據日本史料記載，戰鬥初期清正不在蔚山城，部下認為其所帶人馬太少，建議待各路援軍到達後再去增援。清正卻認為蔚山乃自己的轄區，棄而不管會被他人恥笑，所以毅然從水路進入城中防守。
蔚山之戰，倭軍損失近萬，明軍、鮮軍乘興而來敗興而歸，功敗垂成，損失多達兩萬有餘，邢玠辛辛苦苦湊齊的人馬傷亡近半，輜重物資盡失。若明軍不貪圖小利，若楊鎬不以私利而鳴金，兵貴神速而不一味圍困，遇敵不臨陣脫逃，或堅持“攻點阻援”的戰術方針，蔚山早已是掌中之物，可惜呀！
楊鎬、麻貴可真能跑，一溜煙跑到慶州，後來害怕倭軍攻打，又一溜煙跑回漢城。如此損兵折將，那還了得？楊鎬心想反正天高皇帝遠，不如向皇上發個假訊息算了。他與麻貴、邢玠串通，向北京偽稱蔚山大捷，明軍僅損失百餘人。萬曆皇帝一聽，喜上眉梢，剛在稷山打了勝仗，又於蔚山大破倭賊，甚好，遂發帑金犒賞三軍，又賜邢玠尚方寶劍。
隨軍出征的贊畫主事丁應泰聞聽前線戰敗，問楊鎬如何處理後事，楊鎬非但毫無愧色，反拿出大學士張位、沈一貫的書信，信上表揚他在父親死後本應回家奔喪；卻為國家計而遠征朝鮮，明廷欲嘉獎，二人先寫手書提前祝賀，楊鎬言語間甚有得意之色。人不能無恥到這種地步！應泰見這廝厚顏極甚，憤而彈劾，將蔚山慘敗的實情一五一十得彙報給明廷，並歷數楊鎬的二十八條罪狀。萬曆皇帝觀奏摺暴跳如雷，楊鎬竟狗膽包天，欺君罔上，難道想嚐嚐東廠的酷刑不成？眼看楊鎬性命不保，幸虧大學士趙志皋極力保奏，他才只受到削職的處分，便宜這小子了。楊鎬於二十年後又被啟用，經略遼東，他任命李如梅為帥對抗努爾哈赤，結果導致薩爾滸之戰的慘敗。因此，《明實錄》中稱“鎬罷後二十年，酋難作（指努爾哈赤建立的後金開始和明朝叫板），復起鎬為經理，仍用李如梅為帥，而有三路表師之事。蓋鎬與李氏兄弟比以遼事首尾數十年，卒以破壞，故致恨亡遼者以鎬為罪魁雲”。
言歸正傳。明廷任邢玠暫兼經理之職，邢玠將戰敗歸因於缺乏水軍，急忙從江南招募水軍，又從水路運來不少人馬。同年二月，都督陳璘率廣東兵、劉綎率四川兵、鄧子龍率浙、直兵先後趕至朝鮮。
而倭軍則兵分三路，繼續防守各要隘：以蔚山為東路，清正把守；以順天為西路，行長守備；以泗川為中路，島津義弘、島津忠恆父子守焉。相應的，邢玠也兵分數路：東路大將麻貴，西路大將劉綎，中路大將李如梅，水路大將乃都督陳璘，各守要塞，相機出兵。四月，李如梅因故歸國，中路大軍改由董一元統率。
五月，聞聽明軍欲圍攻順天，諸倭將怕大軍來襲，恐獨難支，想放棄順天、蔚山，集中兵力守釜山。宗義智提出反對意見，加藤嘉明更是氣憤道：“未見敵旗而去，非夫也！諸公各任其意，吾自當奮力反擊”，諸將聞聽此言，開始猶豫不決。此事傳至蔚山，秀元與清正商議後，遣使至順天，謂行長道：“吾聞嘉明之言，似是有理，馳使於名護屋，求太閣定奪”。
豐臣秀吉這次沒去名護屋督戰，而是呆在伏見城。行長等派人將報告送至，秀吉聞聽諸將欲放棄順天、蔚山，暴跳如雷，死也不同意。他命加藤清正、小西行長、島津義弘、淺野幸長、黑田長政、鍋島勝茂、毛利勝信、筑紫廣澄、毛利秀包等率六萬人各守要塞，不得有誤；小早川秀秋、毛利秀元、宇喜多秀家及四國島兵馬先回日本，待九月再航海回朝鮮。秀吉又賞行長為先陣大將，賜太刀、駿馬，並許諾日後加賜知行，又手書稱讚嘉明力排眾議之功，加賜三萬七千石，且寫信稱讚義智，賜其駿馬。
六月，秀秋等回到日本，於伏見城參見秀吉。秀吉責備秀秋、秀家於蔚山大戰中增援太晚，後又同意放棄順天、蔚山，不許二人晉見，只召秀元一人勞之。秀吉將他們獻來的明軍、鮮兵的鼻子耳朵埋於平安大佛殿旁邊祈福，即今日所稱的“鼻冢”，不知夜裡是否會夢到有無數冤魂向其索命。
卻說蔚山之戰後，明軍損失慘重，倭軍雖然勝利，也是慘勝，雙方皆無法再次發動大規模會戰，只是在各自防區內調兵遣將，休養生息，一直從當年正月對峙到八月。明廷任命的新經略、天津巡撫萬世德還沒上任，邢玠便分調麻貴所部三萬負責蔚山方向，劉綎所部兩萬餘眾負責順天方向，董一元所部一萬五千人馬負責泗川方向，陳璘仍負責水軍。
劉綎派吳宗道前往順天，與行長約定日期，通好休兵。劉綎許諾二人皆只帶五十人相會，行長信以為真，爽快答應。
八月初一，