檢舉揭發，說這個人乃是山東巡撫顏繼祖，顏繼祖這才被李同趕緊從俘虜營之中揪了出來，帶著返回了京師。
而就在第九旅趕往通州解圍的時候，於孝天率領於家軍在京師也展開了一系列的行動，一天之內，於家軍便按照計劃，一個個的攻取了內城剩下的幾個城門。
這時候城內的官軍不管是外地的客軍還是本地的京營，這時候要麼是投降了於家軍，要麼是趁亂逃出了京師，有些逃往了順義、懷柔，有些則逃往了昌平，更有人逃往了保定府，於家軍在展開剩下的行動的時候，基本上沒有遭遇到太過激烈的抵抗。
僅僅兩天時間，於家軍便將整個京師內城全部控制，並且第一旅開始轉而出崇文門、正陽門，開始對外城也發動了清、理攻勢。
整個內城歷時兩日，全部被於家軍控制在了手中，剩下的於家軍兵將，開始逐街逐巷的清、理城內殘存的潰兵。
這兩日之中，官軍的潰兵在城中可是沒少作亂，趁著於家軍騰不出手來收拾他們，在城中大肆洗掠，不少官兵燒殺搶掠，無惡不作，把城中不少百姓禍害的不輕。
但是他們的好日子在於家軍控制了所有內城的城門之後，算是徹底到頭了，不少官兵潰兵們因為太過貪財，只顧著想多搶一些財貨，以至於失去了逃離京師的最佳時刻，等他們想要跑的時候，卻發現一切晚矣，幾個城門都被於家軍控制在了手中，想跑都沒地方跑了。
於是他們便紛紛躲了起來，藏身於一些民戶之中，逼迫老百姓給他們提、供掩護，或者乾脆脫了軍服，逃回了他們在京師之中一些私宅之中。
於家軍在隨後展開的清、理之中，抓獲了起碼數千留在城中沒有逃走的官兵，這些人之中不少傢伙都在城中做了不少惡事，於是於孝天立即下令，將其中罪大惡極的一部分傢伙，直接拉到街頭，就地斬首示眾。
一時間城中殺的是人頭滾滾，受害的百姓為之大為拍手稱快，並且檢舉出了不少躲在民戶家中的潰兵，於家軍立即派人將其擒拿歸案，該殺的殺，該送到臨時苦役營的送到臨時苦役營，還順帶抄了不少在城中有私宅的兵將的宅子，起獲了不少財貨。
隨後於孝天便根據情報部門提、供的一份名單，簽署了一份通緝令，開始進行全城搜捕，其中包括薛國觀、高起潛等人，一共開列出來了一份一百餘人的名單，令部下嚴格按照名單進行查抄搜捕。
於孝天為了避免重蹈歷史上李自成入京之後的覆轍，對於入京的兵將下達了最為嚴厲的禁令，禁止任何人在沒有軍令的情況下，擅闖民宅，私自抄沒私產，更不得淫辱婦人，一旦有人違規，就立即就地處決，絕不容情。
於家軍軍紀本來就相當不錯，再加上於孝天頒佈了這麼嚴苛的軍令，於是軍紀更加森然，極少出現有於家軍兵將闖入民宅禍害百姓的事情，但是也存在個別的兵將，想要趁亂撈一把，可是往往他們只要一伸手，就會被糾察逮住，直接抓回兵營之中，先是痛打一頓，接著該殺的殺，該削去軍職的削去軍職，只用了幾天時間，便徹底穩住了京師城中的局勢。
而外城的戰事在於家軍攻入內城之後的第四天上午，也宣告結束，駐守外城的官軍在得知內城全面失守之後，心知無法繼續抵抗下去，要麼有些軍將選擇了投降，要麼有些軍將便選擇了逃離京師。
這麼一來，於孝天只用了數天時間，便將京師全面控制在了他的手中，並且將城中一大批富有惡名的官吏以及勳戚抓捕了起來，一共查抄了將近二百個宅院，從這些貪官汙吏家中，起獲了大量的銀兩，其中僅僅是從薛國觀家中，就起獲了白銀三十多萬兩，可見的薛國觀這傢伙這兩年，在京師暗中收受了多少賄賂。
經過連日的搜捕，高起潛這傢伙也終於落網，這廝在得知朝陽門眼看不保的時候，立即便脫去了身上的衣袍，換了一身早已準備好的便服，帶著幾個親信手下，撒丫子就溜到了城中一個他早先私下裡偷偷購置的小院子裡面躲了起來。
高起潛這傢伙很滑頭，購置的這個宅子，幾乎沒有幾個人知道，只有他親信的幾個手下知道這個宅子的地點，另外他在宅子裡面安排有兩個很貼心的小太監暗中等候他的到來，並且在宅子裡面提前藏了不少的吃喝的東西。
高起潛跑到了這個宅子之後，立即關上了宅門，他自己和親信手下們都閉門不出，每天只派一個婦人，出門打聽一下訊息。
原本於家軍想要抓住高起潛是很有難度的事情，因為城中很混亂，沒人知道高起潛到底是藏在了城中，還是已經趁亂逃離了京城。