以健康理由拒絕了。此後，他遠離政治，以一名農民渡過生命中最後的28年，於1829年去世，此時，紐約州已經沒有一名奴隸。
這位拋棄個人恩怨、捍衛了*選舉尊嚴的人，在實現了自己的夢想之後，心滿意足地長眠在童年嬉戲的土地上。
漢密爾頓無計可施，*共和黨終於上臺了。1801年2月11日唱票，有問題了，*共和黨代表團結一致，傑佛遜和伯爾都得73票。
*共和黨說我們早商量好了，傑佛遜是總統，伯爾是副總統。聯邦黨說貴黨怎麼商量的我們不管，現在倆人得票一樣，難道一起當總統？
這個問題憲法想好了，出現平手或者沒人獲得半數以上選舉人票的時候，由國會決定誰當總統？國會按州開小組會，各州的議員各開各的會，決定支援誰，每個州有一票，獲得超過半數以上的州支援的候選人當總統，沒有人獲得半數以上州支援的話，國會就繼續投，直到選出來為止。梅森當年預測的每20次大選有19次要靠國會來決定，就是這樣的結局。一共16個州，必須獲得九個州的國會議員支援。
由於每州只有一票，因此各州議員中哪個黨佔多數，那個黨就決定這張票。兩個候選人都是*共和黨的，按理說聯邦黨的議員應該看熱鬧，可是他們參與的熱情比*共和黨的議員還高，因為傑佛遜是聯邦黨最大的敵人，他是南方人，聯邦黨的勢力主要在北方，因此聯邦黨的議員們決定支援伯爾，一來是北方人，也支援廢奴，二來沒有傑佛遜那麼壞，兩害相權取其輕。
國會於1801年2月11日投票，結果有八個州支援傑佛遜，六個州支援伯爾，兩個州棄權，傑佛遜離獲勝之差一個州的支援了。怎麼辦？進行第二次投票，結果出來了，和第一次一模一樣，怎麼辦？繼續投。
七天之內，一共投了35次，結果都一樣。一樣就別投了，大家主意已定，投360次，結果還是一模一樣。可是法律這麼規定的，不投不行，議員們每天開五次小組會然後投五次票，都成了機器人了。次數一多，就開始有人變主意，北卡羅來納的議員們慢慢轉向伯爾，加上新澤西本來就是3比2，伯爾只要活動一下，就能壓倒傑佛遜。可是伯爾到了這種關鍵時刻，沒有造反的膽量，待在奧伯尼看熱鬧。
解決這個僵局，還得靠漢密爾頓。
txt電子書分享平臺
槍響後的謝幕（1）
漢密爾頓在這時站了出來，發表了自己的看法：“這兩人之間，我覺得傑佛遜更誠實一點。”一句話，導致聯邦黨軍心渙散，第36輪投票，本來觀望的馬里蘭和佛蒙特支援傑佛遜，本來支援伯爾的德拉維爾和南卡羅來納棄權，傑佛遜以10比4獲勝。
伯爾這時候知道大事不好，總統沒拿到，還把傑佛遜給得罪了。成了傑佛遜的政敵，四年以後肯定不會再找自己聯手了，在*共和黨內也沒有什麼前途了。
這次選舉的結果也引起了國會的反思，看來當初一名選舉人投兩票的辦法漏洞太多，尤其是有了政黨之後，拉幫結派，很容易出現獲勝的政黨的兩名候選人得票一樣的情況，於是國會於1803年提出憲法第12條修正案，於1804年獲得各州認可，從此每名選舉人的兩票要分開，一票選總統，一票選副總統。
傑佛遜上臺後，因《外僑法懲治叛亂法》入獄的都被釋放了，考蘭德出獄後覺得勞苦功高，要求出任里士滿郵政總督，被拒絕後開始收集傑佛遜的黑材料，在報上登出傑佛遜喪偶後和一名黑奴有幾名子女，這個訊息對傑佛遜的道德形象產生了致命打擊。此事近年來經過DNA鑑定，可以確定這幾個人是傑佛遜家族後人，但不能肯定是傑佛遜的後人。
這樣一來，傑佛遜的支持者恨死了考蘭德，幾年後他淹死在詹姆斯河，據說是喝醉了。
傑佛遜第一任總統任期之內辦的最大的一件事，是讓美國領土擴大了一倍。
1800年，拿破崙把現在美國中部、當時叫做路易斯安娜的殖民地從西班牙手中轉到法國的控制之下，這是一個秘密協議，直到三年後才正式完成移交。
1801年，傑佛遜發現了這個秘密，他覺得有可能從法國手中買下這個殖民地的一部分，尤其是新奧爾良這個密西西比河的出海口。
傑佛遜雖然親法，但是當上總統之後，觀點開始轉變，接受了聯邦黨的一些政治主張，尤其是獨立自主的外交原則，要把美國建設成美洲的霸主。他和國務卿麥德遜看到了這是一個把法國勢力從北美驅除的機會，開始交涉。