東支脈有注入海洋的水系，該山有兩個主要河網，發源於喀喇崑崙山脈和藏北的大河，流水切割峽谷，穿越整個崑崙山鏈而去，還有疏洩外圍山坡流水的小河，主要河流形成漫長曲折的河谷，有幾條河流給崑崙山北緣綠洲供應灌溉用水。
雖然崑崙山河流接納一些雨水，但其主要由積雪和冰川供水，流量遂因季而異，百分之六十到百分之八十的流量出現於夏季月份，這時冰雪的強烈融化與最大降水結合在一起，雪和冰川的強烈蒸發導致淺鹽湖的形成。
該山儘管海拔很高，卻由於氣候極端乾燥而幾乎沒有冰川作用，外表積雪只存在於最高山峰的深隙之中，冰川活動的主要中心出現在海拔約接近七千公尺之處，所有冰川都以其非同尋常的陡峭和缺乏融水而引人注目，該山幾乎完全不受印度洋和太平洋季風的氣候影響，相反其卻處於大陸氣團的持續影響之下，引起年氣溫和日氣溫的巨大波動，山系中段最乾燥，而西部和東部的氣候多少緩和一些。
第365章 崑崙之泉
該山最乾燥的地區，年降水量在山麓不足五十公釐，在高海拔區約為一百多公釐；在帕米爾和西藏諸山附近，年降水量增加到四百五十七公釐，在山（與北部平原交界的山）的低層，七月平均氣溫是二十五到二十八度，在一月不低於零下九度，然而在山的上部和西藏邊界，七月平均溫度低於十度，在冬季則常降至零下三十五度或更低。
崑崙山北坡屬暖溫帶塔里木荒漠和柴達木荒漠，降水量小，隨著海拔的增高，暖溫帶荒漠過渡為高山荒漠，降水量隨之增加，雪線在海拔五千六百米至五千九百米，雪線以上為終年不化的冰川，冰川面積達到三千平方公里以上，是中國的大冰川區之一，冰川融水是中國幾條主要大河的源頭，包括長江、黃河、瀾滄江（湄公河）、怒江（薩爾溫江）和塔里木河。
崑崙山區有一百多種高等植物，但一般都是低矮的灌木類，野生動物都是高原特有的如藏羚羊、野犛牛、野驢等，新疆和田的崑崙山麓出產最高質量的美玉，從古代起就是中原地區玉石的主要來源，因此《千字文》提到“玉出昆崗”。
整座山遍佈著沙漠或至多可以名之為草原的地方的狀況制約植被的發展，許多地區有岩石沙漠構成，偶見的死水塘為諸如藏羚羊和藏巖羚羊以及大群野驢（騫驢）和成群的野犛牛等數種野生有蹄動物提供水草，在較為潮潤的西部山脈，大角野羊在高處的草原吃草，青綿羊、拉達克東方盤羊及高地山羊零星分佈於整個西部山區上部的岩石上，水道附近的柳叢常有棕熊，狼為當地特有，但雪豹就為罕見，許多候水鳥在季節遷徙中常出沒此處的湖泊。
儘管氣候和地形條件極端，崑崙山及毗鄰地區還是養育著常住及流動人口，北坡上有來自綠洲的維吾爾人，偶有蒙古人，藏北的南部，西藏遊牧民已經佔用大片從前被放棄的草原牧場，從敦煌至拉薩的鋪設公路為青海居民區服務，從柴達木盆地狂風肆虐的沙灘崛起的現代城市格爾木，是一個鐵路終點，從塔里木盆地綠洲而來的其他數條主要公路穿越崑崙叢山，卡車將蔬菜、建築材料、汽油和雜貨運至最僻遠的居民區，並將諸如石油、純鹼和煤炭一類原料從產地運往附近城鎮。
崑崙泉位於崑崙河北岸著名的小鎮納赤臺正中，海拔三千七百米，是一泓優良的天然礦泉，被視為崑崙奇觀，納赤噴泉，一大一小，相距五十米，大泉在青藏公路路邊，泉眼周圍用塊石砌成外圓內八角形、高一米的泉臺，泉口直徑一點六米，泉眼水深一米，旁邊有一出口，崑崙泉泉水很旺，日夜不停地向外噴湧，不時翻起層層小浪花，併發出響聲，全年水溫恆定為二十度，泉池四周由花崗石板砌成的多邊形圖案，中央一股清泉從池地驀然噴湧而出，形成一個晶瑩透明的蘑菇狀，將無數片碧玉般的花瓣拋向四周，似一朵盛開的蓮花，又似無聲四濺的碎玉落入一泓清池，然後奔向滔滔的崑崙河。
至今在納赤噴泉還流傳著當年文成公主進藏時在此歇息的傳說，相傳文成公主遠嫁吐蕃時，隨身抬了一尊巨大的釋迦牟尼佛像，當公主一行來到崑崙山下的納赤臺時，由於山高路遙，人馬累得精疲力竭，於是，公主命令大隊人馬就地歇息，當夜做飯時，才發現附近沒有水，大家只好啃完乾糧，和衣而睡，第二天早上，人們醒來時，發現昨晚放釋迦佛像的山頭被壓成了一塊平臺，離平臺不遠的地方，一眼晶瑩的泉水噴湧而出，淙淙流淌，人們一下子明白，這是釋迦佛把山中的泉水壓了出來，虔誠信佛的公主為了表達對佛祖的敬意，把自己身上的一串珍珠拋在泉眼裡，泉水變得