如果楚軒的推測沒錯的話，那個正體不明的外星種族應該就是《星際爭霸》劇情中的“薩爾那加”，不光是使徒、人類和天頂星人，甚至連尚未出現的“星靈”和正在宇宙中肆虐的“星際異蟲”也都是他們製造的生物戰鬥兵器。
只不過後來星際異蟲氾濫到連他們自己都無法收拾了，所以他們不得不在勉力抵擋著星際異蟲的侵襲的同時，再製造出一個繁殖能力足夠強大（相對星靈而言），智力又足夠高的生物戰鬥兵器——人類來。
但即使如此，薩爾那加人最後還是滅亡或逃跑了——倘若薩爾那加人獲勝了的話，那麼地球人類和天頂星人不可能再沒有獲得過任何有關薩爾那加人的訊息，被留在地球上的薩爾那加觀察員也不必在壽命將盡前留下《死海文書》了。
當楚軒從轉換裝置中出來的時候，季節已經從夏天變成了冬天，NERV和SEELE的事情全都被聯合國與萊茵哈特皇帝解決了，楚軒完全沒有插手——也壓根就輪不到他插手。
將儲存在他身體內的綾波麗靈魂完整地轉移到了一具“備用身體”中之後，楚軒帶著黑貓和綾波麗去探視了已經被軟禁了將近半年，始終一言不發的碇源堂。。
在一座環境清幽的別墅裡，楚軒與舒舒服服地被軟禁在這裡的碇源堂見面了，除了臉上的肉多了一些之外，看上去和之前沒什麼兩樣的碇源堂在見到楚軒……或者說見到綾波麗之後，終於開口問道：
“你想從我這裡知道什麼？”
“只不過是想確定一下‘真相’罷了。”
楚軒面無表情地推了下反光的眼鏡，淡淡地對他說道：
“SEELE想要實現留下《死海文書》的那個製造了所有使徒——也包括‘李林’的外星種族記錄在最後的那個‘嶄新的想法’，將所有追悔莫及的‘李林’重新聚合成一體，以‘集體’的方式獲得戰勝異蟲的強大力量，至不濟也可以不停地逃跑。
而你則在其中作了點手腳，打算讓自己的兒子成為這個‘集體’的主導意識甚至唯一意識——是這樣沒錯吧？”
說到這裡，楚軒停頓了一下，然後盯著碇源堂那張木頭的臉十分鄭重地問道：
“你所做的一切，都是為了讓表面上漠不關心的兒子‘成神’，沒錯吧？”
“……”
碇源堂沉默了一會兒，然後用低沉而平靜的聲音說了聲“你走吧”，然後就再也不肯開口了。
起身離去的楚軒開啟了會談室的房門，眼睛裡泛著淚光的碇真嗣就站在門外，但碇源堂好像卻一點也不覺得驚訝，或許他早就察覺到了楚軒的真正用意。
“爸爸……謝謝你。”
站在門口遠遠地望著父親的碇真嗣雖然很想衝進來，但他直到最後也沒有穿過那扇門，只是扶著門框哽咽地向父親道了聲謝。
“哼……”
即使兒子已經知道了的良苦用心，但碇源堂仍舊沒有表現出什麼鐵漢柔情來，輕哼了一聲之後便不再搭理哭哭啼啼的兒子了，不過認識了楚軒這麼久的碇真嗣想必早已經習慣了這種面癱眼鏡男的存在。
楚軒拍了拍仍然一邊流淚一邊微笑著凝望父親的碇真嗣的肩膀，然後帶著黑貓和綾波麗離開了這個房間，當他經過在走廊裡溫柔地注視著碇真嗣的霧島真名和渚薰的時候，小聲地對他們說道：
“你們的身份問題已經解決了，今後好自為之。”
“謝謝……”（未完待續。）
94 尾聲：他們的路還長著呢！
“麗、明曰香、真希波，你們準備好了嗎，我們馬上就要回到主神空間了。”
“是。”
“哼，我到要看看你們說的那個‘主神空間’到底是什麼樣子的——大概只不過是黑貓的無聊妄想吧。”
“哎呀哎呀……難道楚軒也終於加入‘我們’這邊了嗎，那麼無論天涯海角我也一定會追隨你去的（心）。”
“喂！你不要把（心）也說出來啊，聽著彆扭死了……”
在新年的一百零八下鐘聲響過之後，楚軒和與他同居的四個美少女們聚集在了他的臥室中，打算集體前往另一個世界。
不過這並非是集體自殺的隱晦說法，又或者是什麼邪教組織的陰謀，儘管距離“任務”所規定的迴歸時間還有三個月，但楚軒的確已經打算自行迴歸主神空間了——而且還會帶上並未與他簽訂追隨者契約的明曰香和真希波。
雖然不知道楚軒為什麼有信心做到，但他的確成功地將主神空間