當然也有一幫人主剿，主剿的人並非完全是為國著想，而是純粹要利用這件事，噁心一下那些主撫一派的東林黨人罷了。
只是在此之前，主剿的一方，並不佔優勢，主撫一方實力強大，始終控制著朝堂上的聲音，可是孫元化這一失蹤，主剿一派終於找到了機會，雖然沒人清楚孫元化到底遭遇了什麼事情，導致了他的失蹤。
但是正因為沒人知道孫元化到底遇上了什麼，這才讓主剿一派的人抓住了把柄，這幫人一口咬定，孫元化是畏罪潛逃，雖然他們沒有任何證據，只是憑空猜測，可是讓主撫一方的人無法反擊的是，他們說孫元化沒有潛逃，卻也沒有任何證據證明。
正好叛軍接連又攻克了招遠，屠城三日，殺人無算，接著又攻破了平度州，同樣也製造了無數血案。
眼瞅著叛軍勢力越來越大，包括東江鎮那邊，不少東江軍也跟著鬧了起來，南北相互呼應，搞得是亂七八糟，可是朝堂上，卻還在為到底該剿還是該撫的問題，爭執不休，如果再這麼下去的話，叛軍發展的就會更加肆無忌憚，事態發展的可能更無法收拾。
而且目前看來，叛軍肯定不會放過萊州城，強攻萊州只是時間問題，果不其然三月初，叛軍在連克招遠和平度兩地之後，李九成和孔有德再次集結數萬叛軍，兵抵萊州城下，開始包圍萊州城，對萊州發動了猛攻。
新任山東巡撫徐從治和萊州知府朱萬年派人再次向朝廷求援，並且率領萊州城守軍，據城死守，在萊州城下，和叛軍激戰不已。
事已至此，崇禎皇帝也終於下定了決心，最終決定對叛軍採取進剿的策略，不再考慮招撫的問題。
因為崇禎現在看來，這一次叛軍搞得如此厲害，如果還對其招撫的話，無疑弄不好會造成很不好的影響，甚至可能成為一個很壞的例子，以後要是那些驕兵悍將，稍有不滿，就動輒發動兵變，把事情鬧大，然後指望朝廷招撫，便屁事沒有的話，以後誰還不會這麼幹？
這麼一來，本來就已經糜爛的國事，豈不是更亂了嗎？這次的事情，也讓崇禎帝對那些主撫一派的人產生了看法，當堂斥責了首輔周延儒等人，徹底壓住了主撫的聲音。
另外對於另外幾個被叛軍釋放，逃回京師的張燾、宋光蘭、王徵等人，崇禎下旨，將其全部逮問，關入到了大牢之中。
至此朝廷從叛軍起兵反叛，到最終下定決心進剿，已經是快小半年的時間過去了，這對於叛軍坐大，無疑提供了相當大的便利。
既然決定進剿，那麼朝廷自然是開始考慮，該調哪兒的兵將前往登萊進剿叛軍，現如今朝廷可用的兵力並不是很多，雖然登萊距離關遼一帶並不算遠，關錦一帶的邊軍還是相當有點戰鬥力的。
原來天津衛和保定也是有一些兵馬的，可是正月間這些兵馬，已經在黃縣被叛軍大敗，損失殆盡，山東兵將倒是也有一些，可是山東兵這段時間的表現，實在是令人失望，山東方面的兵馬，對上叛軍是屢戰屢敗，就沒打過勝仗。
要說勝仗的話，恐怕也只有寧海州牟平縣城一戰，算是這幾個月叛軍起兵造反之後，登萊山東一帶唯一的一個亮點了，唯有這裡擋住了叛軍，並且斬殺叛軍據說過千之多，迫使叛軍最終只得撤兵而去。
為此崇禎才算是多少感覺到了一絲欣慰，也記住了寧海州知州趙宏志的名字，深感此人再次亂局之下，能領一城軍民，力阻叛軍，實乃是人才，只要回頭驗明那些斬獲的叛軍人頭不假，那麼這件事就不會是假的，那麼此人便可重用之。
當朝廷確定要以主剿為主要策略的時候，對於該呼叫何處兵將，入登萊進剿叛軍一事，朝堂上主剿官員卻爭論不休。
有人建議調關外精銳明軍入關進剿，也有人提議集結北直官軍入剿，但是卻忽然間有不少人提出來，可調福建官軍入剿。
這個提議一下子就引起了不少人的興趣，於是很多人想起了近幾年來，福建方面不時傳來的各種奏捷，要說這福建方面，這些年的表現，在大明各地來說，著實算是一枝獨秀，雖然福建也遭遇了百年不遇的旱災，也鬧出了民變，但是福建方面卻很快便將這場亂局壓制了下去。
甚至於沒有伸手要朝廷一兩銀子的賑濟，也沒有少給朝廷繳納多少加派賦稅，這幾年間，福建方面也有不少山賊亂匪作亂，可是每每出現這種亂兵，便很快會被福建官軍撲滅，福建官軍一掃天啟年間的頹勢，這幾年來，表現的相當不錯。
這不由得讓人再次想起了早年在福建進剿倭寇的戚繼光戚大帥，這麼多年來，福