雖然荷蘭人憑藉著有限的船隻，還是在頑強的突破大明水師的封鎖，給澎湖送來一些給養，但是這些送來的補給，卻對消耗來說，只能算是杯水車薪，到了八月份的時候，荷蘭人的紅毛城中，已經快要彈盡糧絕了。
更重要的是他們得不到足夠人員的補充，紅毛城之中的傷員無法得到有效的救治，也無法及時的送回到巴達維亞，使得他們的戰鬥減員十分嚴重。
仗打到這樣的程度的時候，對雙方來說都已經變成了一種煎熬，而這個時候雙方都又想起了李旦等人。
李旦等人其實也一直在關注著此戰的結果，因為李旦和西班牙人結有宿怨，所以很希望和荷蘭人勾搭上，和西班牙人作對，同時獲得一個穩定的合作伙伴。
所以他們在荷蘭人剛一竊據澎湖，就主動跑上了門，和荷蘭人勾結在了一起，並且給荷蘭人出謀劃策，同時還幫著荷蘭人在臺灣海峽之中，攔截前往馬尼拉和西班牙人交易的中國海商的船隻，逼迫中國商人和荷蘭人進行交易。
但是大明官府和朝廷的態度，也使得他們發現，荷蘭人佔領澎湖，其實不是一個很好的選擇，作為熟悉大明官方辦事方式和思考方式的李旦，就很快想明白了其中的道理。
其實這個道理很簡單，那就是澎湖自很久以前，就已經被大陸上的政權納入到了版圖之內，最早在宋朝的時候，就在這裡有駐軍，元朝的時候，更是在這裡設立澎湖巡檢司，大明同樣也將這裡視作大明的版圖。
荷蘭人竊據這裡，對於明朝皇帝和官員們來說，這是無法容忍的，因為如果他們急需容忍荷蘭人留在澎湖的話，就等於預設了澎湖不再是大明版圖，這就等於是失地！這個罪責是誰都不敢承擔的，一旦傳出去的話，天下人的吐沫恐怕都能將他們淹死。
所以從上至下沒有人敢說澎湖不要了，就這樣吧，給荷蘭人佔去拉倒！所以既然沒人敢承擔，那麼唯一的辦法就是透過戰爭把它拿回來。
現如今雙方都陷入了進退不得的境地，荷蘭人繼續盤踞在這裡，已經沒有了實際意義，故此當看到雙方都騎虎難下的時候，都想到了李旦這樣的中間人，於是李旦等人便給荷蘭人指了一條“明路”
那就是讓荷蘭人退一步，到臺員的大員去，而徹底放棄澎湖這個地方，原因很簡單，那就是因為直到目前為止，大明官方尚未將臺員島正式納入到版圖之中，臺員到目前為止，甚至連正式的名稱都沒有，即有人稱呼它為流求，也有人稱其為臺灣和臺員，更有人稱其為雞籠。
臺灣島目前根本就是一塊飛地，上百年來，這裡都沒有人真正的進行控制，而是成為了一些海盜們的樂園，也成為一些移民遷居的地方。
早在幾十年前，這裡還被著名的海盜林鳳占據經營過，但是後來因為林鳳力主在馬尼拉抵抗西班牙人的入侵，傾巢而出帶領所有手下前往了呂宋，最終放棄了臺灣島。
而且這裡距離大明並不算遠，起碼要比馬尼拉距離大明要近，雖然地理位置沒有澎湖好，可是貴在這裡不會引起大明官府的重視，另外臺灣島面積也很大，自然資源也相對豐富得多。
於是李旦等人便給荷蘭人出主意，讓他們移居到臺員島的大員一帶，重新在那裡建城立足。
另一方面他們也跟大明官府暗中進行接觸，願意幫南居益他們這些大明官員遊說荷蘭人放棄澎湖，使得他們不必再騎虎難下，儘快結束澎湖之戰。
於是大明官府和荷蘭人雙方最終都接受了這個建議，荷蘭人在八月底的時候，終於宣佈放棄澎湖，撤離這裡。
而換來的條件是大明官軍不對其進行攔截，放其順利離開澎湖，最終這場持續了很久的戰事，才算是徹底宣告結束。
而對於他們雙方來說，這件事都是皆大歡喜的事情，南居益等大明官方的官員們，終於可以體面的給朝廷交差了，而且他們可以宣佈大捷，說是他們奮戰之下，將紅毛人逐出了澎湖，該升官的升官，該發財的發財，甚至可以從此流芳千古，在歷史上成為中國人的民族英雄。
對於荷蘭人來說，也結束了這近半年的噩夢，總算是可以喘息一下，換個地方繼續他們的工作了，不用再天天擔驚受怕，怕被人堵在城裡最終宰掉，他們來東方主要目的可是為了發財的，可不是想把自己的小命給玩兒沒了，放棄澎湖對他們來說並不是壞事。
可是真實的情況，卻是大明一方雖然名義上獲得了勝利，但是實質上卻等於是以失敗而告終，並未真正的擊敗荷蘭人，而是最終對荷蘭人進行了妥協，放任了荷蘭人跑到