的，現在又匆匆地離開了武漢。
滬上討袁（1）
當陳果夫離開武昌，匆匆東下的時候，南京已在滬軍與江蘇、浙江等地民軍聯合進攻下光復，他為沒能趕上這一戰鬥而深為遺憾。
這樣，他乾脆直抵上海，找到二叔陳其美，希望能參加一些實際的革命工作。
陳其美根據陳果夫的身體狀況，便分配他去做接待工作，因為當時漢口、漢陽被清軍佔領後，很多革命黨人紛紛東下，雲集上海，這些人來後，需要有人接待並安排適當工作。
陳果夫接受任務後，便在上海望平街租了一間房子，作為招待所，專門接待東下的革命黨人。
他態度和藹，誠懇熱情，每當有人來時，先安排住處，發給生活費用，然後弄清每個人的專長並徵求其對工作的要求，最後才將他們介紹到軍隊及革命機關中去工作。
這種接待工作並不如戰場上的鬥爭轟轟烈烈，卻十分麻煩、艱苦。
陳果夫的細緻工作，使從首義之區東下的革命黨人來上海後如坐春風，感到十分溫暖，都更加努力地去參加上海的革命，這對上海的光復起了很好的作用。
11月3日，陳其美領導上海的同盟會發動工人、防營、會黨舉行起義，