戰開始後，麥克萊倫名聲在外，俄亥俄、紐約、賓夕法尼亞這北方三大州的州長一起求賢，最後由於俄亥俄州長最有恆心，他出任俄亥俄民兵少將司令。他不是廢奴主義者，因此南方也出面勸降。他和李將軍一樣，出於對家鄉的忠誠而不為所動。很快重新加入現役，任包括六州在內的俄亥俄軍區司令。1861年5月14日，34歲的麥克萊倫被任命為聯邦軍第一少將，只有斯考特比他資格老。
開戰後林肯登壇拜將。老將斯考特之外，連拜三名少將，依次是麥克萊倫、佛雷蒙德和哈萊克，佛雷蒙德是華盛頓家族中人，哈萊克是漢密爾頓的孫女婿，因此這三少將都算*。
麥克萊倫如此竄紅是因為李將軍南下，應該給李的位置都給了他。開戰後他和李將軍在西弗吉尼亞交手，成功地導致西弗吉尼亞脫離南方。在第一次孟納薩斯戰後，他被林肯從西弗吉尼亞調來，組建波托馬克軍團。1861年11月斯考特退役後，他繼任軍隊總司令到此年5月。
麥克萊倫是非常優秀的組織人才，波托馬克軍團之後雖然連戰連敗，但也能連敗連戰，李將軍始終打不散波托馬克軍團，就是他的功勞。但他有個主觀印象，就是南方要進攻他，因此練兵來練兵去，就是不進攻，後來被林肯逼得沒辦法，才開展半島戰役，結果讓李將軍打得丟盔棄甲。好在林肯的新人選波普比他還沒本事，林肯只得讓他二度為帥。
麥克萊倫不僅不能打，在政壇上還很有勢力，讓林肯始終不能放心，終於免去了他軍團司令的職位，讓他回新澤西家裡待命。後來幾度有可能復出，都被林肯否決了。格蘭特上任後，也想給他個位置，結果還是被林肯否決了。出馬競選時他還是聯邦軍現役軍官，直到選舉日才辭去軍職�