而三個峰又分為內門外門，沒收取新進弟子三年後，合格者自然進入到內門，學習高深劍法和功法，不然的話也就一直只能在外門學習些粗淺的皮毛，遊離於核心的邊緣。
另外玄天劍門有三堂兩閣一殿。
執事堂，專供弟子領取任務賺門貢。
執法堂，修為達到一定程度後，內清理門戶，執掌刑罰，外清理邪魔外道，手握殺伐重器。鑄劍堂，玄天劍門法寶皆為劍，每個弟子可以透過完成任務後獲得的門貢，從門派換取材料料寶物，鑄造自己的法寶飛劍，而飛劍的品質取決於材料，鑄劍堂專門負責打造飛劍。
兩閣，分別是劍閣，和藏寶閣。
劍閣，存放著大多數玄天劍門身亡自己的飛劍，以及各種製造飛劍的形式結構需要的材料。另外玄天劍門弟子進入內門後達到一定修為都會外出歷練，劍閣存放著每人的本命元燈，外出歷練去到險地或者碰到危險身亡之時，就是燈滅之時。內門的弟子才是整個門派的中流砥柱，而劍道本就是殺伐之道�