崇煥的這個特點，他認為袁崇煥“英風偉略”，才堪大用，建議皇帝不拘一格地破格使用。這位侯恂就是在著名的《桃花扇》中，與更著名的秦淮八豔之一李香君相好的那位侯方域侯公子的父親。後來，他還發現並保護了一位折騰出不少事兒來的大將——左良玉，據說是唯一一位能夠令這個桀驁不馴的將軍信服的文人。和袁崇煥一樣，侯恂御史可能也是一個“肝腸頗熱”的人物。
就這樣，袁崇煥被留在京城，成為兵部職方司主事。當時，兵部有四個司，最重要的就是武選司和職方司。武選司負責軍官的升降，職方司則負責軍政管理。職方司主事是一個正六品官，大體上相當於今天的國防部軍政司司長助理的樣子，與從七品或正七品的知縣比較起來，的確算得上是破格任用了。
袁崇煥來到兵部任職之後，當然十分關心了遼東局勢。結果，他十分沮喪地發現，與後金汗國開戰已經近五年了，整個大明帝國的最高軍事指揮機關裡，竟然找不到具有軍事價值的關於遼東地理、地形、地貌等山川形勢和風土人情方面的資料。現有的資料不是殘缺不全就是道聽途說，或者乾脆就是許多年前的產物，如今大約已經具有了古董般的文物價值。整個國防部——兵部裡，既沒有人具有這種知識，也沒有人知道如何獲得這些知識。派人出山海關外去收集，得到的�